Missions

La personne recrutée participera aux conseils sur les designs expérimentaux, assurera le contrôle qualité des données NGS et réalisera des analyses bioinformatiques et biostatistiques des données produites sur la plateforme en suivant les pipelines existants. Elle sera également amenée à participer aux développements de nouveaux pipelines ou d’outils d’analyse des données. Elle participera à la démarche qualité NFX50-900 (ISO9001).

Activités

- Recueillir les données de séquençage haut débit et contrôler leur qualité ;
- Réaliser des analyses bioinformatiques et statistiques des données de séquençage haut-débit à l’aide des pipelines existants, en les adaptant si nécessaire, ou par la mise en place de nouveaux pipelines ;
- Rédiger des rapports destinés aux clients sur l'analyse qualité, le traitement bioinformatique et l'analyse statistique des données ;
- Rédiger des matériels et méthodes et déposer les éléments nécessaires dans des bases de données publiques en vue de leur publication;
- Gérer des projets clients, interagir et conseiller ces derniers.
- Assurer la veille technologique dans le domaine.
- Veiller à la mise en œuvre des procédures d’assurance qualité
- Assurer la formation, le support et la maintenance auprès des utilisateurs

Compétences

Savoir-faire :
- Langages : R, Python, bash, LaTeX
- Analyse de données de séquençage (notamment RNA-seq et single-cell RNA-seq)
- La connaissance d’un gestionnaire de workflow serait un plus (Snakemake, Nextflow)
- Connaissances générales dans le domaine de la biologie moléculaire et du séquençage haut-débit (NGS)
- Aisance sous Unix, Linux
- Anglais scientifique (B2)
- Très bonne communication écrite et orale, en français et en anglais
- Goût pour le travail en équipe
- Esprit d’analyse

Savoir-être :
- Rigueur, sens de l’organisation autonomie.

Contexte de travail

L’ingénieur(e) recruté(e) sera affecté(e) au plateau NGS de la plateforme MGX localisé à l’Institut de Génomique Fonctionnelle.
Le plateau MGX-NGS propose de nombreuses applications basées sur le séquençage haut débit. La qualité des travaux réalisés et de l'organisation de ce plateau est attestée par sa participation à l'infrastructure nationale France Génomique en tant que membre du noyau central, par sa labélisation par le GIS IBiSA, par ses certifications ISO9001 et NFX50-900, et par les enquêtes satisfactions menées chaque année.
Au sein de l’équipe bioinformatique du plateau, la personne recrutée travaillera, en collaboration avec une ingénieure d’études, sous la responsabilité d’un ingénieur de recherche.
Elle interagira également avec les biologistes du plateau ainsi qu’avec les chercheurs et ingénieurs des équipes de recherche.

Contraintes et risques

Risques liés au travail sur écran.