Missions

Sous la responsabilité de l'équipe recherche et développement de la plateforme d'imagerie photonique de l'institut Pasteur, UTechS Photonic Bio Imaging (PBI), il/elle travaillera sur l'analyse des données smFISH. L'objectif principal sera le développement d'un pipeline d'analyse automatisé pour segmenter les cellules, détecter des molécules d'ARN individuelles, et décrire leur localisation intracellulaire. Un aspect important sera l'établissement d'un benchmark quantitatif des implémentations récentes de différentes méthodes de détection de points.

Activités

• Acquérir les compétences nécessaires (microscopie, smFISH).
• Analyse d'images
• Discussion avec les partenaires du projet sur leurs besoins et communiquer avec le reste de l'équipe des résultats et développement en cours.

Compétences

• Connaissance de la microscopie optique en générale.
• Une bonne maitrise en analyse d'images en Python.
• Connaissances en vision artificielle et en apprentissage profond sont un plus.
• Curiosité scientifique et intérêt pour les thématiques liées à la santé publique
• Pouvoir s'intégrer à une équipe dynamique dans un milieu multiculturel et multidisciplinaire.
• Savoir communiquer en Anglais scientifique

Contexte de travail

Le poste financé par "Financement Tech Transfert France Bioimaging" est localisé au sein de la plateforme "Photonic Bio Imaging" (PBI) (https://research.pasteur.fr/en/team/photonic-bioimaging-utechs-pbi/) de l'Institut Pasteur et s'exerce en interaction avec l'équipe « Imagerie quantitative de l'ARN » dirigée par Florian Muller (https://research.pasteur.fr/fr/member/florian-muller/) .
Le candidat sera sous la responsabilité de Florian Muller.
Vous disposerez d'un restaurant d'entreprise, de deux cafétérias. L'institut Pasteur dispose d'un comité d'entreprise auquel vous aurez accès.