Missions

Les maladies infectieuses sont souvent le principal agent sélectif dans la nature, et nous ne pouvons pas comprendre comment les populations naturelles évoluent sans comprendre leurs agents pathogènes. Au-delà de l'immunité de l'hôte et des conditions abiotiques, un facteur important déterminant la capacité des agents pathogènes à envahir et à proliférer chez un hôte est le microbiote résident. Cependant, nous commençons seulement à en entrevoir ses multiples impacts. Nous en savons encore moins sur les interactions entre les agents pathogènes eux-mêmes. Tout effort pour expliquer comment les communautés d’agents pathogènes, ou pathobiote, se développent au sein d'un hôte nécessite de comprendre comme les agents pathogènes interagissent entre eux et comment ces interactions pathogène-pathogène sont modulées par le microbiote de l’hôte, la génétique de l’hôte et l’environnement abiotique. Dans le projet PATHOCOM (https://figshare.com/articles/preprint/PATHOCOM_proposal/13174337), nous visons à mettre en place un programme qui intègre des observations de terrain à large échelle du microbiote/pathobiote chez la plante Arabidopsis thaliana, avec des tests expérimentaux à ultra haut débit d’interactions dépendantes de l'hôte entre les agents pathogènes, permettant par la suite de prédire des communautés persistantes d’agents pathogènes par modélisation. Dans ce contexte, le projet postdoctoral s’inscrit dans la troisième étape du projet PATHOCOM, qui vise, entre autres, à tester l’effet de la génétique d’A. thaliana sur les interactions entre 6 souches bactériennes pathogènes (3 souches de l’espèce pathogène Pseudomonas syringae et 3 souches de l’espèce Xanthomonas campestris). Pour atteindre ces objectifs, la personne recrutée devra (i) mettre en place des expériences de GWA mapping de grande ampleur en conditions in vitro et en conditions de champ, et (ii) valider fonctionnellement plusieurs QTLs en utilisant des outils d’édition des génomes de plantes de dernière génération (e.g. CRISPR/Cas9). La personne recrutée travaillera avec un panel de 200 souches du sud-ouest de la France séquencées avec la technologie Illumina, dont 50 aussi séquencées avec la technologie PacBio. La personne recrutée bénéficiera d’outils permettant d’effectuer du phénotypage haut-débit (e.g. robots pipeteurs, souches bactériennes barcodées, imagerie haut-débit de la croissance végétative…). Ce projet postdoctoral de 24 mois (+12 mois renouvelables) est financé par l'ERC (European Research Council) et sera réalisé dans le cadre d'un projet interdisciplinaire et collaboratif avec les groupes de recherche de Detlef Weigel (Max Planck Institute, Tübingen, Allemagne) et Joy Bergelson (Université de New-York, États-Unis).

Activités

Le/la postdoc sera en charge de mettre en place des expériences de GWA mapping afin de tester l’effet de 200 accessions naturelles d’A. thaliana sur 6 paires de souches pathogènes en conditions in vitro et en conditions de champ. Alors que les expériences de GWA mapping en conditions in vitro seront réalisées en France (Toulouse), les expériences de GWA mapping en conditions de champ seront réalisées aux Etats-Unis (3-4 séjours de 6 semaines chacun). Le/la postdoc aura aussi la charge de valider fonctionnellement plusieurs QTLs en utilisant des outils d’édition des génomes de plantes de dernière génération. Pour mener à bien ses missions, le/la postdoc travaillera avec un/une autre postdoc sur le même projet et sur la même période, mais avec des compétences complémentaires. Le/la postdoc pourra aussi s’appuyer sur un collectif d’ITA travaillant sur des missions proches de celle demandées pour ce profil.

Compétences

Les candidats/candidates doivent avoir de très fortes compétences en (i) génétique quantitative, (ii) design de plans expérimentaux pour des expériences de phénotypage avec plusieurs milliers de plantes, et (iii) analyses biostatistiques de gros jeux de données. Des compétences en biologie moléculaire pour fonctionnellement valider des gènes candidats sous-jacents à des QTLs de plante seront un réel plus. Un très bon niveau en anglais est requis.

Contexte de travail

Le LIPME offre un excellent environnement scientifique d'équipes travaillant sur les interactions plante-microbe ou plante-plante (https://en.lipme.fr/). En tant que membre du LabEx (Laboratoire d'Excellence) TULIP (https://www.labex-tulip.fr/labex-tulip_eng/) et de la Fédération de Recherche AgroBiosciences, Interactions et Biodiversité (http://www.fraib.fr/), le LIPME bénéficie également d’un cadre d’interaction avec d’autres laboratoires spécialisés dans le domaine végétale et l'écologie, et comprend localement des services et plateformes (y compris en imagerie et phénotypage haut-débit).
Pour plus d'informations dur l’équipe d’accueil ECOGEN:
https://en.lipme.fr/ecogen-1

Contraintes et risques

Le/la postdoc sera localisé(e) au LIPME, mais devra réaliser 3-4 séjours de 6 semaine chacun dans le laboratoire de Joy Bergelson pour la mise en place d’expériences de GWA mapping en conditions de champ. Le laboratoire est régi par un règlement intérieur.