Missions

Coordination et implémentation des protocoles d’échantillonnage et de biologie moléculaire, et soutien aux expérimentations du projet ALIQUOT

Activités

- Responsable de l’état des lieux, l’harmonisation et la veille technologique des protocoles de biologie moléculaire du projet ALIQUOT
- Organisation d’un workshop sur l’échantillonnage des ADN environnementaux
-R esponsable d’activités en biologie moléculaire : extractions d’ADN, fabrications de banques, PCR quantitative, ddPCR, séquençage…
- Responsable de la gestion des métadonnées et de la centralisation de l’information sur les échantillons ALIQUOT
- Création de communautés standards (‘mock’) pour les activités de metabarcoding
- Participation aux campagnes d’échantillonnage en milieu aquatique du projet ALIQUOT
- Participation aux expérimentations en mésocosmes

Compétences

- Biologie moléculaire (expert.e)
- Échantillonnage (maîtrise)
- Hydrobiologie (connaissance)
- Analyse de données de séquençage haut-débit (connaissance)
- Capacité de planification et coordination d’une expérimentation
- Capacité de synthèse et de gestion de données
- Capacité à travailler en groupe, parfois à distance

Contexte de travail

Ce poste s’inscrit dans les objectifs du projet ALIQUOT, lauréat en 2023 du 1er appel à projet du Programme National de recherche exploratoire OneWater - Eau Bien Commun. Lancé en Mars 2022, ce programme financé par le plan France 2030 (53M€) vise à développer les connaissances dans le domaine de l’eau pour changer de paradigme et réhabiliter l’eau comme bien commun.

Le projet ALIQUOT vise à mieux comprendre la dynamique des ADN environnementaux en milieux aquatiques pour mieux les utiliser comme des sentinelles de la diversité et du fonctionnement des socio-hydrosystèmes.

L’ingénieur (F/H) en écologie moléculaire aura un rôle clé dans la coordination des activités de terrain et de biologie moléculaire du projet ALIQUOT.

L’ingénieur (F/H) sera principalement localisé à Villeurbanne au laboratoire LEHNA (Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthroprisés), mais interagira fréquemment avec les autres partenaires du projet. Le LEHNA a pour objectif d’identifier, de caractériser et de quantifier les relations entre processus impliqués dans le fonctionnement et l’évolution de la biodiversité dans les hydrosystèmes naturels et anthropisés. Il regroupe 120 personnes sur les sites de Villeurbanne et de Vaulx en Velin.


Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

- Travail de terrain en milieu aquatique, ne nécessitant pas une condition physique particulière.
- Déplacements sur les sites d’échantillonnages nécessitant parfois des missions de quelques jours avec hébergement sur place, à hauteur d’une dizaine de campagnes par an
- Travail de laboratoire en salle “blanche” (eg. port de gants, masques, blouse; marche en avant; décontamination fréquente du poste de travail, …)
- Déplacements fréquents chez les partenaires du projets (Grenoble, Thonon, Perpignan, Toulouse, Banyuls, …) nécessitant parfois des missions de quelques jours avec hébergement sur place, à hauteur d’une dizaine de missions par an