Informations générales
Intitulé de l'offre : Ingénieur d'études développement outils bioinformatiques (H/F)
Référence : UMR5100-OLAREN-004
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : mercredi 11 décembre 2024
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 5 mois
Date d'embauche prévue : 17 février 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : entre 2349€ et 2472€ brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données
Missions
Le but de ce contrat et de developper une nouvelle version du programme Capsule Finder. Ce programme identifie les operons de capsules extracellulaires dans des génomes complets.
L'actualisation de CapsuleFinder implique passer du language python 2 à python 3 et générer des nouveaux modèles HMM pour caracteriser plus de capsules extracellulaires differentes, et les chercher dans des proteomes bactériens.
Activités
-Faire évoluer des outils bioinformatiques de l'équipe
-Générer des modèles de protéines dites HMM
-Annoter des genomes et chercher des operons capsulaires dans les proteomes
-Analyse des données de RNA-seq déjà produites dans le laboratoire ou présentes dans des bases des données
Compétences
-Maitrise de l'outil Galaxy
-Maitrise de development d'outils bioinformatiques, versions, Github
-Competences de génomique comparative
-Maitrise du language python
-Connaissances approfondie en génétique bacterienne, elements génétiques mobiles et bacteriologie clinique
-Maitrise de l'anglais
-Lecture et analyse des ouvrages scientifiques
Contexte de travail
Le CBI est un centre de recherche multidisciplinaire dynamique et moderne situé à Toulouse, dans le sud-ouest de la France, sur le campus principal de l'Université Toulouse III-Paul Sabatier. Le CBI compte actuellement 400 scientifiques travaillant sur les aspects fondamentaux de la structure et de la fonction des systèmes biologiques complexes. La recherche au CBI couvre toutes les échelles, des molécules individuelles aux groupes d'animaux, et combine un large éventail de domaines tels que la biologie structurale, la biochimie et la biophysique, la génétique, la génomique et l'épigénétique, ainsi que la biologie cellulaire, la biologie du développement, la neurobiologie, le comportement collectif des animaux, et la biologie computationnelle et des systèmes. L'IBC abrite 9 groupes de microbiologie reconnus pour leurs recherches en biologie et physiologie des bactéries, y compris l'organisation et l'évolution des génomes microbiens, l'assemblage et la dynamique des machineries moléculaires, les comportements collectifs bactériens, l'adaptation et les réponses au stress.
Contraintes et risques
Pas de contraintes ni des risque associés.