Missions

Dans le cadre d’un projet de recherche visant à développer les stratégies d’analyse protéomique sur cellule unique, le.a candidat.e conduira un projet de développement technologique dédié aux nouvelles méthodologies pour l’isolement, la préparation et l’analyse par spectrométrie de masse haute-sensibilité de cellules individuelles, ainsi qu’aux méthodes d’analyse bioinformatique des données générées. Il.elle prendra en charge l’installation de nouveaux équipements dédiés, et la mise en œuvre de ces méthodes dans le cadre d’un projet biologique collaboratif visant à étudier l’impact des infections virales sur les fonctions neuronales.

Activités

- Mettre en fonctionnement des équipements innovants (robot de tri et de préparation de cellules uniques, spectromètres de masse haute-sensibilité) et optimiser les méthodes associées
- Concevoir et développer dans l’équipe de nouveaux protocoles parallélisés/ automatisés de préparation des échantillons en protéomique
- Utiliser et gérer différents systèmes de chromatographie liquide à haute performance (HPLC) couplés à des spectromètres de masse
- Evaluer plusieurs logiciels récents pour l’analyse des données protéomiques obtenues sur cellules uniques.
- Conduire un projet de recherche biologique: interaction avec les équipes collaboratrices, gestion de séries biologiques d’échantillons, préparation des échantillons reçus, analyse par spectrométrie de masse, traitement bioinformatique des données, synthèse et présentation des résultats en réunion
- Réaliser une veille technologique approfondie sur les développements récents en protéomique « single-cell »
- Encadrer des étudiants
- Rédiger des rapports, protocoles, publications. Participer à des congrès, manifestations scientifiques et écoles de formation, présenter et diffuser les résultats obtenus
-Intégrer les protocoles d’analyse « single-cell » au système qualité de l’équipe

Compétences

Connaissances théoriques et pratiques approfondies en protéomique (chimie des protéines, méthodes de préparation des échantillons, digestion enzymatique, séparation de peptides par HPLC, spectrométrie de masse et méthodes bioinformatiques pour l'identification des protéines)
Très bonne maîtrise technique de spectromètres de masse haute résolution de type Orbitrap et/ou TIMS-TOF et des méthodes d’acquisition en mode DDA ou DIA
Maîtrise des logiciels de traitement des données protéomiques
Curiosité, intérêt pour les développement technologiques, capacité à innover
Excellentes capacités de communication et qualités relationnelles, intérêt marqué pour le travail dans un environnement interdisciplinaire, capacité à interagir avec les collaborateurs externes ainsi qu’avec tout le personnel technique et scientifique de l’équipe.
Très bonnes qualités rédactionnelles et de présentation orale
Bonne maîtrise de l'anglais oral et écrit (niveau B2 ou plus)

Contexte de travail

La personne recrutée sera intégrée à l'équipe de recherche ProteoToul de l'Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS, UMR 5089) à Toulouse. L’équipe abrite la plateforme protéomique de Toulouse et constitue l'un des six nœuds de l'Infrastructure Nationale en Protéomique, ProFI. Cette équipe développe depuis plusieurs années des stratégies innovantes en protéomique, dans le but d'étudier la fonction des protéines et de mieux comprendre leurs mécanismes d'action et leur dynamique d'interaction. Elle est composée d'une vingtaine de personnes avec des expertises complémentaires en spectrométrie de masse, biochimie et bioinformatique, et est dotée d'une instrumentation de pointe ainsi que d'une solide infrastructure informatique.
La protéomique « single-cell » représente une approche technologique émergente qui ouvre de nouvelles perspectives pour la caractérisation des systèmes biologiques hétérogènes, dans différents domaines d’étude du vivant. L’objectif du projet sur lequel travaillera le.a candidat.e, est de mettre en place des méthodes analytiques performantes, permettant de gérer à haut-débit des nombres élevés d’échantillons, tout en optimisant la profondeur de caractérisation du protéome des cellules. Le projet, soutenu dans le cadre du programme « Recherche à risque et à impact » du CNRS, sera mené en étroite collaboration avec d’autres noeuds de ProFI spécialisés dans l’analyse protéomique « single-cell » ou le traitement des données, et avec l’équipe de Raphaël GAUDIN « Dynamique Membranaire & Virus » (IRIM Montpellier).

Contraintes et risques

La personne sera amenée à se déplacer dans d’autres instituts, tels que celui de la plateforme MetaToul ou des équipes collaboratrices.