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Post-doctorat "Élucidation du rôle de la Ded1 de la levure, une ARN hélicase à boîte DEAD, dans l'élongation de la traduction" (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 29 octobre 2021

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Informations générales

Référence : FR550-BRUMIR-005
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : vendredi 17 septembre 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Les salaires bruts varieront en fonction de l'expérience du candidat à partir de 3106€/mois (environ 2500€ net) pour un candidat ayant moins de 2 ans d'expérience post-doctorale. Consultez le barème officiel CNRS des salaires des chercheurs sur : http://labexdynamo.ibpc.fr/fp-dynamo-paris/
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Attention : vous ne devez pas avoir résidé ou exercé votre activité principale (par exemple travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant la date de recrutement.
Vous avez une expérience de la recherche dans le domaine concerné par l'annonce.

Ded1 (DDX3) est une hélicase à ARN à boîte DEAD chez la levure, qui est fonctionnellement conservée de la levure à l'homme. C'est une protéine de liaison à l'ARN dépendante de l'ATP et une ATPase dépendante de l'ARN. Elle peut dissocier de courtes hélices d'ARN et remodeler des complexes ribonucléoprotéiques. Cependant, elle peut également fonctionner comme une pince à ARN qui peut être activée ou désactivée en régulant l'activité ATPase. Nous avons découvert que Ded1 est régulée négativement par les protéines de la particule de reconnaissance du signal (SRP), et qu'elle peut être importante pour mettre en pause les ribosomes pendant la traduction des polypeptides dans le réticulum endoplasmique (https://doi.org/10.1101/2020.11.08.373522). De plus, Ded1 semble avoir un site secondaire de liaison à l'ARN indépendant de l'ATP et spécifique de certains ARN ; cela rappelle la protéine DEAD-box DbpA de E. coli qui possède un domaine carboxy-terminal qui lie spécifiquement l'hélice92 de l'ARN ribosomique. Nous souhaitons caractériser ce site de liaison et les caractéristiques de l'ARN qui sont reconnues, dans le but ultime de mieux comprendre le rôle biologique de Ded1.

Identifier et caractériser les substrats ARN de l'ARN hélicase Ded1 et élucider le(s) rôle(s) biologique(s) de cette protéine.
PI: Kyle Tanner, UMR 8261, tanner@ibpc.fr

Publications liées au projet:
Linder P, Jankowsky E. From unwinding to clamping - the DEAD box RNA helicase family. Nat Rev Mol Cell Biol. 2011 Jul 22;12(8):505-16. doi: 10.1038/nrm3154.
Hilal Yeter-Alat, Naïma Belgareh-Touzé, Emmeline Huvelle, Molka Mokdadi, Josette Banroques, N. Kyle Tanner. The DEAD-box RNA helicase Ded1 from yeast is associated with the signal recognition particle (SRP), and its enzymatic activity is regulated by SRP21. 2020 BioRXiv doi: https://doi.org/10.1101/2020.11.08.373522

Activités

- Transcription des substrats ARN par la polymérase T7
- Utilisation de gels ("électro-mobilité-shift-assays" ou EMSA) pour les interactions protéine-ARN
- Dosages enzymatiques de l'activité hélicase, en particulier des activités ATPase dépendantes de l'ARN
- Purification de protéines recombinantes exprimées dans E. coli

Compétences

Savoirs / connaissances
- Connaissance générale en biologie moleculaire (clonage, transformation de E.coli, etc)
- Connaissance générale en biochimie (enzymologie, purification de protéine, etc)
- Connaissance de la levure (préférence)
- Connaissance générale de l'anglais scientifique

Savoir-faire
- travailler avec les ARN et les protéines
- purification de protéines recombinantes
- utilisation de gels ("électro-mobilité-shift-assays" ou EMSA)
- dosages enzymatiques (ATPase, etc)

Savoirs-être
- Planifier et mettre en place une étude scientifique
- Organiser le travail au quotidien
- Travailler en équipe
- Bien tenir son cahier de laboratoire

Contexte de travail

Toutes les expériences seront réalisées au CNRS, à l'Institut de Biologie Physico-Chimique sur le campus Curie, dans le 5e arrondisement de Paris. Tout le matériel nécessaire se trouve déjà dans le laboratoire ou dans un rayon très proche.

