Missions

Participer aux activités de développement, intégration, et déploiement du logiciel dans le respect du cahier des charges.

Activités

- Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles
- Développement des nouvelles fonctionnalités
- Concevoir et paramétrer tout ou partie de la solution logicielle
- Développer et tester des classes et composants
- Élaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniques
- Intégration des logiciels existants
- Créer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production
- Déploiement
- Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les packages en assurant le suivi des versions
- Assurer une assistance fonctionnelle et/ou technique aux exploitants et aux utilisateurs
- Concevoir les actions de formation techniques et fonctionnelles
- Animer et encadrer des ingénieurs de plateforme et utilisateurs.

Compétences

Le candidat ou la candidate aura une expertise en programmation Python. Une expérience en analyse d'images, du déploiement d'applications serveur avec des conteneurs et de deep learning sera un avantage mais n'est pas obligatoire. Le candidat ou la candidate doit exprimer un vif intérêt à travailler en équipe et à l'interface entre l'informatique, la physique et la biologie.

Contexte de travail

cellID est un projet PEPR qui regroupe plusieurs laboratoires en France, avec pour objectif de développer et d'appliquer des techniques de pointe en cellule unique afin d’identifier des signatures cellulaires et moléculaires dans les étapes initiales de développement des maladies, telles que le cancer pédiatrique. Dans ce cadre, notre équipe vise à développer des outils d’analyse informatique pour améliorer la détection des sondes ARN et ADN par FISH (transcriptomique et génomique spatiale) dans des gros volumes, ainsi qu'à créer des interfaces utilisateur pour permettre le déploiement de ces outils dans le périmètre de cellID. Le développement sera basé sur des outils existants, tels que FISH-quant, un progiciel pour la détection sous-cellulaire d'ARN à partir d'images FISH de molécule unique (Mueller, 2013), et pyHiM, un outil d’analyse des données de génomique spatiale (Devos, 2024). Le candidat ou la candidate intégrera le groupe de Marcelo Nollmann (Montpellier) et travaillera sous sa supervision.