Ingénieur de recherche en bioinformatique H/F

Job Description

Missions

Ce poste s'inscrit au sein de l'équipe de biologie computationnelle et de bioinformatique de l'IBGC (CNRS, Bordeaux), dirigée par le Dr Macha Nikolski. Nous recherchons un ingénieur qui contribuera à un projet de recherche interdisciplinaire réunissant des compétences en biologie du cancer, en immunologie, en épigénétique et en bioinformatique.
Le projet PLBIO de l’INCa intitulé « Interactions entre les cellules souches cancéreuses et les cellules myéloïdes immunosuppressives dans le carcinome hépatocellulaire » vise à comprendre comment ces populations cellulaires communiquent au sein des tumeurs hépatiques et influencent mutuellement leurs activités favorisant la croissance tumorale. Le projet combine la transcriptomique unicellulaire, l’épigénomique unicellulaire, la transcriptomique spatiale et des expériences fonctionnelles afin d’étudier la plasticité des cellules cancéreuses, l’immunosuppression et les mécanismes moléculaires sous-jacents à cette communication.
La personne recrutée analysera et intégrera ces ensembles de données afin de caractériser l’hétérogénéité cellulaire, d’identifier les niches tissulaires dans lesquelles les cellules souches cancéreuses et les cellules myéloïdes immunosuppressives interagissent, et de hiérarchiser les médiateurs candidats en vue d’une validation expérimentale.

Activity

- Analyser des données transcriptomiques unicellulaires issues d'échantillons de carcinomes hépatocellulaires humains. Ces travaux comprendront le contrôle qualité, la normalisation, l'intégration des ensembles de données, le regroupement en clusters et l'annotation des types cellulaires, ainsi que des analyses d'expression différentielle et d'enrichissement des voies de signalisation. L'ingénieur caractérisera les états des cellules souches cancéreuses et des cellules myéloïdes, étudiera leurs trajectoires de différenciation et les signatures moléculaires associées à ces populations, et déduira les voies de communication.
- Traiter et analyser des données épigénomiques unicellulaires, en collaboration avec les spécialistes en épigénétique du projet à l’Institut Curie. Les travaux porteront principalement sur les profils scChIP-seq des marques histones actives et répressives, notamment H3K4me3 et H3K27me3, ainsi que sur leur intégration avec des données d’expression génique afin d’étudier les états de la chromatine associés à la nature de cellules souches cancéreuses et aux phénotypes des cellules myéloïdes.
- Analyser des données transcriptomiques spatiales, en particulier les ensembles de données Visium, Xenium et ATERA, et les intégrer à des données de référence unicellulaires. Les tâches consisteront notamment à évaluer la segmentation cellulaire et l'attribution des transcrits, à annoter des populations cellulaires résolues spatialement, à identifier des niches microenvironnementales, ainsi qu'à quantifier la distribution, la proximité et la colocalisation des cellules à l'aide de statistiques spatiales.
- Étudier la communication intercellulaire et synthétiser les données issues de différents ensembles de données moléculaires. L'ingénieur mettra en œuvre des approches d'inférence ligand-récepteur et combinera ses prédictions avec les données de localisation spatiale, les profils transcriptomiques et épigénomiques, ainsi que les résultats d'analyse RNA-seq en masse et protéomique générés par les équipes partenaires.
- Développer et maintenir des flux de travail d'analyse reproductibles, documenter les méthodes et les résultats, et contribuer à l'organisation et à la traçabilité des ensembles de données des projets.

Your Profil

Skills

Le candidat doit être titulaire d’un doctorat en bioinformatique, en biologie computationnelle ou dans une discipline apparentée, et justifier d’une expérience avérée dans l’analyse de données moléculaires à haut débit.
- Maîtrise approfondie de R et/ou de Python pour l’analyse de données biologiques, la modélisation statistique et la visualisation.
- Expérience avérée en transcriptomique unicellulaire, notamment en matière de contrôle qualité, de normalisation, d’intégration entre échantillons, de regroupement, d’annotation des types cellulaires et d’analyse de l’expression différentielle.
- Connaissance approfondie des méthodes statistiques applicables aux données biologiques de haute dimension, en accordant une attention particulière à la conception expérimentale, aux sources de variabilité technique et biologique, ainsi qu’à la robustesse des résultats.
- Capacité à intégrer des ensembles de données moléculaires hétérogènes et à relier les résultats de calcul à des questions biologiques, à formuler des hypothèses vérifiables et à hiérarchiser les candidats à la validation expérimentale.
- Expérience dans le développement de workflows d’analyse reproductibles et bien documentés, avec une traçabilité claire des données, du code et des résultats.
- Autonomie scientifique, esprit critique et capacité à travailler en collaboration avec des biologistes et des cliniciens.
- Bonne maîtrise de l’anglais écrit et parlé, y compris la capacité à présenter des résultats et à contribuer à des publications scientifiques.Niveau C1 du cadre européen commun de référence pour les langues (CECRL)

Compétences supplémentaires appréciées :
- Une expérience en transcriptomique spatiale, notamment avec Xenium, en statistiques spatiales, en segmentation cellulaire, en ChIP-seq ou en épigénomique unicellulaire, ou encore en analyse de la communication intercellulaire constituerait un atout.
- Une bonne connaissance de la biologie du cancer, de l’immunologie tumorale, de la plasticité des cellules souches ou de la régulation épigénétique faciliterait l’interprétation des ensembles de données du projet.
Il n’est pas nécessaire de posséder des compétences dans tous ces domaines.

Your Work Environment

L'ingénieur rejoindra l'équipe de biologie computationnelle et de bioinformatique de l'IBGC, sous la supervision scientifique du Dr Macha Nikolski. Ce poste implique une étroite collaboration avec le Dr Domitille Chalopin-Fillot d’ImmunoConcept, le Dr Julie Giraud et l’équipe « Cancers du foie et invasion tumorale » du BRIC, ainsi qu’avec l’équipe du Dr Reini Luco à l’Institut Curie.
Ce projet donne accès à de nouveaux ensembles de données sur les tumeurs, à des modèles expérimentaux complémentaires et à un consortium réunissant des compétences en calcul, en expérimentation et en clinique. La personne recrutée bénéficiera des infrastructures du Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB) pour le stockage et l’analyse des données, ainsi que de pipelines d’analyse bien établis et d’échanges scientifiques réguliers avec les équipes partenaires.
Le poste exige la capacité à concevoir de manière autonome des stratégies analytiques, à évaluer de manière critique les méthodes computationnelles et à interpréter les résultats en étroite collaboration avec des chercheurs expérimentaux.
L'ingénieur travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs expérimentaux et les cliniciens, présentera les résultats lors des réunions du consortium et contribuera à l'élaboration de figures scientifiques, de rapports et de publications.

Compensation and benefits

Compensation

Entre 3 143.64€ et 3 403.43€ bruts mensuels selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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