CDD Doctorant en biologie - Virologie (H/F)

Description du Poste

Sujet De Thèse

Etude structurale et fonctionnelle de la glycoprotéine du virus de la maladie de Borna.

Les Bornaviridae appartiennent à l’ordre des Mononegavirales (virus à ARN simple brin de polarité négative et enveloppés). Le Borna disease virus (BDV-1), membre le plus étudié de cette famille, est un virus neurotrope responsable d’infections persistantes chez de nombreux vertébrés, incluant les rongeurs, les chevaux, et potentiellement l’humain. Ce virus possède à sa surface une unique glycoprotéine d’enveloppe, appelée glycoprotéine G (GP), qui joue un rôle central dans l’entrée virale. GP est le principal déterminant du tropisme cellulaire et tissulaire de BDV-1. Elle remplit deux fonctions clés au cours de l’entrée virale dans la cellule hôte : la reconnaissance et liaison au récepteur cellulaire et la fusion membranaire.

En effet, l’infection est initiée par la reconnaissance et la liaison à un récepteur cellulaire par GP, ce qui conduit à l’internalisation du virion par endocytose. Apres l’internalisation, l’acidification du compartiment endosomal déclenche un changement de conformation de GP, passant d’un état pré-fusion à un état post-fusion. Cette transition conformationnelle permet la fusion de la membrane virale avec la membrane endosomale, entraînant la libération du génome viral dans le cytoplasme, puis son transport vers le noyau pour la poursuite du cycle viral.
GP est une glycoprotéine de type I, synthétisée dans le réticulum endoplasmique et maturée dans l’appareil de Golgi. Malgré son rôle central dans l’infection, la structure tridimensionnelle de GP reste à ce jour inconnue, contrairement à celles de plusieurs autres Mononegavirales.
Par ailleurs, il n’est pas encore établi si, comme pour d’autres virus enveloppés, les fonctions de liaison au récepteur et de fusion membranaire de GP peuvent être dissociées.

Ce projet de thèse vise donc à caractériser fonctionnellement et structurellement la glycoprotéine GP de BDV-1. Plus précisément, il s’agira de résoudre la structure de GP sous différentes conformations (pré- et post-fusion) en utilisant la cryomicroscopie électronique (cryoEM) et/ou la cristallographie aux rayons X. Des résidus clef pour la fonction de GP seront ensuite identifiés et les glycoprotéines mutantes seront caractérisées fonctionnellement à l’aide de tests cellulaires (tests de fusion cellule/cellules et de pseudotypage de virus). Ensuite, la capacité de GP à lier différents récepteurs cellulaires proposés sera testée et la structure du complexe GP/récepteur sera étudiée par cryoEM et/ou cristallographie aux rayons X. L’analyse structurale permettra d’identifier des résidus clés impliqués dans la reconnaissance du récepteur qui seront ensuite testés fonctionnellement.

Dans l’ensemble, ce projet apportera des informations nouvelles sur les mécanismes moléculaires d’entrée des Bornavirus. Il s’appuie aussi sur l’expertise reconnue de l’équipe sur la résolution de structures de glycoprotéines virales de classe III, en particulier celles des Rhabdovirus. Les données structurales obtenues dans le cadre de ce travail permettront non seulement de décrypter les mécanismes moléculaires d’entrée des Bornavirus, mais également d’apporter un éclairage nouveau sur l’évolution structurale et fonctionnelle des glycoprotéines de classe III.

Ce projet fait appel à des approches de biochimie, biologie structurale et de biologie cellulaire : les glycoprotéines seront exprimée en cellules d’insectes. Les glycoprotéines purifiées seront ensuite caractérisées (MALS, Mass photometry, Microcopie Electronique …). Toutes ces techniques sont disponibles via les plateformes de l’institut. Les différents récepteurs seront exprimés (bactéries, cellules d’insectes, HEK) et purifiés selon des protocoles déjà établis. La structure des différents complexes et des glycoprotéines sera déterminée par cristallographie aux rayons X ou cryomicroscopie électronique. L’infectiosité de virus pseudotypés par les différentes glycoprotéines (mutées ou non) sera évaluée par cytométrie en flux.

Votre Environnement de Travail

L’étudiant travaillera à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) sur le campus du CNRS de Gif-sur-Yvette. L’I2BC est une unité mixte de recherche CNRS (UMR 9198), CEA, et Université Paris-Saclay, composée de près de 650 personnes. L’unité est installée dans des nouveaux locaux depuis peu et représente un environnement scientifique riche et dynamique avec 43 équipes de recherche réparties dans 5 départements scientifiques et 17 plateformes technologiques.
L'équipe RHABDOVIRUS dans laquelle le candidat sera intégré est composée de deux directeur de recherche au CNRS, d'un professeur d'université, de deux ingénieurs d'études, de deux post-doctorants. L'équipe se concentre sur l'étude des rhabdovirus tels que le VSV et le virus de la rage, en se penchant sur leurs mécanismes d'entrée (qui sera le thème de recherche du doctorant), leurs interactions avec l'immunité innée et la formation des usines virales.

Contraintes et risques

En plus des missions scientifiques, le candidat devra également prendre en compte les aspects suivants liés au poste : travail sur des agents pathogènes en environnement L2, respect des protocoles de sécurité et des bonnes pratiques de laboratoire lors de la manipulation d'agents pathogènes.
Des déplacements hors du laboratoire pour la collecte de données sont à envisager : synchrotrons et infrastructures où se situent les microscopes électroniques ((Saclay et Grenoble).

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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