Missions

L’ITA recruté/e sera intégré dans l’équipe de bioinformatique du Laboratoire MMSB (UMR 5086 ; équipe MOMS). Il aura une double mission visant à (1) assurer le développement et la maintenance des outils bioinformatiques pour la simulation des protéines au niveau gros-grain (champ de force Martini 3) ; (2) contribuer aux différents tâches prévues dans le cadre du projet ANR SELDOM.
Le poste proposé est un temps incomplet à 70%.

Activités

La personne recrutée aura la charge de :
• Contribuer aux différentes tâches liées à la modélisation des protéines membranaire, utilise dans plusieurs projets dans l’equipe MOMS.
• Développer et implémenter des algorithmes pour la préparation des simulations gros-grain avec le champ de force Martini.
• Contribuer au développement du champ de force Martini 3 pour les lipides neutres (esters du cholesterol) et des protéines ; en particulier, l’ITA recruté/e s’occupera de l’optimisation du backbone des protéines.
• Développer et implémenter de nouvelles méthodologies pour l’analyse des trajectoires de simulations moléculaires, réalisées par l’équipe MOBI.
• Développer des tutoriels pour illustrer e fonctionnement des différentes outils bioinformatiques utilisé dans l’équipe, et le partager sur le site GitHub de l’équipe.
• Former les nouveaux arrivants de l’équipe MOBI aux bonnes pratiques de programmation, à l’utilisation des ressources informatiques disponibles dans l’équipe (y inclus GitHub), et au stockage des données.

Compétences

• Connaissances théoriques générales dans le domaine de la biologie structurale (membranes biologiques, protéines membranaires).
• Connaissances générales des principes de physico-chimie déterminant la structure des macromolécules biologiques (en particulier protéines et membranes lipidiques) et leurs interactions.
• Connaissances théorique et pratique des principes et des algorithmes de la dynamique moléculaire, et en particulier du logiciel GROMACS.
• Connaissances théorique et expérience souhaitée avec le champ de force Martini 3.
• Connaissances pratiques du système d’exploitation Linux (incluant les bases de l’administration des systèmes), du langage bash et d’ordonnanceurs de tâches informatiques pour clusters de calculs.
• Connaissances pratiques du langage Python et ses bibliothèques de calculs scientifiques et d’analyse de données.

Contexte de travail

Le laboratoire MMSB regroupe 11 équipes et 90 agents environ.
MMSB a mise en place une infrastructures de calcul scientifique (576 CPU, 2GPU) et une dédiée aux services web (96 CPU, 2 GPU). Dans MMSB, l’équipe MOMS (bioinformatique et modélisation moléculaire) est impliqué dans le développement du champs de force Martini, un projet collaboratif qui implique plusieurs équipes de recherche dans différents pays.
Le recrutement d’un ITA permettrait la poursuite des travaux en cours liées au développement du champs de force Martini, et en particulier le projet ANR SELDOM sur la biogenèse des gouttelettes lipidiques.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

• Une expérience avec la modélisation de dynamique moléculaire gros-grain et le champ de force Martini 3 est souhaitée.
• Travail à l’ordinateur.

Informations complémentaires

• DUT, BTS
• Domaine de formation souhaité : bioinformatique, chimie computationnelle.