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Ingénieur.e (H/F) de recherche biologiste en plateforme scientifique, spécialisé.e en cryo-MET et analyse d'images


Date Limite Candidature : lundi 27 décembre 2021

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Informations générales

Référence : FR3743-CELPLI-001
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : lundi 15 novembre 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 3 janvier 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2462 et 2641 € bruts mensuels
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Au sein de la plateforme de Microscopie Electronique Intégrative (METi) du CBI, la mission de l'ingénieur.e de recherche sera d'assister et de guider les utilisateurs du nouveau cryomicroscope électronique (TFS Talos Arctica) vers la détermination de la structure 3D de leurs objets d'intérêt. Sa mission principale sera d'implémenter et mettre en œuvre les méthodes d'analyse d'images de particules isolées (single particle analysis) et de tomographie électronique sur la plateforme, afin que le METi puisse proposer un service allant de la préparation des échantillons et l'acquisition d'images de cryo-MET jusqu'à la détermination initiale de la structure 3D des objets d'intérêt. Il/elle interagira également avec les utilisateurs pour la préparation des échantillons et l'acquisition des images de cryo-microscopie électronique. L'ingénieur.e participera ainsi au fonctionnement et au développement de l'activité de cryo-microscopie structurale haute résolution / haut débit de la plateforme METi.

Activités

Au sein de la plateforme METi, vos activités seront de :
- Réaliser le traitement et l'analyse des images de cryo-MET au service des projets de recherche : détermination de la structure 3D de macromolécules (analyse de particules isolées), reconstruction de volumes 3D de tomographie électronique
- Assurer le maintien et l'évolution des logiciels et des méthodes d'analyse d'images.
- Gérer le stockage, l'archivage et le transfert des images
- Mettre en place, maintenir et développer un système d'analyse d'images de particules isolées à la volée (on-the-fly processing)
- Former des utilisateurs aux méthodes d'acquisition et d'analyse d'images
- Assister les utilisateurs pour la préparation de grilles et la collecte des images de cryo-MET
- Réaliser une veille scientifique et technologique sur l'imagerie en cryo-microscopie électronique

Compétences

Vous possédez un doctorat en biologie / biophysique, avec de solides connaissances en biologie structurale
1/ Savoirs fondamentaux :
- Connaissances approfondies en cryo-MET et analyse d'images
- Connaissances générales en biochimie des protéines, et en biologie cellulaire
- Des notions d'informatique seraient un plus
- Maîtrise de l'anglais scientifique (lu, parlé)
- Des notions concernant les normes qualité applicables aux plateformes techniques seraient un plus
2/ Compétences techniques :
- Expertise en analyse d'images de particules isolées, connaissance des suites logicielles couramment employées pour ces analyses (Relion, cryoSPARC, WARP, programmes wrappers: Scipion, cryoFLARE…)
- Maîtrise de l'analyse d'images de cryo-tomographie électronique, connaissance des programmes employés (IMOD, PEET, Dynamo…)
- Maitrise de la préparation d'échantillons et de l'acquisition d'images par cryomicroscopie électronique avec les logiciels EPU ou SerialEM
- Connaissances en informatique (gestion de flux de gros volumes d'images, calcul parallélisé sur gpu)

3/ Compétences comportementales :
- Grande capacité d'autonomie, sens de l'initiative
- Ouverture d'esprit, sens de l'écoute et de la communication
- Bon sens du relationnel pour l'accueil d'usagers sur la plateforme
- Capacité d'intégration et d'adaptation à l'équipe
- Savoir communiquer et rendre compte de ses travaux

Contexte de travail

Le plateau de microscopie électronique en transmission du Centre de Biologie Intégrative de Toulouse (METi : labellisé IBiSA, certifié ISO 9001-2015) est inclus dans Genotoul et est le seul à proposer la cryo-microscopie électronique en Occitanie-Ouest pour des projets en biologie, géosciences, chimie, matériaux... Il est inclus dans la feuille de route France-cryoEM. Le METi met à disposition de la communauté scientifique des méthodologies avancées en tomographie électronique, cryo-microscopie et microscopie corrélative. Il est équipé depuis 2021 d'un nouveau microscope 200 kV (TFS Talos Arctica) comprenant un filtre de perte d'énergie et une caméra à détecteur direct d'électrons (DDE). Cet équipement place le METi parmi les quelques sites français ayant la capacité de déterminer la structure de complexes macromoléculaires biologiques à des résolutions quasi-atomiques. Pour répondre à une demande en très forte augmentation, le METi doit renforcer son équipe par le recrutement d'un.e ingénieur.e ayant des compétences en acquisition et analyse d'images de cryo-microscopie électronique en vue de proposer à la communauté scientifique locale, régionale et nationale un service complet, allant de la préparation des échantillons à la détermination initiale de leur structure tridimensionnelle.
L'ingénieur.e évoluera au sein de la plateforme METi, actuellement composée de 2 ITA, et sera supervisé par ses responsables scientifiques et techniques. Des formations spécifiques pourront être proposées à la prise de fonction de l'agent.

Le/la candidat.e retenu.e sera recruté.e pour une durée initiale de 2 ans. Le laboratoire se place dans la perspective de pérénniser cette mission à travers un concours de la fonction publique.

Contraintes et risques

Pas de contraintes particulières

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