CDD Ingénieur (H/F) de recherche

Job Description

Missions

Sous la responsabilité de l’équipe de recherche et développement de la plateforme d’imagerie photonique UTechS Photonic Bio Imaging (PBI) de l’Institut Pasteur, l’ingénieur/e participera au transfert vers le service de la plateforme du workflow SCALE (Spatial Cleared-tissue Affordable Multiplexed Expression mapping), financé par France-BioImaging dans le cadre de l’appel à projets Tech Transfer to Core Facilities 2026.

L’objectif principal est de transformer les développements méthodologiques actuels en un service ouvert et standardisé de transcriptomique spatiale pour tissus 3D épais. Le/La candidat/e sera chargé/e de consolider les protocoles de clearing, d’hybridation in situ (smFISH, HCR multispectral, AutoFISH séquentiel), d’acquisition sur microscopes confocaux/spinning disk existants, et d’analyse des données. Un volet important consistera à établir les procédures opératoires standard (SOP), les critères de contrôle qualité et la documentation utilisateur, ainsi qu’à initier l’ouverture du service à une cohorte d’utilisateurs pilotes.

Activity

• Standardisation du workflow SCALE : optimisation et documentation des protocoles de fixation, d’inclusion dans un hydrogel, de clearing et d’hybridation in situ pour des échantillons épais (organes sur puce, cerveaux de zebrafish en whole-mount, coupes de tissus).
• Contrôle qualité et benchmark : définition de critères d’acceptation des échantillons, de seuils de signal/bruit et de protocoles de validation des rounds d’hybridation.
• Documentation et transfert : rédaction des SOP, des protocoles utilisateurs et des supports de formation ; participation à la montée en compétences des agents permanents de la plateforme PBI (train-the-trainer).
• Relation avec les utilisateurs : collecte des retours d’expérience, ajustement des délais et des procédures de prestation.
• Veille et diffusion : participation au groupe de travail FBI Multiplexed Imaging et préparation d’un atelier de présentation du service (ex. MIFOBIO 2027).

Your Profil

Skills

• Bonne connaissance de la microscopie optique (confocale, spinning disk, imagerie de fluorescence).
• Expérience en biologie moléculaire et/ou en hybridation in situ (FISH, smFISH, HCR, FISH séquentiel) appréciée.
• Connaissances en analyse d’images et/ou en utilisation de logiciels de bio-imagerie (ImageJ/Fiji, napari, etc.) (un plus)
• Notions en microfluidique, en automatisation d’acquisition ou en programmation de microscopes (un plus).
• Curiosité scientifique et intérêt pour la biologie des tissus et l’imagerie quantitative.
• Capacité à travailler en équipe dans un environnement multiculturel et multidisciplinaire.
• Autonomie, rigueur, sens de l’organisation et aptitude à documenter les procédures.
• Bonne communication en anglais scientifique (oral et écrit).

Your Work Environment

Le poste est localisé au sein de la plateforme Photonic Bio Imaging (PBI) de l'Institut Pasteur, dirigée par Florian Muller (https://research.pasteur.fr/en/team/photonic-bio-imaging-utechs-pbi/).
Le/La candidat/e travaillera en étroite collaboration avec l'équipe R&D du PBI, les partenaires biologistes de l'Institut Pasteur et le réseau FBI.
La personne recrutée sera sous la responsabilité de Monsieur Florian Muller

Compensation and benefits

Compensation

comprise entre 3 237,95€ et 3754,78€ bruts mensuel

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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