Missions

Le laboratoire LEHNA UMR CNRS 5023 de l'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un ingénieur en développement informatique et bioinformatique pour une embauche prévue le 1er juin 2023. La personne sera embauchée au titre d'un contrat à durée déterminée d'une période de deux ans. Le niveau d'études souhaité est un doctorat. Une expérience post-doctorale n'est pas obligatoire dès lors que la personne présente les compétences attendues.
L'ingénieur fera partie de l'équipe E3S (Ecologie, Evolution et Ecosystèmes Souterrains) au sein du laboratoire LEHNA UMR CNRS 5023 de l'Université Claude Bernard Lyon 1. Il travaillera sous la supervision de Florian Malard et Christophe Douady dans le cadre du projet Biodiversa+ DarCo qui a pour objet de faire progresser les connaissances sur la biodiversité souterraine en Europe et de guider sa gestion. Le poste comporte deux missions : 1) en développement informatique : la conception d'une base de données et de son interface web ; 2) en bioinformatique, l'analyse de séquences d'ADN pour identifier l'histoire évolutive de traits phénotypiques.

Activités

En développement informatique, le candidat prendra en charge le développement de la base de données et des outils web qui permettront d'accueillir les données (occurrences d'espèces, traits biologiques et séquences ADN) et de diffuser les connaissances qui seront acquises au cours du projet Biodiversa+ DarCo. En bioinformatique, il utilisera / développera des modèles et outils permettant de détecter à partir de séquences d'ADN des changements évolutifs, notamment des changements de la taille efficace des populations, en lien avec la colonisation d'un nouvel environnement, en l'occurrence ici l'environnement souterrain.

Compétences

• Maîtriser les concepts clés de la théorie de l'évolution. Une thèse récente en biologie évolutive avec une spécialisation en bioinformatique serait un plus.
• Bioinformatique
- gestion de grand volume de données de séquençage (stockage, processing, archivage)
- développement et optimisation de scripts d'analyse bioinformatique
- modèle d'évolution moléculaire
- recherche de convergence moléculaire dans des jeux de donneés de génomique comparative
• Développement informatique
- Savoir analyser les besoins des utilisateurs et établir un cahier des charges pour les développeurs.
- Connaissances solides dans le domaine de la conception de bases de données et interface web, avec une expérience de réalisation, idéalement dans le domaine de la biologie / écologie évolutive.
- Préférer les technologies bases de données & logiciels libres et OpenSource
- Programmation : SQL, PostgreSQL, Javascript, jQuery, PHP
• Avoir un goût prononcé pour le travail en équipe internationale sur un projet collaboratif impliquant des chercheurs et des utilisateurs
• Faire preuve d'autonomie et de capacités organisationnelles
• Maitrise de l'anglais et du français, aussi bien à l'écrit qu'à l'oral

Contexte de travail

Le Laboratoire d'Écologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (UMR CNRS 5023 LEHNA, Univ Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, ENTPE, https://umr5023.univ-lyon1.fr/) est majoritairement implantée sur le campus LyonTech-la Doua de l'université Claude Bernard Lyon 1 : une de ses équipes de recherche et des dispositifs techniques sont également situés sur le campus de l'ENTPE à Vaulx-en-Velin (École Nationale des Travaux Publics de l'État). Le laboratoire compte six équipes de recherche dont l'équipe Ecologie, Evolution, Ecosystèmes Souterrains (E3S) au sein de laquelle le candidat réalisera ses missions. Cette équipe de recherche étudié les facteurs et processus régissant l'évolution, la dynamique et le rôle de la biodiversité dans les écosystèmes souterrains. Au 1er janvier 2021, le laboratoire comptait 114 personnels.

Contraintes et risques

Des déplacements de courte durée en Europe sont à prévoir dans le cadre d'ateliers de formation à l'utilisation de la base de données et de son interface.