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Portail > Offres > Offre UAR3426-EDIDEM0-038 - Ingénieur d'Etude en Informatique et Traitement d'image (H/F)

Ingénieur d'Etude en Informatique et Traitement d'image (H/F)


Date Limite Candidature : lundi 4 octobre 2021

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Informations générales

Référence : UAR3426-EDIDEM0-038
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : lundi 13 septembre 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 14 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2 109 € et 2 642 € brut mensuel selon diplôme et expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'ingénieur-e utilisera des approches Machine Learning et Deep Learning pour optimiser un logiciel d'analyse d'images de longues molécules d'ADN destiné à capturer les paramètres cinétiques de la réplication des génomes eucaryotes. Il_elle participera aussi à la détection et à l'exploitation des signaux BrdU dans les données produites par séquençage sur nanopores (MinION, ONT).

Activités

Activités :
- Traiter, débruiter et segmenter des images de grande taille issue d'un scanner de lames
- Analyser, mesurer et quantifier le signal
- Extraire les informations et les organiser dans des GUI
- Extraire et analyser les signaux de séquençage NGS sur nanopores
- Participer à l'analyse des signaux BrdU/EdU et à la cartographie des origines et fourches de réplication

Activités transverses
- Rédiger et présenter des rapports d'expériences ou d'études et notes techniques
- Assurer une veille scientifique et technologique

Compétences

Compétences attendues :
- Maitrise du machine learning et deep learning,
- Solide bases en mathématiques, notamment statistique, et en informatique.
- Connaissances des frameworks comme TensorFlow et PyTorch.
- Maitrise de Python, C++ et R.
- Connaissance des principes de "Kaizen" (optonnel).
- Connaissance de Git, Docker/Singularity et Cuda
- Connaissance de la méthodologie scientifique et de la biologie

Aptitudes :
- Goût du contact et de l'échange avec les ingénieurs des plateformes MDC et MRI et du partenaire industriel (ingénieurs, chercheurs, étudiants).
- Capacité à travailler en équipe, dynamisme, autonomie, envie d'apprendre.
- Aisance en communication écrite et orale en français et en anglais.
- Rigueur, sens de l'organisation

Contexte de travail

Montpellier DNA Combing (MDC) est une des 16 plateformes de l'unité d'appui à la recherche UAR BioCampus Montpellier. Elle est unique dans le monde académique et attire des clients au niveau national et international. MDC permet l'accès à la technique de peignage moléculaire de l'ADN pour l'analyse sur molécules individuelles des chromosomes eucaryotes. Le peignage moléculaire permet d'étirer et d'aligner de façon uniforme de longues fibres d'ADN sur des surfaces hydrophobes. Ces fibres peuvent ensuite être analysées par microscopie de fluorescence (FISH, immunofluorescence).

La plateforme est composée de 2 personnes (1 DR1 à 15 % et 1 IECN à 100%) et est hébergée au sein de l'IGMM qui est un institut multidisciplinaire hébergeant 200 personnes sur 4000 m². L'IGMM s'organise en 18 équipes de recherche, plateformes technologiques et services logistiques. Ses travaux ont un impact international fondamental en biologie moléculaire et cellulaire. Il est situé sur le campus CNRS historique de la « Route de Mende » et partage de nombreux programmes et plateformes technologiques avec ses instituts partenaires voisins, le CRBM et l'IRIM. Ainsi, outre un atelier et un magasin, les équipes et plateformes ont accès à toutes les technologies de base (imagerie confocale, cytométrie de flux…). Ensemble, ces trois instituts représentent un potentiel de 500 personnes dévolu à la recherche.

L'ingénieur-e travaillera au sein du SERANAD (Service d'Analyse des Données) de l'IGMM, sous la supervision de son responsable IR, et devra interagir avec les biologistes ainsi que les ingénieurs de MDC.

MDC développe un partenariat avec l'entreprise régionale INNOPSYS et la plateforme MRI. Ils ont l'intérêt commun de tester et développer un scanner de lames dédié à l'imagerie histologique mais aussi aux échantillons de peignage moléculaire. Ce prototype est situé sur le campus CNRS route de Mende. Le projet est financé par la Région et l'Europe, et permet le recrutement de 2 autres ingénieurs d'étude.

Contraintes et risques

Travail en autonomie et Interactions avec l'ensemble des interlocuteurs.

Informations complémentaires

Dépôt des candidatures avant le 1er octobre à 12h

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