Missions

La personne recrutée participera aux conseils sur les designs expérimentaux, assurera le contrôle qualité des données NGS et réalisera des analyses bioinformatiques et biostatistiques des données produites sur la plateforme en suivant les pipelines existants. Elle sera également amenée à participer aux développements de nouveaux pipelines ou d’outils d’analyse des données. Elle participera à la démarche qualité NFX50-900 (ISO9001).

Activités

- Recueillir les données de séquençage haut débit et contrôler leur qualité ;
- Réaliser des analyses bioinformatiques et statistiques des données de séquençage haut-débit à l’aide des pipelines existants, en les adaptant si nécessaire, ou par la mise en place de nouveaux pipelines ;
- Rédiger des rapports destinés aux clients sur l'analyse qualité, le traitement bioinformatique et l'analyse statistique des données ;
- Rédiger des matériels et méthodes et déposer les éléments nécessaires dans des bases de données publiques en vue de leur publication;
- Gérer des projets clients, interagir et conseiller ces derniers.
- Assurer la veille technologique dans le domaine.
- Veiller à la mise en œuvre des procédures d’assurance qualité
- Assurer la formation, le support et la maintenance auprès des utilisateurs

Compétences

Savoir-faire :
- Langages : R, Python, bash, LaTeX
- Analyse de données de séquençage (notamment RNA-seq et single-cell RNA-seq)
- La connaissance d’un gestionnaire de workflow serait un plus (Snakemake, Nextflow)
- Connaissances générales dans le domaine de la biologie moléculaire et du séquençage haut-débit (NGS)
- Aisance sous Unix, Linux
- Des connaissances en administration système (Linux) seraient appréciées
- Anglais scientifique écrit, oral
- Très bonne communication écrite et orale, en français et en anglais
- Goût pour le travail en équipe
- Esprit d’analyse
Savoir-être :
Nous recherchons un candidat ou une candidate dynamique, aimant communiquer, rigoureux ou rigoureuse ayant le sens de l'organisation et qui sache faire preuve d'autonomie.

Contexte de travail

La plateforme MGX sert la communauté biomédicale montpelliéraine en proposant de nombreuses applications basées sur le séquençage haut débit : transcriptomique (RNA-seq, smallRNA-seq), y compris sur cellules uniques (scRNAseq), identification de variants (mutations ponctuelles, SNP, indels, CNV), génotypage (RADseq, GBS), architecture chromatinienne et épigénomique (ChIP-seq, RRBS, WGBS), y compris sur cellules uniques (scATAC-seq) …
La qualité des travaux réalisés et de l’organisation de la plateforme est attestée par sa participation à l’infrastructure nationale France Génomique en tant que membre du noyau central, par sa labélisation par le GIS IBiSA, par ses certifications ISO9001 et NFX50-900, et par les enquêtes satisfactions menées chaque année.
L’Institut de Génomique Fonctionnelle est une unité mixte INSERM-CNRS-Université de Montpellier composée d’environ 300 personnes qui travaillent en neurosciences, physiologie cardiaque et endocrine et en oncologie.
L'ingénieur ou ingénieure travaillera en interaction avec les bioinformaticiens et biologistes de la plateforme ainsi qu’avec les chercheurs et ingénieurs des équipes de recherche.
Au sein de la partie bioinformatique de l’équipe, la personne recrutée travaillera sous la responsabilité d’un ingénieur de recherche, ainsi qu’avec une ingénieure d’étude.

Contraintes et risques

Pas d’astreinte. 38H30 par semaine.
Risques liés au travail sur écran.