Missions

La/Le Scientifique Responsable de la Gestion des Données (Chief Data Manager) d’AO-EMBRC assurera le suivi, la gestion et l'interopérabilité des données collectées dans le cadre du projet, qui sont de nature diverse (génomique, imagerie, taxinomie classique, physico-chimie, etc). Il/elle suivra leur récolte, leur traitement initial, leur interopérabilité avec les bases de données de référence, leur mise à disposition pour le public et leur intégration dans les processus d'analyse.

Activités

Activités principales (les plus importantes sont 2 et 3)
1. Animer des ateliers d’expression des besoins internes puis rédiger la spécification des besoins en identifiant les solutions déjà existantes et en écrivant le cahier des charges de celles à développer
2. Mettre en œuvre des systèmes d'information et de traitement existants ou en concevoir de nouveaux permettant de collecter, structurer, stocker, qualifier et envoyer les données vers des systèmes d'information internationaux
3. Créer un système permettant de mettre en relation des données de nature différente, stockées dans des bases actuellement distinctes (génomique, imagerie, environnement)
4. Assurer une veille technologique concernant la gestion de grands volumes de données en suivant les principes F.A.I.R. et les directives institutionnelles
5. Administrer les machines locales sur lesquelles reposent une partie des systèmes d'information et de traitement de la donnée, en relation avec le service informatique dédié.
6. Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques de gestion des données biologiques
7. Participer à la diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications et présentations orales
8. Pour les nouvelles collectes de données, participer à la définition du plan de gestion des données le mieux adapté au problème posé
9. Contribuer à des réseaux professionnels d'échange de compétences

Compétences

Connaissances et Compétences opérationnelles :
● Maîtrise des outils et concepts lié à la gestion, l'interopérabilité et à la diffusion ouverte de données multimodales
● Maîtrise de la gestion de grands volumes de données sous forme de base SQL, no-SQL ou de collections de fichiers tabulaires (csv, parquet, etc.)
● Maîtrise des environnements Unix/Linux (administration système, shell, etc.)
● Connaissance d'un langage de programmation et de traitement de données (e.g. Python, R, Perl).
● Connaissance et capacité à mettre en œuvre une démarche qualité
● Idéalement, connaissance du stockage, traitement et analyse de données d'océanographie biologique (de génomique et/ou imagerie et/ou taxinomie et/ou physico/chimie)
● Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Contexte de travail

Au sein de Sorbonne Université, le Centre National de Ressources Biologiques Marines (EMBRC-France) est une infrastructure de recherche (IR) nationale en biologie et écologie marines, lauréate du Programme Investissements d’Avenir (PIA) et portée par Sorbonne Université et le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). Elle implique les trois stations marines sous tutelle de Sorbonne Université et du CNRS, sur les sites de Roscoff (Station Biologique de Roscoff, SBR), Banyuls-sur-Mer (Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer, OOB), et Villefranche-sur-Mer (Institut de la Mer de Villefranche, IMEV). Cette infrastructure nationale constitue le nœud français de l’ERIC EMBRC, infrastructure européenne de recherche en biologie et écologie marines, dont le siège est situé à Sorbonne Université.
EMBRC-France a pour missions de soutenir la recherche sur les organismes et les écosystèmes marins, et de favoriser leur exploration et leur exploitation durables. Les champs scientifiques d’EMBRC-France sont la biologie marine, l’écologie marine et l’océanographie biologique.
Le projet « Observatoires Augmentés du Centre National de Ressources Biologiques Marines (EMBRC-France) », AO-EMBRC, vise à soutenir et développer des observatoires augmentés de biologie marine en France, afin de mener des études de suivi temporel des communautés d’organismes marins sur plusieurs sites des côtes métropolitaines.
Dans ce contexte, il est primordial d’établir et de maintenir l’intégrité et l’homogénéité des diverses données depuis leur collecte sur les sites étudiés jusqu’à leur mise à disposition au sein de la communauté scientifique partenaire du projet puis leur diffusion à l’ensemble de la communauté scientifique au travers des entrepôts de données existants.
La/Le Scientifique Responsable de la Gestion des Données (Chief Data Manager) sera localisé à l’IMEV, au Laboratoire d’Océanographie de Villefranche (LOV), avec de fortes interactions avec les autres stations de biologie marine (Banyuls et Roscoff) ainsi qu’avec le CEA / Genoscope à Evry (en charge du pilotage de cette partie du projet).
Localisation : Laboratoire d’Océanographie de Villefranche (UMR 7093), 181 Chemin du Lazaret, Villefranche-sur-Mer.

Contraintes et risques

? Interactions indispensables avec l’ensemble des interlocuteurs
? Déplacements réguliers sur les différents sites des partenaires du projet (Roscoff, Banyuls, Villefranche)

Informations complémentaires

EMPLOYEUR : SORBONNE UNIVERSITE (SU)
La grille de rémunération appliquée sera celle de l'employeur SU

Diplôme réglementaire exigé : Diplôme d'ingénieur, Master 2, éventuellement Doctorat

Domaine(s) de formation souhaités : Data management, bio-informatique, administration système

Contacts :
• Eric Pelletier eric.pelletier@genoscope.fr
• Erwan Corre corre@sb-roscoff.fr
• Lionel Guidi lionel.guidi@imev-mer.fr