Missions

Réaliser le traitement et l'analyse de données de séquençage

Activités

- Réaliser le traitement et l’analyse des données de séquençage en 16S du
microbiote de la peau des souris
- Exploiter et mettre en forme les résultats des données traitées
- Diffuser les résultats lors des réunions de l’équipe projet et/ou auprès de l’ANSES
- Assurer une veille scientifique et technologique
- Valoriser les résultats par la participation à la rédaction d’articles dans des revues
du domaine scientifique

Compétences

- Connaissances approfondies en bioinformatique avec expérience préalable dans l’analyse de données de séquençage Illumina® -16S (Miseq). Connaissance de DADA2 package, vegan R package appréciée
- Maitrise des analyses statistiques (uni-multivariées) sous R ou logiciels équivalents (Python)
- Maîtrise de langage de programmation (Script Shell linux, bash…)
- Connaissances théoriques en génomique microbienne environnementale (bases de données RefSeq, Greengenes…)
- Aptitudes à la rédaction d’articles scientifiques
- Maitrise des logiciels du Pack Office
- Niveau avancé en anglais scientifique écrit et oral (Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues : B2-C1).
- Goût et volonté de s’impliquer et d’interagir avec l’équipe et dans le projet
- Rigueur scientifique et aptitudes organisationnelles seront appréciées
- Autonomie et dynamisme dans le travail.

Contexte de travail

Le laboratoire Ampère est une unité de recherche multidisciplinaire basée à Lyon, réunissant l'Ecole Centrale de Lyon, l'INSA de Lyon et l'Université Lyon I, réunissant 212 membres, dont la moitié sont des doctorants, et organisé autour de trois pôles : Énergie Électrique, Automatique des Systèmes et Bioingénierie.

Le département Bioingénierie (40 personnes) se distingue par ses recherches à l'avant-garde, avec deux axes principaux : l'étude des communautés bactériennes en interaction avec leur environnement, et le développement de nouvelles technologies pour la santé et l'environnement, via l'électrochimie, les microsystèmes et l'électromagnétisme.

L'équipe de Génomique Microbienne Environnementale (GME) explore les réponses des microbes aux perturbations environnementales à travers une approche innovante combinant microbiologie, génétique, biochimie, biologie moléculaire et métagénomique. . Ils disposent d'une plateforme expérimentale high-tech de 200 m² dédiée au séquençage de nouvelle génération (Miseq, Illumina®, MinION).
Dans le cadre du projet « 5G-Sens-Skin », financé par l'Anses (2023-2026), le laboratoire recrute un.e Ingénieur.e de Recherche en bioinformatique. Ce projet d'avant-garde évalue l'impact des radiofréquences 5G sur la peau et ses bactéries, avec des implications cruciales pour la santé publique. Vous aurez l'opportunité d'analyser les données génomiques de microbiotes cutanés de souris exposées à la 5G, en étroite collaboration avec une équipe multidisciplinaire d'experts et au sein d'un environnement scientifique exceptionnel sur le campus de l'Ecole Centrale de Lyon.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Salaire : selon expérience et diplôme (Master 2 en écologie, bio-informatique…)

Contrainte : Laboratoire en ZRR, avis FSD obligatoire poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Informations complémentaires

Information complémentaires :
Possibilité de restauration sur place + remboursement partiel des frais de transport en commun. Accès aux infrastructures sportives et culturelles de l'Ecole Centrale de Lyon et de la Délégation Rhône-Auvergne du CNRS