Missions

Concevoir et organiser la gestion et le traitement bio-informatique de données de séquençage en génomique évolutive

Activités

- Utiliser couramment des méthodes bioinformatiques et biostatistiques pour analyser des données génomiques et pour participer activement à la recherche menée en génomique évolutive sur le projet RegEvol
- Conseiller, assister et former les membres du projet aux diverses techniques de traitement des données de séquençage dans différents environnements (clusters de calcul, cloud, Linux, Mac et Windows)
- Concevoir et mettre en œuvre des protocoles de gestion et stockage des données
- Assurer la veille technologique pour connaître les nouvelles techniques et les nouveaux logiciels et assurer l’interface avec les plateformes d’analyse et de calcul.

Compétences

- Connaissances et savoir-faire approfondis en bio-informatique et traitement des données de séquençage (par exemple assemblage, transcriptomique, mapping, variant calling, sur des données Illumina, ONT, PacBio).
- Connaissances en calcul GPU
- Connaissances en langage (Bash, Python, R, conda, slurm) et environnements informatiques
- Capacité à explorer et à mettre en place l'utilisation de logiciels/outils spécifiques aux besoins des analyses « downstream » (expression différentielle, outils de génomique des populations et d’évolution moléculaire, cartographie génétique etc), ainsi que d'outils de gestion de workflows
- Intérêt pour la biologie évolutive et la génomique des populations
- Anglais avancé
- Forte capacité au travail en équipe et en interaction

Contexte de travail

La personne passera la plupart du temps dans le groupe d'Ecologie Génétique et Evolutive (GEE, ~40 personnes) du Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), un grand institut de recherche axé sur l'écologie et l'évolution situé à Montpellier, dans le sud de la France, avec d'éventuelles visites de partenaires du projet ailleurs en France. Le poste fait partie d'un projet ERC avancé ('RegEvol', Thomas Lenormand), qui aborde de nouvelles idées et prédictions théoriques sur le rôle de l'évolution des régulateurs de l’expression de gènes pour plusieurs sujets fondamentaux importants en biologie évolutive (chromosomes sexuels, maintien du sexe, complexité des réseaux de gènes, etc.). La personne recrutée rejoindra l'équipe travaillant sur ce projet, comprenant Aline Muyle, Christoph Haag, Denis Roze, Sylvain Glémin, et Thomas Lenormand, ainsi que d'autres personnes recrutées sur le projet. Elle travaillera aussi en coordination avec le pôle informatique du CEFE et plusieurs bio-informaticiens recrutés sur des projets spécifiques. A l’extérieur du CEFE, elle sera en contact important avec les ingénieurs de la plateforme MBB (Montpellier Bio-informatique Biodiversité et Génomique Environnementale) et des autres plateformes de bio-informatique à l’échelle Montpellieraine et nationale. La personne recrutée rejoindra ainsi un environnement de travail très riche, diversifié, et scientifiquement stimulant Elle s’appuiera sur des ressources mutualisées et des architectures de pointe de calcul intensif (High Performance Computing, bigmem, machines GPU), de traitement massif de données et de cloud, proposés au laboratoire, au niveau régional et national. Le contrat pourra éventuellement être renouvelé.

Contraintes et risques

RAS