Missions

Les maladies infectieuses sont souvent le principal agent sélectif dans la nature, et nous ne pouvons pas comprendre comment les populations évoluent sans comprendre leurs agents pathogènes. Au-delà de l'immunité de l'hôte, un facteur important déterminant la capacité des agents pathogènes à envahir et à proliférer chez un hôte est le microbiote résident. Cependant, nous commençons seulement à en entrevoir ses multiples impacts. Nous en savons encore moins sur les interactions entre les agents pathogènes eux-mêmes. Tout effort pour expliquer comment les communautés d’agents pathogènes, ou pathobiote, se développent au sein d'un hôte nécessite de savoir dans quelle mesure les agents pathogènes s'engagent dans la compétition, le commensalisme et la coopération, à la fois avec d'autres pathogènes et le reste du microbiote. Dans le projet PATHOCOM (https://figshare.com/articles/preprint/PATHOCOM_proposal/13174337), nous visons à mettre en place un programme qui intègre des observations de terrain à large échelle du microbiote/pathobiote chez la plante Arabidopsis thaliana, avec des tests expérimentaux à ultra haut-débit d’interactions dépendantes de l'hôte entre les agents pathogènes, permettant par la suite de prédire des communautés stables d’agents pathogènes par modélisation. Dans ce contexte, le poste d’ingénieur/ingénieure d’études s’inscrit dans la quatrième étape du projet PATHOCOM, qui vise à valider fonctionnellement (i) des QTLs bactériens impliqués dans les interactions entre souches pathogènes (Pseudomonas syringae and Xanthomonas campestris), et (ii) des QTLs de souches bactériennes commensales affectant les interactions entre souches pathogènes. Ce poste d’ingénieur/ingénieure d’études 30 mois est financé par l'ERC (European Research Council) et s’inscrit dans le cadre d'un projet interdisciplinaire et collaboratif avec les groupes de recherche de Detlef Weigel (Max Planck Institute, Tübingen, Allemagne) et Joy Bergelson (New-York Université, États-Unis).

Activités

En collaborant avec 3 post-docs, une autre ingénieure d’études et une technicienne de l’équipe d’accueil, l’ingénieur/ingénieure d’études aura en charge de valider fonctionnellement des QTLs bactériens impliqués dans les interactions pathogène-pathogène et préalablement identifiés par des membres de l’équipe d’accueil ou des membres des deux autres équipes partenaires du projet ERC PATHOCOM. Pour mener à bien ses missions, l’ingénieur/ingénieure d’études devra assurer une veille technologique pour identifier les dernières méthodologies de validation fonctionnelle de QTLs chez des bactéries et effectuer la validation fonctionnelle d’une cinquantaine de QTLs. L’ingénieur/ingénieure d’études sera en charge de l’organisation de l’infection des plantes à l’aide de robots pipeteurs afin de valider in planta l’effet des lignées transgéniques générées.

Compétences

Les candidats/candidates devront avoir une expérience extrêmement solide en microbiologie, génétique bactérienne et cultures in vitro (microbes et plantes). Des compétences en manipulation de robots pipeteurs et en traitement de gros jeux de données seront un plus. Un très bon niveau en anglais est requis.

Contexte de travail

Le LIPME offre un excellent environnement scientifique d'équipes travaillant sur les interactions plante-microbe ou plante-plante (https://en.lipme.fr/). En tant que membre du LabEx (Laboratoire d'Excellence) TULIP (https://www.labex-tulip.fr/labex-tulip_eng/) et de la Fédération de Recherche AgroBiosciences, Interactions et Biodiversité (http://www.fraib.fr/), le LIPME bénéficie également d’un cadre d’interaction avec d’autres laboratoires spécialisés dans le domaine végétale et l'écologie, et comprend localement des services et plateformes (y compris en imagerie et phénotypage haut-débit).
Pour plus d'informations dur l’équipe d’accueil ECOGEN : https://en.lipme.fr/ecogen-1

Contraintes et risques

L’ingénieur/ingénieure d’études sera localisé(e) au LIPME. Il/elle sera peut-être amené-e à réaliser chaque année des séjours courts (2-4 semaines) dans les laboratoires de Detlef Weigel et Joy Bergelson. Le laboratoire est régi par un règlement intérieur.