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Portail > Offres > Offre UMR2594-FABROU-004 - Post-doc en génomique écologique (H/F)

Post-doc en génomique écologique (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : samedi 27 août 2022

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Informations générales

Référence : UMR2594-FABROU-004
Lieu de travail : CASTANET TOLOSAN
Date de publication : samedi 6 août 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 14 novembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2757 et 3915 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Les maladies infectieuses sont souvent le principal agent sélectif dans la nature, et nous ne pouvons pas comprendre comment les populations évoluent sans comprendre leurs agents pathogènes. Au-delà de l'immunité de l'hôte, un facteur important déterminant la capacité des agents pathogènes à envahir et à proliférer chez un hôte est le microbiote résident. Cependant, nous commençons seulement à en entrevoir ses multiples impacts. Nous en savons encore moins sur les interactions entre les agents pathogènes eux-mêmes. Tout effort pour expliquer comment les communautés d'agents pathogènes, ou pathobiote, se développent au sein d'un hôte nécessite de savoir dans quelle mesure les agents pathogènes s'engagent dans la compétition, le commensalisme et la coopération, à la fois avec d'autres pathogènes et le reste du microbiote. Dans le projet PATHOCOM (https://figshare.com/articles/preprint/PATHOCOM_proposal/13174337), nous visons à mettre en place un programme qui intègre des observations de terrain à large échelle du microbiote/pathobiote chez la plante Arabidopsis thaliana, avec des tests expérimentaux à ultra haut débit d'interactions dépendantes de l'hôte entre les agents pathogènes, permettant par la suite de prédire des communautés stables d'agents pathogènes par modélisation. Dans ce contexte, le projet postdoctoral s'inscrit dans la deuxième étape du projet PATHOCOM et vise à caractériser le spectre d'interactions in planta (compétition, commensalisme, coopération…) entre 600 souches bactériennes (150 souches de chacune des bactéries pathogènes Pantoea agglomerans, Pseudomonas syringae and Xanthomonas campestris et 150 souches de la bactérie Sphingomonas sp. comme représentant du microbiote non-pathogène). Pour établir cette matrice d'interactions, la personne recrutée bénéficiera d'outils permettant d'effectuer du phénotypage haut-débit (robots pipeteurs, souches bactériennes et lignées végétales barcodées, imagerie haut-débit de la croissance végétative…). Ce projet postdoctoral de 36 mois est financé par l'ERC (European Research Council) et sera réalisé dans le cadre d'un projet interdisciplinaire et collaboratif avec les groupes de recherche de Detlef Weigel (Max Planck Institute, Tubingen, Allemagne) et Joy Bergelson (New -Université York, États-Unis).

Activités

Le/la post-doc sera en charge de la caractérisation in planta du spectre d'interactions par paire entre 600 souches bactériennes isolées à partir de populations naturelles d'Arabidopsis thaliana (450 souches pathogènes + 150 souches non-pathogènes, 200 souches isolées en Allemagne, aux Etats-Unis et en France). Le/la post-doc sera aussi en charge de la caractérisation de l'évolution de mélanges complexes de bactéries (de 150 à 500 souches) dans des populations expérimentales conduites in planta. Le/la post-doc devra interagir avec trois autres post-docs avec de fortes compétences en microbiologie (travaillant à Tübingen et New-York), qui effectueront la même caractérisation du spectre d'interactions entre les 600 souches bactériennes. Par ailleurs, le/la post-doc sera assisté(e) dans ses activités par deux assistantes ingénieur.

Compétences

Le/la candidat/candidate doit avoir de solides compétences en écologie et en biologie moléculaire. Afin d'apporter une complémentarité aux compétences en microbiologie des trois autres post-docs travaillant à Tübingen et New-York, le/la candidat/candidate doit aussi avoir des compétences en biologie du développement chez les plantes, ceci afin d'évaluer l'impact des co-infections sur la croissance végétative des plantes d'Arabidopsis thaliana. Des compétences en manipulation de gros jeux de données et analyses statistiques ne sont pas nécessaires mais devront être acquises la première année. Un très bon niveau d'anglais est requis.

Contexte de travail

Le LIPME offre un excellent environnement scientifique d'équipes travaillant sur les interactions plante-microbe ou plante-plante (https://en.lipme.fr/). En tant que membre du LabEx (Laboratoire d'Excellence) TULIP (https://www.labex-tulip.fr/labex-tulip_eng/) et de la Fédération de Recherche AgroBiosciences, Interactions et Biodiversité (http://www.fraib.fr/), le LIPME bénéficie également d'un cadre d'interaction avec d'autres laboratoires spécialisés dans le domaine végétale et l'écologie, et comprend localement des services et plateformes (y compris en imagerie et phénotypage haut-débit).
Pour plus d'informations dur l'équipe d'accueil ECOGEN:
https://en.lipme.fr/ecogen-1

Contraintes et risques

Le/la postdoctorant(e) sera localisé(e) au LIPME, mais sera amené(e) à réaliser chaque année des séjours courts (2-3 semaines) dans les laboratoires de Detlef Weigel et Joy Bergelson. Le laboratoire est régi par un règlement intérieur.

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