Missions

La plateforme de bioinformatique InforBio recherche un.e ingénieur.e pour un CDD de 12 à 18 mois (en fonction de l'expérience). L’ingénieur.e aura à charge le suivi d’un projet sur de petits ARN, en étroite collaboration avec l’équipe Transgenerational Epigenetics & small RNA biology de l’IBPS à Sorbonne Université (https://www.ibps.sorbonne-universite.fr/fr/Recherche/umr-biologie-developpement/epigenetique-transgenerationnelle-biologie-petits-arn) et pourra s’impliquer sur différents projets de la plateforme en fonction de son profil.

Activités

Les ARN interagissants avec Piwi (Piwi-interacting RNA, piRNA) sont de petits ARN impliqués dans le contrôle des éléments transposables. La plupart de piARNs sont regroupés en clusters sur le génome. Ces clusters sont majoritairement localisés dans des régions riches en répétitions ou encore dans les régions intergéniques. Le projet a pour but d’étudier la formation de ces clusters.

L’ingénieur·e en bioinformatique contribuera activement à :
- L’analyse des données transcriptomiques et génomiques obtenues par séquençage (RNA seq, Oxford Nanopore Technology)
- Le développement et l’optimisation de pipelines bioinformatiques pour l’identification et l’analyse des clusters piRNA.
- L’intégration des données épigénomiques et transcriptomiques pour comprendre les mécanismes d’activation des clusters piRNA.
- La collaboration avec les biologistes pour interpréter les résultats dans un contexte fonctionnel.

Compétences

- Maîtrise des outils et langages de programmation couramment utilisés en bioinformatique (Python ou R, Bash).
- Expertise dans le traitement de données NGS, en particulier transcriptomiques (RNA-seq, petits ARN) et épigénomiques (ChIP-Seq).
- Bonnes notions en génétique moléculaire.
- Manipulation de fichiers BAM, outils d’alignement (Bowtie, BWA)
- Connaissance des bases de données génomiques (Ensembl, NCBI, UCSC, etc.), et des outils d’annotation de génomes
- Capacité à collaborer au sein d’équipes multidisciplinaires (biologistes, bioinformaticiens).
- Sens de l’organisation et capacité à gérer des projets avec des délais définis.
- Excellentes compétences en communication scientifique, écrite et orale.

Une expérience avec des outils d’analyse des modifications d’ARN issus de séquençage ONT nanopore serait un plus.

Contexte de travail

Le/La candidat.e intègrera la plateforme de bioinformatique InforBio de l'IBPS localisée sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université.
Il/Elle bénéficiera d'un double encadrement, combinant l'expertise de la plateforme InforBio et de l'équipe Transgenerational Epigenetics & small RNA biology dirigée par Clément Carré et Laure Teysset (IBPS, Sorbonne Université)

Contraintes et risques

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