Missions

L'ingénieur(e) de recherche développera de nouvelles approches méthodologiques, en particulier le
séquençage direct des ARN par la technologie Oxford Nanopore, pour suivre les modifications et la
structure des ARN in vivo et supervisera l'analyse bio-informatique des données en lien avec les
ingénieur(e)s en analyse de données.

Activités

Activités principales :
- Concevoir, développer et optimiser les approches permettant de détecter les modifications de
l'ARN in vivo, qu'elles soient naturelles ou induites par des réactifs chimiques,
- Purifier, quantifier et normaliser les échantillons d'ARN et s'assurer de leur qualité avant
d'effectuer leur séquençage par la technique Nanopore,
- Assurer l'analyse, l'archivage et la transmission des données aux équipes.

Activités secondaires :
- Piloter la mise en place d'une démarche qualité,
- Réaliser les achats du matériel, des kits et des réactifs nécessaires à la préparation des
ARN,
- Assurer la veille technologique sur toutes les étapes de la préparation des échantillons et
plus généralement sur le développement de nouvelles techniques de séquençage (nanopore ou autre) et
leurs applications,
- Conseiller les utilisateurs sur les évolutions potentielles et les limites des approches mises
en œuvre.

Compétences

Savoirs :
- Avoir des connaissances approfondies en biologie moléculaire et génomique,
- Avoir une très bonne connaissance des techniques de séquençage à haut-débit et de l'analyse
des données obtenues, ainsi que de la préparation des banques de séquençage,
- Posséder des connaissances sur l'analyse des ARN et la purification des complexes
ribonucléoprotéiques,
- Connaître les différents équipements utilisés pour le séquençage (Illumina NextSeq,
Nanopore, BGI...) afin de pouvoir conseillers les chercheurs en fonction de leurs projets,
- Posséder une bonne maîtrise écrite et orale de l'anglais scientifique (niveau B2).

Savoir-faire :
- Être capable d'adapter les protocoles en fonction du matériel biologique,
- Connaître et appliquer les règles de sécurité et d'éthique en respectant les usages en cours
dans l'unité,
- Être capable d'assurer l'expertise technologique des projets.

Savoir-être :
- Avoir un relationnel de qualité et faire preuve de pédagogie pour pouvoir coordonner
différents projets et interagir avec de nombreux interlocuteurs travaillant à différents niveaux
(équipe de recherche, plateforme de séquençage, cellule bio-informatique),
- Faire preuve de rigueur, d'organisation et d'esprit d'initiative.

Contexte de travail

L'ingénieur(e) de recherche rejoindra l'unité "Architecture et Réactivité de l'ARN"
localisée à l'Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC), sur le campus de l'Esplanade à
Strasbourg. Cette unité est composée de 12 équipes qui utilisent de nombreuses techniques à
l'échelle des génomes avec l'objectif de faire progresser les connaissances sur les structures et
fonctions des ARN, notamment ceux qui exercent une fonction clé dans les processus infectieux.
L'ingénieur(e) de recherche recruté(e) travaillera principalement dans l'équipe de recherche
intitulée "Biologie des génomes de virus". Cette équipe développe des approches de type
transcriptomique pour suivre la structure des ARN aussi bien au niveau des populations de molécules
que de la molécule unique. En outre, l'ingénieur(e) de recherche apportera son savoir-faire à de
nombreuses autres équipes de l'unité afin de suivre la structure et les modifications de divers ARN
en particulier dans un contexte infectieux (bactérien ou viral). Il ou elle sera placé(e) sous la
responsabilité du responsable de l'équipe "Biologie des génomes de virus" ainsi que sous celle du
directeur d'unité.
Afin de l'aider dans sa prise de fonction, il ou elle sera accompagné(e) par les personnels de
l'unité et aura accès à l'offre de formation du CNRS. l'ingénieur(e) de recherche sera formé(e) par
l'équipe de recherche afin d'acquérir les compétences nécessaires à l'exercice du poste.
Il ou elle bénéficiera des avantages accordés aux agents CNRS, à savoir la prise en charge partielle
des frais de transports en commun, l'accès au site de restauration collective Agricas proche de
l'institut, l'accès aux prestations du CAES, et la possibilité d'effectuer une partie de son service
en télétravail.