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Apprenti (H/F) sur plateforme de protéomique


Date Limite Candidature : dimanche 30 juin 2024 00:00:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Apprenti (H/F) sur plateforme de protéomique
Référence : UMR8104-CEDBRO-001
Lieu de travail : PARIS 14
Pays : France
Date de publication : jeudi 11 avril 2024
Type de contrat : Contrat d'apprentissage
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 2 septembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération :
Niveau de diplôme préparé : Niveau 7 - (Bac+5 et plus)
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Description du poste

Les objectifs de la mission qui sera confiée à l’apprenti concernent le développement d’un protocole d’analyse protéomique de tissu fixé en formol et inclus en paraffine (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded, FFPE) avec prélèvement de cellules ou de tissus par microdissection laser.
Proteom’IC est en train de finaliser la mise en place d’un protocole permettant l’analyse protéomique d’échantillons FFPE avec prélèvement de zones d’intérêt par microdissection laser. Cependant, ce protocole ne permet pour l’instant de réaliser ce type d’analyse qu’en l’absence de coloration ou avec une coloration au violet de crésyl, qui ne permet qu’une évaluation morphologique très grossière du tissu. La première mission de l’apprenti sera donc d’évaluer des méthodes alternatives plus fines de sélection des régions ou des cellules d’intérêt. Deux approches seront explorées. La mise au point de ces techniques en amont de l’analyse protéomique fera l’objet de la première partie du stage de la première année de master de l’apprenti. Sa deuxième mission aura pour objectif d’améliorer la profondeur d’analyse obtenue (quantité de protéines identifiées) sur de petites zones de prélèvement par des modifications de paramètres nanochromatographiques, puis d’acquisition en spectrométrie de masse.
Dans le cadre d’une collaboration avec l’entreprise privée Rosetta Omics et une autre plateforme parisienne spécialisée en protéomique spatiale, un développement technique est prévu afin de pouvoir coupler l’analyse en protéomique spatiale avec l’analyse protéomique en « bottom up » qui est la méthode que nous utilisons sur notre plateforme. Ce couplage permettrait d’obtenir, sur la même coupe, l’information spatiale de certaines protéines et de métabolites ainsi que l’identification et la quantification d’un grand nombre de protéines dans une zone donnée permise uniquement par l’approche « bottom up ». Ce deuxième axe constituera l’objectif du stage de l’apprenti lors de son année de master 2.

Description de l'employeur

L’apprentissage se déroulera au sein de la plateforme Proteom’IC de l’Institut Cochin (CNRS UMR8104, INSERM U1016, Université Paris Cité), en collaboration avec l’entreprise Rosetta Omics, la plateforme d’Imagerie Moléculaire iMAP localisée en région parisienne sur le site de l’hôpital Beaujon, le service de Pathologie de l’hôpital Cochin, et la Plateforme d’Histologie Immunomarquage et Microdissection Laser (HistIM) de l’Institut Cochin. Proteom’IC est une plateforme qui réalise des prestations d’analyse protéomique pour l’ensemble de la communauté scientifique à l’aide d’approches et de stratégies d’analyses diversifiées, au moyen de matériel performant et grâce à du personnel expérimenté. La protéomique étant une discipline en constante et rapide évolution, la plateforme Proteom’IC réalise également des développements scientifiques innovants afin de répondre aux besoins des équipes de recherche pour rester compétitive au niveau international.

Descriptif du profil recherché

Titulaire d’un Bac+3 voulant préparer un Master en apprentissage (2 ans).

Connaissances :
Biologie, Biochimie des Protéines, Micropréparation d’échantillons, Analyse de données -omics, Bioanalyses et Biostatistiques. Des connaissances en Protéomique, Spectrométrie de masse, Chromatographie seraient un plus.

Aptitudes :
Méticulosité, rigueur, curiosité, travail en équipe, prise de décision en autonomie, savoir rendre compte.

Conditions particulières d'exercice

Néant.

Langues

Français
Anglais scientifique.

Informations complémentaires

Néant.