Missions

Le candidat retenu aura pour mission de développer un système monolithique sophistiqué d'imagerie mésoscopique microphysiologique qui permettra la culture d'organoïdes et de tissus ainsi que leur imagerie dynamique et à long terme en profondeur et à haute résolution. Le post-doctorant s'appuiera sur de nouvelles approches computationnelles en imagerie mésoscopique 3D en une seule prise de vue.

Activités

Activités principales :
Construction d’ un modèle numérique du dispositif pour guider la conception et l'optimisation du système optique intégré et de l'algorithme de reconstruction 3D. Ce modèle comprendra la matrice de microlentilles (MµL), la disposition de l'éclairage en fonction des différentes exigences des expériences microfluidiques et biologiques. À cette fin, le candidat utilisera la suite logicielle de conception et d'optique proposée par Zemax et testera différents grossissements de MµL, différentes formes de µL, différentes ouvertures numériques (NA), différentes surfaces diffractives et réfractives ainsi que différentes dispositions d'illumination (oblique, feuille de lumière, etc.). Il devra également co-concevoir l'algorithme de reconstruction en explorant différentes méthodes de reconstruction 3D basées sur l'apprentissage profond en combinaison avec l'incorporation de connaissances préalables sur la géométrie et les matériaux du dispositif. Ces simulations seront utilisées pour optimiser et améliorer simultanément une série de paramètres tels que le champ de vue, la profondeur de champs, le rapport signal-bruit, la résolution, sensibilité.
Activités associées :
- traitement des images biologiques, apprentissage statistique et profond, visualisation des données, plateformes de traitement d'images (Fiji/ImageJ, napari), développement de logiciels (par exemple, Java, C/C++, Python, Matlab) et systèmes de gestion de bases de données d'images FAIR.
- Connaître l’organisation de la structure dans laquelle s’exerce sa mission

Compétences

Le candidat devra avoir une solide expérience de la recherche dans un ou plusieurs des domaines suivants: imagerie computationnelle, problèmes inverses, apprentissage profond, optimisation, traitement du signal, imagerie biomédicale et/ou vision par ordinateur. En particulier, nous recherchons des candidats qui ont de l'expérience dans la conception et la mise en œuvre d'algorithmes d'imagerie computationnelle, capable de hiérarchiser ses tâches et organiser son activité en tenant compte des contraintes et des échéances. Il devra également avoir un sens du relationnel, esprit d’équipe, organisation, méthode et rigueur, esprit d’initiative.

Contexte de travail

Ce contrat de post-doctorat de 12 mois à RESTORE est proposé dans le cadre d’un projet financé par le PEPR MEDOOC TPP EnVie, et porte sur le développement d'un système microphysiologique à lentille optique intégrée pour l'imagerie mésoscopique en 3D en live et en profondeur à haute résolution. Le candidat retenu travaillera sur ce projet collaboratif impliquant plusieurs groupes de recherche toulousains à l'intersection de l'imagerie computationnelle, de la physiologie et de l'apprentissage machine. Le post-doctorant aura l'occasion de travailler en étroite collaboration avec les membres de l’institut Clément Ader, ainsi qu'avec les membres des équipes ELiA (LAAS) et SPIRIT (IRSD) et de la plateforme d’imagerie de Restore, et devra contribuer au développement de nouvelles orientations de recherche.

Contraintes et risques

- Déplacements réguliers entre les différents laboratoires : RESTORE site Oncopole (INCERE) et Faculté de dentaire (site des Maraîchers), Institut Clément Ader et LAAS.
- Travail sous la responsabilité de différents responsables de projets.

Informations complémentaires

Doctorat en traitement du signal et de l'image, en statistiques ou en mathématiques appliquées, avec une formation validée ou une expérience attestée en traitement d'images de microscopie