Ingénieur de recherche (H/F) : Holographie numérique pour étudier la physique de la formation des biofilms bactériens

Description du Poste

Les Missions

Le projet vise à étudier la physique de la motilité bactérienne et de la formation des biofilms par une approche de biophysique expérimentale.
La personne recrutée jouera un rôle moteur dans le développement, l'intégration, la validation et l'utilisation d'une plateforme de microscopie optique sur mesure combinant holographie numérique en ligne, microscopie à nappe de lumière, microscopie de fluorescence et analyse quantitative d'images.

L'Activité

• holographie numérique en ligne et reconstruction numérique des hologrammes ;
• microscopie à nappe de lumière, microscopie TIRF et microscopie de fluorescence ;
• traduction des besoins scientifiques en spécifications techniques et en stratégies expérimentales ;
• pilotage de la conception, de la construction, de l’alignement, de la caractérisation, de la validation des performances et du dépannage de microscopes ;
• définition, développement, validation et maintenance de chaînes d'acquisition et d'analyse expérimentales ;
• analyse d'images, suivi de particules, analyse de séries temporelles et analyse quantitative de données ;
• programmation, principalement en Python ;
• utilisation d'outils d'apprentissage automatique ou d'intelligence artificielle pour l'analyse d'images lorsque cela est utile ;
• mesures de biophysique à l’échelle de la cellule unique et de la molécule unique ;
• activités de laboratoire humide et biologie cellulaire/moléculaire sur bactéries, avec formation si nécessaire ;
• documentation des protocoles, du code, des montages optiques et des procédures expérimentales ;
• coordination technique, formation et accompagnement de doctorants, postdoctorants, ingénieurs et collaborateurs dans un environnement interdisciplinaire ;
• veille technologique, présentation, diffusion et valorisation des développements techniques et scientifiques.

Votre Profil

Compétences

Nous recherchons une excellente candidate ou un excellent candidat expérimenté, titulaire d'un master, d'un diplôme d'ingénieur ou d'un diplôme équivalent, et qui :

• possède une expertise approfondie en physique, optique, instrumentation, biophysique, imagerie computationnelle ou discipline proche ;
• dispose d’une expérience pratique solide en microscopie optique, alignement optique, lasers, caméras ou instrumentation sur mesure ;
• a une expérience en holographie numérique et reconstruction numérique d'hologrammes, ou a démontré sa capacité à maîtriser rapidement des techniques optiques et computationnelles comparables ;
• a une expérience en microscopie à nappe de lumière, microscopie TIRF ou microscopie de fluorescence, ou a démontré sa capacité à maîtriser rapidement des techniques de microscopie comparables ;
• a de l'expérience en analyse d'images, analyse de séries temporelles et analyse quantitative de données ;
• possède de bonnes compétences en programmation, idéalement en Python ;
• a une expérience en apprentissage automatique ou vision par ordinateur, ou souhaite développer ces compétences ;
• a une expérience en laboratoire humide, ou souhaite apprendre à travailler avec des bactéries ;
• a démontré sa capacité à piloter des développements techniques ou des projets expérimentaux complexes ;
• est rigoureux, organisé et capable de tenir une documentation expérimentale et technique claire ;
• aime résoudre des problèmes expérimentaux et repousser les limites de montages de microscopie optique sur mesure ;
• est capable de former, conseiller et communiquer efficacement avec les utilisateurs et les collaborateurs ;
• apprécie le travail dans un environnement interdisciplinaire ;
• est créatif, enthousiaste, très motivé et capable de travailler à la fois de manière autonome et en équipe.
Un bon niveau de communication en anglais est un atout ; la connaissance du français n'est pas requise.

Votre Environnement de Travail

La plupart de nos connaissances sur les bactéries proviennent d'études de cellules nageuses isolées. Pourtant, la majorité des bactéries sur Terre se trouvent dans des communautés agrégées non motiles, appelées biofilms, qui ressemblent peu à leurs homologues nageurs. Les biofilms sont fortement résistants aux antibiotiques, extrêmement difficiles à éradiquer, et sont impliqués dans des enjeux mondiaux majeurs, des infections graves et de l'antibiorésistance à la sécurité alimentaire et à la qualité de l'eau.

Selon le paradigme actuel, les biofilms débutent lorsqu'une cellule motile adhère à une surface et la détecte, déclenchant un changement de « mode de vie ». Mais cette étape cruciale de nucléation reste mal comprise : quel signal mécanochimique sous-tend la détection de surface ? De plus, de nombreux biofilms naturels, y compris plusieurs biofilms responsables d'infections chroniques, existent en l'absence de substrat, ce qui suggère que les biofilms peuvent se former par plusieurs mécanismes. La nucléation peut-elle être comprise non seulement comme un changement biochimique d'une cellule individuelle, mais aussi comme un comportement émergent de colloïdes actifs ?

En développant un dispositif unique combinant microscopie holographique numérique et microscopie à nappe de lumière, ce projet vise à capturer et résoudre des événements rares de nucléation, ainsi que la réponse physiologique qui en résulte, afin de révéler les mécanismes physiques de l'initiation des biofilms dans différents micro-environnements.

Il s'agit d'un nouveau projet et d'un nouvel axe de recherche financé par le prix Impulscience de la Fondation Bettencourt Schueller et porté par l'équipe « Physique et mécanique des systèmes biologiques », composée de trois chercheurs CNRS permanents issus de la physique et de la biophysique. L'équipe est très interactive et dynamique, et la personne recrutée pourra collaborer à d'autres projets en cours dans l'équipe, selon ses intérêts.

Le Centre de Biologie Structurale (CBS) est un institut de recherche interdisciplinaire et international situé à Montpellier. Il rassemble des équipes travaillant à l'interface de la biophysique, de la bio-ingénierie et de la biologie structurale. Ses expertises couvrent notamment la microscopie optique avancée, les pinces optiques et magnétiques, la microscopie à force atomique, la RMN, la cristallographie aux rayons X, la bioinformatique, la bio-ingénierie et la modélisation biomoléculaire. Le CBS accueille de nombreux doctorants, postdoctorants, ingénieurs et chercheurs de formations et de nationalités diverses.

Contraintes et risques

Le poste est ouvert pour une durée initiale d'un an, renouvelable, avec un financement pluriannuel disponible.
Le poste convient à une personne expérimentée ayant une formation de niveau master ou ingénieur en optique, physique, instrumentation, imagerie computationnelle, biophysique ou domaine proche. Le doctorat est souhaité, mais n’est pas obligatoire.

Rémunération et avantages

Rémunération

A partir de 3175€ brut mensuel ajustable en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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