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Portail > Offres > Offre UAR3579-FRAMER-003 - Ingénieur biologiste en traitement de données (H/F)

Ingénieur biologiste en traitement de données (H/F)


Date Limite Candidature : mercredi 31 juillet 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur biologiste en traitement de données (H/F)
Référence : UAR3579-FRAMER-003
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : BANYULS SUR MER
Date de publication : mercredi 10 juillet 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : à partir de 2 349 € Brut mensuel, ajustable selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 6 - (Bac+3 ou 4)
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Missions

L'ingénieur aura pour mission la mise en œuvre des différents outils bioinformatiques nécessaires au stockage, au traitement, à la visualisation et à l’analyse des données de séquençage haut débit (transcriptomes, génomes et métagénomes) issues des projets de recherche en génomique évolutive et environnementale du phytoplancton, et (2) Il/elle aura également pour mission l’implémentation du plan de gestion des données.

Activités

- Mettre en place les procédures de recueil et de contrôle qualité des données issues du séquençage à très haut débit (RNA-seq, DNA-seq)
- Annotation de génomes (viraux, bactériens et eucaryotes)
- Organiser l’installation et l’archivage des codes nécessaires à l’analyse des différents types de données
- Assurer la maintenance des bases de données développées
- Participer à l’analyse des données de génomique des populations en collaborations avec les chercheurs

Compétences

- Expertise en bioinformatique (analyses NGS, assemblage, annotation, programmation R, méthodes de génomique comparative)
- Connaissances solides en informatique (maîtrise d'un ou plusieurs langages de programmation)
- Connaissances générales en biologie requises
- Expérience nécessaire dans l'analyse de données issues des technologies à très haut débit (RNA-seq, DNA-seq)
- Maîtrise de l'anglais scientifique et technique
- Autonomie, rigueur, et ouverture d’esprit
- Capacité de communication

Contexte de travail

Le poste sera affecté à l’UAR3579, Biodiversité et Biotechnologie Marine (LBBM), qui fait partie de l’observatoire océanologique de Banyuls sur mer. L’unité LBBM compte une trentaine de personnes qui s’intéressent à des questions biologiques variées, dont la génomique évolutive et environnementale du phytoplancton et des virus associés.
La personne recrutée participera activement aux projets développés dans le cadre de collaborations internationales au sein de l’axe GENOPHY. Ces réseaux incluent par exemple des consortiums de séquençage des génomes d’organismes étudiés dans le laboratoire (communautés phytoplanctoniques) et des réseaux internationaux au sein desquels un grand nombre de métagénomes ont été produits tels que TARA Europa et la campagne TREC