Chercheur post-doc H/F

Description du Poste

Les Missions

Le post-doctorant développera et mettra en œuvre des approches bioinformatiques et statistiques afin d’identifier des schémas spatiaux reproductibles, des niches métaboliques et des associations entre la tumeur et son environnement dans différents modèles expérimentaux et ensembles de données.

L'Activité

• Analyser des ensembles de données omiques spatiales, notamment des données de transcriptomique spatiale et d’imagerie par spectrométrie de masse issues de modèles de glioblastome. Ces travaux porteront notamment sur la représentation spatiale des signaux moléculaires, la caractérisation des régions et des niches, ainsi que la comparaison des schémas spatiaux entre les échantillons et les conditions expérimentales.
• Développer et appliquer des approches quantitatives à l’organisation spatiale. Le post-doctorant étudiera les associations spatiales entre les programmes moléculaires, les régions tumorales et les composants du microenvironnement à l’aide de statistiques spatiales, de représentations sous forme de graphes et d’analyses multi-échelles.
• Intégrer des ensembles de données multimodales, notamment issus de la transcriptomique spatiale, de la métabolomique/lipidomique, des profils moléculaires et des données d’imagerie complémentaires, dans le but d’identifier des schémas biologiquement cohérents et reproductibles d’une modalité à l’autre et d’un modèle expérimental à l’autre.
• Évaluer la robustesse et la reproductibilité, notamment par des comparaisons entre réplicats biologiques, échelles spatiales, technologies et choix d’analyse. Le post-doctorant contribuera à l’élaboration de critères quantitatifs permettant d’évaluer la stabilité des signatures spatiales et des interactions candidates entre la tumeur et le microenvironnement.
• Contribuer à l'interprétation biologique et à la validation expérimentale. Le post-doctorant travaillera en étroite collaboration avec des biologistes spécialisés dans le glioblastome afin de traduire les résultats computationnels en hypothèses vérifiables expérimentalement, de hiérarchiser les programmes spatiaux ou métaboliques candidats et d'interpréter les résultats de validation.
• Développer des flux de travail computationnels reproductibles, documenter les méthodes et les résultats, gérer le code sous contrôle de version et contribuer à des logiciels open source, à des figures scientifiques, à des rapports du consortium et à des publications.

Votre Profil

Compétences

Le candidat doit être titulaire d’un doctorat en bioinformatique, en biologie computationnelle, en biostatistique, en mathématiques appliquées, en informatique ou dans une discipline apparentée, et justifier d’une expérience avérée dans l’analyse quantitative de données biologiques.
Ce poste convient particulièrement aux candidats intéressés par l’organisation spatiale des systèmes biologiques et par le développement d’approches analytiques, plutôt que par la simple application de pipelines existants.

Compétences requises :
• Maîtrise approfondie de R et/ou de Python pour l’analyse statistique, le traitement des données et la visualisation.
• Solides bases en statistiques et en analyse quantitative des données, y compris la capacité à évaluer de manière critique la robustesse, la variabilité et les facteurs de confusion potentiels.
• Expérience dans l’analyse de données biologiques à haute dimension et dans la conception de flux de travail informatiques reproductibles.
• Capacité à formuler de manière quantitative des questions spatiales ou biologiques et à les traduire en analyses informatiques appropriées.
• Capacité à intégrer des ensembles de données hétérogènes et à relier les modèles informatiques à une interprétation biologique.
• Autonomie scientifique, esprit critique et capacité à travailler en étroite collaboration avec des chercheurs expérimentaux.
• Bonne maîtrise de l’anglais écrit et parlé, y compris la capacité à présenter des résultats et à contribuer à des publications scientifiques. Niveau C1 du cadre européen commun de référence pour les langues (CECRL)

Compétences supplémentaires appréciées :
Une expérience en transcriptomique spatiale, en statistiques spatiales, en analyse spatiale basée sur l’image, en génomique unicellulaire, en métabolomique, en imagerie par spectrométrie de masse, en modélisation basée sur des graphes ou en intégration de données multimodales serait particulièrement pertinente. Une expérience en apprentissage par représentation, en analyse au niveau des voies métaboliques ou en approches computationnelles des interactions entre la tumeur et son microenvironnement constituerait également un atout.

Il n’est pas exigé de posséder une expertise dans tous ces domaines. Une solide formation quantitative, une expérience des données biologiques à résolution spatiale et un intérêt pour le développement méthodologique constituent les principales priorités.

Votre Environnement de Travail

Le post-doctorant travaillera à l’IBGC à Bordeaux, en étroite collaboration entre l’équipe de biologie computationnelle et de bioinformatique dirigée par le Dr Macha Nikolski et l’équipe GBmetabo dirigée par le Dr Thomas Daubon.
Ce poste s'inscrit dans le cadre du projet ShadowEV-GBM, financé par l'INSERM. Il s'agit d'un projet de recherche interdisciplinaire coordonné par l'IBGC (CNRS, Bordeaux) et réunissant des experts en bio-informatique, en biologie du glioblastome, en métabolisme, en vésicules extracellulaires et en omiques spatiales.
L'invasion du glioblastome est fortement influencée par les interactions entre les cellules tumorales et le microenvironnement cérébral, en particulier le long des structures de la substance blanche riches en myéline. ShadowEV-GBM vise à comprendre comment les programmes métaboliques organisés dans l’espace et la communication entre la tumeur et son microenvironnement contribuent à l’invasion, en combinant la transcriptomique spatiale, l’imagerie par spectrométrie de masse, la métabolomique/lipidomique, le profilage moléculaire et des modèles expérimentaux.
Nous recherchons un chercheur postdoctoral doté d’une solide formation en informatique qui contribuera à l’analyse spatiale et intégrative de ces ensembles de données multimodaux.
Le projet donne accès à des ensembles de données multi-omiques spatiales originales, notamment issues de la transcriptomique spatiale et de l’imagerie par spectrométrie de masse de l’invasion du glioblastome, ainsi qu’à des données moléculaires et expérimentales complémentaires. Le post-doctorant travaillera en interaction directe avec les chercheurs à l’origine de ces ensembles de données ainsi qu’avec les partenaires du projet spécialisés dans la biologie des vésicules extracellulaires et la validation fonctionnelle.
L’environnement informatique s’appuie sur l’infrastructure du Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB) pour le stockage des données, le calcul haute performance et l’analyse reproductible. Ce poste offre de nombreuses possibilités de développement méthodologique en bioinformatique spatiale et en intégration de données multimodales, dans le but de produire à la fois des connaissances biologiques et des méthodes de calcul ainsi que des logiciels réutilisables.

Rémunération et avantages

Rémunération

Entre 3 041.58€ et 4 216.70€ BRUT mensuel selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Le CNRS

Les métiers de la recherche