Description du poste

Contexte scientifique :

L’expression des gènes est finement régulée par plusieurs couches de contrôle, notamment les microARN (miARN) et les facteurs de transcription (FT). Alors que les miARN agissent après la transcription en dégradant l’ARNm, les FT activent ou répriment directement la transcription à partir de l’ADN.
Ces deux types de régulation interagissent fréquemment, mais leur contribution respective reste difficile à mesurer, car les cellules disposent de mécanismes compensatoires (boucles de rétro-contrôle).
Ce stage s’inscrit dans un projet de recherche visant à quantifier expérimentalement la contribution directe des FT sur des gènes déjà identifiés comme cibles des miARN dans la lignée de cancer colorectal HCT-116.

Objectifs du stage :

Le/la stagiaire participera à la construction de lignées cellulaires mutées au niveau des sites de reconnaissance des FT, en utilisant des approches CRISPR-Cas9.
L’objectif est de comparer l’expression des gènes cibles dans leur version sauvage et mutée, afin d’évaluer l’impact transcriptionnel des FT indépendamment de la régulation post-transcriptionnelle par les miARN.
Ce travail contribuera à une cartographie expérimentale des interactions miARN/FT, essentielle pour comprendre les mécanismes de compensation de l’expression génique.

Missions principales :

• Conception et validation de guides CRISPR ciblant les sites de liaison des FT.
• Clonage des constructions dans des vecteurs donneurs (PCR ; HiFi DNA Assembly).
• Transfection de cellules HCT-116, sélection et validation des clones mutés (PCR, séquençage Sanger).
• Quantification de l’expression génique par RT-ddPCR et analyse normalisée multi-gènes.
• Analyse et présentation des résultats au sein de l’équipe.

Description de l'employeur

Le/la stagiaire sera encadré(e) par une doctorante (Estelle Rebecq) et bénéficiera d’un suivi méthodologique par le Dr Hervé Seitz, spécialiste international de la régulation par les petits ARN.
Le stage se déroulera au sein d’un environnement stimulant, au cœur d’une équipe pluridisciplinaire alliant biologie moléculaire, bioinformatique et biologie cellulaire.

Descriptif du profil recherché

• Formation en biologie moléculaire et cellulaire, génétique ou biotechnologie (Master 1/2, école d’ingénieurs, etc.).
• Intérêt pour la régulation génique et les approches de mutagenèse ciblée.
• Des connaissances en CRISPR/Cas9, culture cellulaire, RT-PCR ou analyse d’expression seront un plus.
• Autonomie, rigueur expérimentale, curiosité scientifique et goût pour le travail en équipe.

Langues

Français ou anglais

Informations complémentaires

Période : entre février et septembre 2026 (flexible selon cursus), sur une durée de 4 à 6 mois.