Le projet s'inscrit dans le programme COFUND FP-DYNAMO-PARIS, initiative pour la recherche fondamentale, qui offre un environnement interdisciplinaire dans le centre de Paris afin de former les scientifiques de demain dans le domaine de la biologie physico-chimique. Le but de ce programme de recherche est d'intégrer les connaissances sur l'expression génétique, la biologie membranaire et structurale, et la bioénergétique chez les bactéries, les chloroplastes et les mitochondries dans le contexte général d'améliorer notre compréhension de la biogenèse des membranes transductrices d'énergie. Ces études impliquent l'utilisation de technologies de pointes incluant la biologie structurale (NMR, cristallographie aux rayons X et CryoEM), la transcriptomique, la spectrométrie de masse, la biologie synthétique, la microfluidique, la modélisation computationnelle et la visualisation. Les chercheurs post-doctoraux auront l'opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux: i) La biologie de l'ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires.
Les chercheurs post-doctoraux auront l'opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux: i) La biologie de l'ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires. Ils bénéficieront de l'encadrement d'experts reconnus internationalement dans leurs domaines, d'un réseau mondial d'institutions de renom, d'infrastructures de recherche et d'un savoir-faire technique de pointe qui leur permettront de perfectionner leurs compétences scientifiques, de se faire connaître et d'accroître leur compétitivité sur le marché du travail. Une formation spécifique sera proposée aux post-doctorants à travers la participation au cours EMBO sur « Le leadership de laboratoire pour les postdoctorants » lors d'une retraite à Padoue, et par leur participation à des événements de formation complémentaires dédiés aux compétences non techniques.

Contraintes et risques

Le contrat doit démarrer entre le 1er Janvier 2022 et le 31 Mai.

Informations complémentaires

Le dossier de candidature est à rédiger en anglais et à déposer sur le site https://emploi.cnrs.fr/. Il doit comporter un CV détaillé, un minimum de deux lettres de référence, une lettre de motivation décrivant vos objectifs de carrière à court et long terme, ainsi qu'une déclaration signée spécifiant que vous êtes en conformité avec la règle de mobilité qui stipule que vous n'avez pas résidé ou exercé votre activité principale (travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des trois années précédant la date du recrutement. Le dossier complet doit aussi être envoyé à Bruno MIROUX & Magdalena TORTYNA, respectivement directeur et manager du projet à l'adresse mail DYNAMOcofund@ibpc.fr (Tel: 33 1 58 41 50 64). Voir détails sur le site http://labexdynamo.ibpc.fr/fp-dynamo-paris/

Evaluation
Le poste est conçu comme une première étape dans une carrière de chercheur, et l'évaluation des candidats sera principalement basée sur leurs qualifications en recherche et leurs compétences pouvant compléter et renforcer la recherche en cours au sein des institutions partenaires.

Étape 1. Les candidatures de chaque candidat éligible seront évaluées par des experts internationaux indépendants au sein du thème de recherche concerné. Les candidats éligibles seront évalués en fonction de leur mérite, de leur motivation pour le programme, de leur excellence académique et de leurs qualifications personnelles telles que leur aptitude à collaborer et communiquer.

Étape 2. Un maximum de trois candidats sera retenu pour un entretien vidéo avec les experts indépendants pour chaque poste ouvert (novembre 2021). Après l'entretien, les candidats de la liste restreinte seront invités à une conférence à distance avec le directeur de projet et un membre du conseil d'administration de DYNAMO pour définir le périmètre général du projet, de la formation et de l'environnement de recherche. Les candidats devront rédiger une proposition de projet de 3 pages, apportant leurs propres idées originales, et disposeront de 2 semaines pour la soumettre.

Étape 3. Chaque proposition de projet sera évaluée par l'un des experts indépendants et le membre du conseil d'administration de DYNAMO qui aura évalué le candidat lors des étapes précédentes. La sélection finale sera faite sur la base des notes obtenues aux étapes 1, 2 et 3. La note minimale doit être supérieure à 20/40. Le meilleur candidat se verra offrir le poste de postdoctorant avec une date de début allant du 1er janvier au 31 mai 2022.

Le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) est un employeur souscrivant au principe de l'égalité d'accès à l'emploi. Par ailleurs, FP-DYNAMO-PARIS s'engage à promouvoir le rôle des femmes dans la science et ainsi encourage explicitement celles-ci à se porter candidates.

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