Missions

Les maladies infectieuses sont souvent le principal agent sélectif dans la nature, et nous ne pouvons pas comprendre comment les populations évoluent sans comprendre leurs agents pathogènes. Au-delà de l'immunité de l'hôte, un facteur important déterminant la capacité des agents pathogènes à envahir et à proliférer chez un hôte est le microbiote résident. Cependant, nous commençons seulement à en entrevoir ses multiples impacts. Nous en savons encore moins sur les interactions entre les agents pathogènes eux-mêmes. Tout effort pour expliquer comment les communautés d'agents pathogènes, ou pathobiote, se développent au sein d'un hôte nécessite de savoir dans quelle mesure les agents pathogènes s'engagent dans la compétition, le commensalisme et la coopération, à la fois avec d'autres pathogènes et le reste du microbiote. Dans le projet PATHOCOM (https://figshare.com/articles/preprint/PATHOCOM_proposal/13174337), nous visons à mettre en place un programme qui intègre des observations de terrain à large échelle du microbiote/pathobiote chez la plante Arabidopsis thaliana, avec des tests expérimentaux à ultra haut-débit d'interactions dépendantes de l'hôte entre les agents pathogènes, permettant par la suite de prédire des communautés stables d'agents pathogènes par modélisation. Dans ce contexte, le poste de technicien/technicienne de recherche s'inscrit dans la deuxième étape du projet PATHOCOM, qui vise à (i) caractériser les interactions (compétition, coopération…) entre 500 souches bactériennes naturelles entièrement séquencées de 3 espèces pathogènes représentative du pathobiote (150 souches par espèce) et de 50 espèces commensales représentative du microbiote, et (ii) décrire l'architecture génétique sous-jacente à ces interactions. Ce poste de technicien/technicienne de recherche de 18 mois est financé par l'ERC (European Research Council) et s'inscrit dans le cadre d'un projet interdisciplinaire et collaboratif avec les groupes de recherche de Detlef Weigel (Max Planck Institute, Tübingen, Allemagne) et Joy Bergelson (New-York Université, États-Unis).

Activités

Le/la technicien/technicienne sera intégré/intégrée dans un groupe de plusieurs personnes (assistantes ingénieurs, ingénieur d'étude, post-doc…) pour caractériser des interactions in planta entre les 500 souches bactériennes. Il/elle sera en charge de la culture des plantes en conditions in vitro, de la culture in vitro des souches bactériennes, de la préparation des milieux de culture pour les plantes et les bactéries, de la co-infection des plantes à l'aide de plusieurs robots pipeteurs, de la récolte des plantes plusieurs jours après infection et de l'extraction de leur ADN.

Compétences

Les candidats/candidates doivent avoir de très bonnes compétences en culture de plantes, en microbiologie et en biologie moléculaire. Un bon niveau en anglais est requis.

Contexte de travail

Le LIPME offre un excellent environnement scientifique d'équipes travaillant sur les interactions plante-microbe ou plante-plante (https://en.lipme.fr/). En tant que membre du LabEx (Laboratoire d'Excellence) TULIP (https://www.labex-tulip.fr/labex-tulip_eng/) et de la Fédération de Recherche AgroBiosciences, Interactions et Biodiversité (http://www.fraib.fr/), le LIPME bénéficie également d'un cadre d'interaction avec d'autres laboratoires spécialisés dans le domaine végétale et l'écologie, et comprend localement des services et plateformes (y compris en imagerie et phénotypage haut-débit).
Pour plus d'informations dur l'équipe d'accueil ECOGEN : https://en.lipme.fr/ecogen-1

Contraintes et risques

Le/la technicien/technicienne sera localisé(e) au LIPME. Le laboratoire est régi par un règlement intérieur.