Missions

Choisir, adapter et mettre en œuvre un ensemble d'approches pour l'analyse de la dynamique du génome bactérien en utilisant différentes techniques de génétique et omiques pour l'analyse de la conformation du chromosome Ce travail pourra être réalisé en interaction avec les plateformes de l'I2BC.

Activités

- Réaliser des expériences de génomique pour l'analyse de la conformation du chromosome (techniques de capture de la conformation du chromosome/Hi-C), et de la composition de la chromatine bactérienne (e.g. ChIP-seq, protéomique) sur la base de protocoles fournis par l'équipe,
- Réaliser l'analyse des données de génomique générées sur la base de pipelines fournis par l'équipe,
- Développer et adapter les protocoles de culture (cellules microbiennes ou humaines) pour la préparation et l'analyse des échantillons biologiques dans le cadre de techniques de génomique : utiliser la cytométrie en flux pour réaliser ces expériences sur des populations triées,
- Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, un ensemble d'analyses de recombinaisons génétiques visant à mesurer les interactions au sein des chromosomes bactériens,
- Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, un ensemble de techniques de biologie moléculaire (électrophorèse, PCR, purification d'acides nucléiques, réalisation de banques pour le séquençage et du contrôle qualité associé),
- Exploiter et présenter les résultats des analyses, en garantir le suivi et la qualité,
- Rédiger des rapports d'expériences, des notes techniques, et contribuer à la mise à jour des protocoles de l'équipe,
- Gérer et organiser les moyens techniques dans le cadre d'un projet scientifique,
- Conduire l'appareillage dédié à l'approche et en assurer le fonctionnement,
- Former en interne et en externe aux approches génomiques,
- Encadrer et former du personnel de l'I2BC et les étudiants ou des collaborateurs du département,
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité,
- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité,
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications.

Compétences

- Connaissances générales en biologie moléculaire et génomique, particulièrement sur le volet méthodologies et applications,
- Capacité à mettre en œuvre des techniques de biologie (génétique, génomique, culture microbienne, culture cellulaire) sur la base de protocoles fournis par l'équipe,
- Utiliser des matériels d'analyse et d'expérimentation en biologie (maîtrise),
- Concevoir des dispositifs expérimentaux,
- Utiliser des logiciels ou pipelines fournis par l'équipe pour l'analyse de données génomiques,
- Rédiger des documents scientifiques,
- Conduire un processus d'achat,
- Connaissances générales sur l'environnement du laboratoire et les réseaux professionnels,
- Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité,
- Cadre légal et déontologique,
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues),
- Être organisé, avoir une capacité d'adaptation, savoir travailler en équipe,
- Aptitude à transmettre clairement des informations techniques, tant à l'écrit qu'à l'oral, aux personnes encadrées et/ou des collaborateur·rice·s,
- Avoir le sens du relationnel.

Contexte de travail

L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris-Saclay créée depuis le 1er janvier 2015. Localisée sur le site de Gif-sur-Yvette, l'unité a un effectif moyen de près de 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques (Biochimie, Biophysique et Biologie structurale ; Biologie cellulaire ; Biologie des génomes ; Microbiologie, Virologie), 60 équipes de recherches, 17 plateformes technologiques de haut niveau, des services supports (RH, Finances, H&S, Patrimoine immobilier, Exploitation et maintenance, Magasin et livraison,) et des services soutiens (Informatique et calcul scientifique, préparation en biologie, serres, communication et gestion des parcs d'équipements).

La personne recrutée sera affectée dans l'équipe « Organisation spatiale et fonctionnelle des génomes bactériens » (SoFun). L'équipe est composée de 3 permanents (DR, PR, CR), 1 doctorant, 1 post-doc et 1 ingénieur d'études.

Cette équipe possède une solide expertise dans l'étude de l'organisation des génomes bactériens au cours des différents modes de vie, et travaille sur des modèles d'intérêt biomédical (Pseudomonas, Salmonella), biotechnologique (Streptomyces) ou fondamental (Escherichia coli). En outre, l'équipe a développé une expertise dans le domaine de la capture de la conformation des chromosomes (Hi-C), une technologie qui permet d'étudier l'organisation spatiale du génome à haute résolution. Ce poste d'ingénieur d'études viendra renforcer les travaux sur l'étude de l'organisation spatiale et fonctionnelle des génomes bactériens. La personne recrutée aura en charge un projet principal et contribuera activement au support des autres projets de l'équipe internes ou collaboratifs. Elle sera placée sous la supervision directe d'une des responsables d'équipe. L'activité sera exercée au sein d'une équipe de recherche étudiant des bactéries, pour certaines pathogènes qui exigent de travailler en confinement L2.