Missions

Conduire le développement web de projets structurants sur les masses de données en imagerie médicale à
travers les plateformes génériques du laboratoire sur l'ensemble du cycle de vie en intégrant les
référentiels, normes et les contraintes liées aux données et aux usages.

L'ingénieur(e) assurera le développement d'applications et de logiciels de recherche et de calcul
scientifique au sein du CREATIS dans le cadre de projets internes ou d'envergure nationale ou
internationale. Cela impliquera la participation à la conception, au développement, à la maintenance
et au support des différentes plateformes logicielles du laboratoire. Une attention particulière sera
portée à l'accès aux données de santé ayant des périmètres restreints et sécurisés d'accès, d'analyse
avancée et de visualisation. La personne assurera en particulier une activité de développements web
(entrepôts de données, visualisation et annotations web) et sur les projets de recherche en
apprentissage profond et masse de données en mettant à disposition des modules interopérables et
évolutifs à travers une démarche qualité. Ces activités s'inscriront dans des projets structurants et
fédérateurs pour le laboratoire.

Activités

L'agent sera force de proposition sur les technologies émergentes et mutualisables et il devra
s'impliquer sur un nombre croissant de projets transverses équipes-services et proposer une plateforme
unifiée avec des outils génériques. Il devra :
- Intégrer des pipelines de traitements, de visualisation avancées et d'interactions web dans des
plateformes scientifiques
- Mettre à disposition des applications ou librairies fédératrices ou émergentes au niveau de la
communauté en imagerie (OHIF, Slicer3D, Monai)
- Assurer le développement de logiciels ou de plugins de recherche et de calcul scientifique en
collaboration avec les autres ingénieurs et chercheurs
- Développer et intégrer des algorithmes d'apprentissage profond
- Accompagner les chercheurs dans l'intégration et la pérennité de leurs recherches sur des
infrastructures structurantes et mutualisées (Jean Zay, EGI)
- Maintenir les différents outils SI du laboratoire (siteweb, baseRH)
- Gérer l'Integration Continue des outils et logiciels stratégiques du laboratoire.

Compétences

Savoirs et connaissances techniques ou scientifiques
- Langages de programmation orientés objet, particulièrement Python, Java, C++
- Langages orientés web : Javascript, React
- Langages de programmation BDD : NoSQL(mongodb)
- Framework : OHIF, Girder, slicer3D, Monai
- Librairies d'apprentissage profond: Tensorflow, PyTorch, Keras
- Contenérisation : Docker, Dockerhub
- Formats d'images en imagerie médicale (DICOM, Nifti), et systèmes d'imagerie (PACS)
- Algorithmies en traitement d'images

Savoir-faire et savoirs-être
- Piloter des réunions techniques
- Présenter résultats, travaux académiques avec aisance à l'oral
- Etre force de propositions techniques et scientifiques
- S'intégrer dans des projets existants en étant force de proposition
- Esprit de synthèse

Contexte de travail

Les activités de recherche du laboratoire CREATIS relèvent du domaine des technologies pour la santé
et ont pour objectifs de contribuer à la médecine prédictive et personnalisée à travers l'imagerie.
Les recherches interdisciplinaires associent des experts en traitement et analyse d'images,
informatique, physique, instrumentation et radiologie. Maladie ischémique cardiaque, sclérose en
plaques, cancers, AVC sont parmi les pathologies étudiées.

L'ingénieur évoluera au sein du service informatique et développement composé de 7 ingénieurs (6 IR, 1
IE). Ses activités, dans le cadre du laboratoire CREATIS (200 personnes), l'amèneront à côtoyer à la
fois des doctorants, des chercheurs et des médecins dans un contexte international. Il devra donc
faire preuve d'une grande capacité d'adaptation selon les interlocuteurs et les problématiques
rencontrées.