Missions

Concevoir, développer et diffuser des outils et méthodes d’analyse d’images au service de la communauté France-BioImaging, tout en apportant un soutien méthodologique et technologique aux projets scientifiques portés par les laboratoires et plateformes partenaires.

Activités

Identifier et analyser les besoins en analyse d’images de la communauté France-BioImaging (via enquêtes, échanges avec les plateformes, participation aux groupes de travail F-BIAS).
Développer, implémenter et tester des plugins, codes ou macros dans des logiciels d’analyse généralistes (ImageJ/Fiji, Python, ilastik, Napari, CellProfiler...).
Créer et documenter des workflows complets pour répondre à des problématiques biologiques spécifiques.
Rédiger des notes techniques, tutoriels et documentations pour favoriser l’autonomie des utilisateurs et la diffusion des méthodes.
Assurer un rôle d’expertise et de conseil auprès des utilisateurs sur le choix des outils, les possibilités et les limites des approches d’analyse.
Former et transférer les compétences auprès des étudiants, ingénieurs et chercheurs de la communauté FBI (cours, workshops, open desks, challenges).
Participer aux activités nationales FBI, notamment les réunions F-BIAS, les open desks, les challenges d’analyse et les actions de formation.
Concevoir et développer des outils innovants d’automatisation ou de “smart microscopy” à moyen et long terme.
Assurer une veille technologique et scientifique sur les logiciels, méthodes d’intelligence artificielle, outils open-source et standards de données.
Soutenir les activités locales de la plateforme en participant à des projets collaboratifs d’analyse d’images et en accompagnant les utilisateurs dans leurs travaux.

Compétences

Savoirs :
Analyse et traitement d’images 2D/3D/4D, microscopie photonique et/ou électronique.
Outils open-source ou commerciaux (ImageJ/Fiji, Icy, Napari, Python, CellProfiler, ilastik, Imaris, NIS…).
Langages de programmation et scripts : Python, Java, Matlab, ou équivalents.
Connaissances de base en biologie cellulaire ou structurale serait un plus
Bonne compréhension des flux de données, formats d’images, et bases de données (OMERO).

Savoir-faire :
Développer et valider des workflows d’analyse reproductibles.
Rédiger des notes techniques et supports de formation.
Concevoir des formations courtes adaptées aux utilisateurs non experts.
Interagir efficacement avec des chercheurs, ingénieurs et étudiants de disciplines variées.

Savoir-être :
Esprit de service et de collaboration.
Autonomie, rigueur, curiosité scientifique.
Goût pour le travail en réseau et l’innovation.

Contexte de travail

L’ingénieur·e sera rattaché·e à une plateforme membre du réseau France-BioImaging, sous la responsabilité scientifique du coordinateur local (plateforme d’imagerie PICT-IBiSA CNRS UMR-144 de l’Institut Curie) et en interaction directe avec les membres du réseau F-BIAS.
Des déplacements ponctuels sont à prévoir pour des formations ou des réunions nationales.

Contraintes et risques

Il n’existe aucune contrainte particulière ni de risque associé à ce poste, qui s’effectue principalement sur ordinateur et sans astreinte horaire.