Ingénieur H/F gestion et analyse des données numériques

Description du Poste

Les Missions

• Coordination des ressources numériques pour la plateforme UCAGenomiX de Nice-Sophia-Antipolis, nœud local du réseau France Génomique (https://www.france-genomique.org/) et l’IHU Respirera :
• Configuration de l'environnement de travail et exécution des codes / workflows.
• Mise en œuvre des outils et services liés à l’exploitation en lien avec les différents acteurs.
• Suivi quotidien des infrastructures et de leur fonctionnement.
• Liaison avec les acteurs locaux et nationaux pour développer des solutions de courtage de données de biologie quantitative (Equipex 4D-OMICs, sur les campus SophiaTech, Valrose et Saint Jérôme (Data Center Sud), France Génomique, IFB, CHU Nice, EDS).
• Déploiement de solutions compatibles avec la législation en vigueur (RGPD), en lien avec les DSI et les DPO des établissements. Publication des données vers des serveurs publics en fonction des données (GEO, SRA, EGA).
• Collecte des données de production (séquençage, transcriptomique spatiale). Mise en œuvre, amélioration et diffusion des pipelines d'analyse de données de génomique.
• Gestion opérationnelle des systèmes d’information (Mediante, Odin).
• Accompagnement des utilisateurs dans l’usage des outils mis en place (stockage et calcul) : développement et exécution de codes, installation / configuration des logiciels, stockage des données, utilisation de serveurs distants.
• Veille technologique active sur les architectures et outils dans une optique d’amélioration continue de la plateforme.
• Pilotage de l’activité informatique dans le contexte de la certification ISO9001/ NF X50-900 de la plateforme UCAGenomiX (plateforme technologique de recherche en sciences du vivant).
• Communication
• FAIRification des données, via la production de métadonnées adaptées aux différentes données et analyses, dans le respect des réglementations RGPD.
• Formation des utilisateurs et rédaction des documentations.

L'Activité

• Gestion des données de séquençage des acides nucléiques et de transcriptomique spatiale produites par UCA GenomiX (démultiplexage, sauvegarde sur les serveurs, alimentation du système d’information Mediante opéré par la plateforme). Administration et gestion journalière de la base de données relationnelle (SQL) sous-jacente et des ressources associées. Conception et réalisation d’interfaces utilisateur et de programmation (GUI, API).
• Gestion des analyses de WGS à partir de tissus et de biopsies liquides (biomarqueurs, analyse fragmentomique et méthylomique).
• Mise en place de processus automatiques de traitement de données (Machine virtuelle, container, cluster de calcul).
• Mise en place des connecteurs entre la base et des outils de versioning, d'analyse et de traitement (GitLab, JupyterLab).
• Mise en place des analyses primaires des données. Participation aux analyses exploratoires des résultats et fourniture de rapports d'expériences destinés aux utilisateurs de la plateforme.
• Développement et déploiement de nouvelles applications pour la présentation et l'exploration des résultats.
• Pilotage de l’activité informatique de la plateforme dans le cadre de sa certification ISO9001
• Participation aux réunions et groupes de travail pour assurer l'adéquation de l'outil avec les besoins des collaborateurs.
• Documentation (anglais/français) pour utilisateurs, administrateurs et développeurs.

Votre Profil

Compétences

• Compétences techniques :
• Maîtrise de l'environnement Unix/Linux, avec une expérience opérationnelle avérée en administration système, et/ou dans l’utilisation de pipelines bio-informatiques :
o Administration système : 1. Administration, audit et analyse systèmes/réseaux, virtualisation des systèmes et des logiciels associés. Une expérience en administration des serveurs de calculs (HPC/GPU). 2. Compétences sur les espaces de stockage et les technologies associées. 3. Une expérience en exécution de code sur carte GPU serait un plus (deep learning, tensorflow ou pytorch).
o Bio-informatique : 1. Maitrise des logiciels d'analyse primaire des données de séquençage NGS; 2. Connaissance opérationnelle des pipelines d'analyse statistiques sous environnement R ou Python, avec utilisation d’outil(s) notebook(s) (Markdown, Jupyter,…). 3. Bonnes pratiques en qualité logicielle. Outils de test (unitaire et fonctionnel). Conception et requêtage de bases de données SQL. Développement backend (modèles objets, utilisation de patrons de conception). 4. Outils de gestion d’environnements d’exécution (conda, docker, singularity). 5. Outil de versioning Git avec cycles de développement en intégration continue (Github, GitLab).
• Autres compétences : 1. Aptitude à l’animation de réunion et à la réalisation de formations. 2. Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais). 3. Goût pour le travail en équipe, mais capacité à travailler en autonomie sur une partie des projets, et avec des collaborateurs biologistes et/ou informaticiens. 4. Implication dans les missions quotidiennes du service, et soif d’apprendre dans les domaines concernés. 5. Force de proposition. 6. Intérêt pour le développement agile, les logiciels Libres, Open Data.

Votre Environnement de Travail

Le poste est à pourvoir à l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire au sein de la technopole de Sophia Antipolis, à proximité de l’Aéroport International Nice Côte d’Azur. La plateforme UCA GenomiX est une infrastructure technologique de génomique fonctionnelle spécialisée dans le séquençage haut débit (notamment sur cellule unique et spatiale), avec une expertise analyse de données multi-omiques. Elle produit des jeux de données de référence pour un large écosystème scientifique international, dans le cadre de plusieurs grands projets : (1) Institut Hospitalo Universitaire Respirera, avec l’atlas des cellules du poumon humain, dans de multiples situations normales ou pathologiques ; (2) PEPR WHAOU, PEPR SISP&EAU, GIS OBEPINE, avec un suivi épidémiologique des pathogènes viraux à partir d’échantillons d’eaux usées ; (3) PEPR CELLID, pour décoder l’identité et le destin cellulaire en biologie du développement et lors de certaines pathologies pédiatriques; (4) PEPR Molecularxiv, pour utiliser l’ADN comme support informationnel à long terme.

Rémunération et avantages

Rémunération

rémunération brute mensuelle entre 2908 € et 3 743 €

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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