CDD Doctorant Tropisme tissulaire de Staphylococcus aureus dans les sepsis (H/F)

Description du Poste

Sujet De Thèse

Staphylococcus aureus est responsable d’environ 25 % des infections nosocomiales en France et représente la première cause de décès par infection nosocomiale, avec une mortalité pouvant atteindre 40 % en cas de complications multi-organes (sepsis sévères, endocardites)(apmnews ; Deniau et al., 2020).. Pourtant, les mécanismes moléculaires sous-tendant sa prédilection pour certains tissus (foie, poumons, reins, endocarde) restent mal élucidés, ce qui limite le développement de thérapies ciblées.

Le projet vise à :
1. Identifier des signatures omiques (génétiques, épitranscriptomiques, protéomiques) associées au tropisme tissulaire, via l’analyse initiale de 300 isolats cliniques issus de patients avec différentes pathologies.
2. Valider ces mécanismes dans des modèles murins d’infection systémique afin de confirmer leur pertinence in vivo.
3. Corréler les profils moléculaires avec la sévérité clinique pour proposer des biomarqueurs pronostiques et des cibles thérapeutiques innovantes.

Votre Environnement de Travail

Le/la doctorant(e) sera intégré(e) au sein de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), une unité mixte de recherche (UMR 9198) sous la tutelle du CNRS, de l’Université Paris-Saclay et du CEA. L’I2BC est un environnement scientifique dynamique, dédié à l’étude des mécanismes cellulaires et moléculaires.

Le projet est porté par l’IHU PROMETHEUS et en collaboration avec plusieurs partenaires académiques et cliniques. Ce projet s’inscrit dans une approche translationnelle, combinant des analyses omiques (génomique, épitranscriptomique, protéomique) et des modèles expérimentaux pour identifier de nouveaux biomarqueurs et cibles thérapeutiques.

Le/la doctorant(e) sera encadré(e) par une équipe experte en génomique bactérienne et biologie moléculaire.
- Ressources : Accès à des plateformes technologiques de pointe (séquençage haut débit, spectrométrie de masse) et à des bases de données cliniques.
- Collaborations : Le projet implique des partenariats avec des centres hospitaliers (pour l’accès à des isolats cliniques) offrant une dimension collaborative et appliquée à la recherche.

Profil du candidat :

Le/la candidat(e) devra être titulaire d’un master en microbiologie, biologie moléculaire ou discipline connexe, avec une expérience avérée dans les domaines suivants :
- Manipulation de pathogènes de classe 2 : Expérience en laboratoire L2 et connaissance des bonnes pratiques de biosécurité pour la manipulation de souches pathogènes (idéalement Staphylococcus aureus ou autres bactéries pathogènes).
- Bactériologie : Maîtrise des techniques de culture bactérienne, caractérisation phénotypique et génotypique, ainsi que des méthodes d’analyse de la pathogénicité.
- Construction de mutants : Expérience confirmée en modification génétique (transposition, recombinaison homologue, etc.) pour l’étude fonctionnelle de gènes.
- Analyse de données omiques : Compétences en bioinformatique (R, Python, outils d’analyse génomique/transcriptomique) pour le traitement de données massives.
- Maîtrise de l’anglais : Niveau courant à l’oral comme à l’écrit (rédaction d’articles, présentations, collaborations internationales).
- Travail en équipe : Capacité à évoluer dans un environnement pluridisciplinaire (biologistes, bioinformaticiens, cliniciens) et à contribuer activement à des projets collaboratifs.
- Gestion de projet : Aptitude à organiser son travail, respecter des échéances strictes et rendre compte des avancées dans le cadre de livrables collaboratifs.

Contraintes et risques

- Manipulation d’agents pathogènes : Le projet implique la manipulation de Staphylococcus aureus, un pathogène de classe 2. Les travaux expérimentaux seront réalisés en laboratoire de niveau de confinement adapté (L2), conformément à la réglementation en vigueur.
- Travail sur des échantillons cliniques : L’accès à des souches bactériennes d’origine clinique nécessite le respect strict des procédures de biosécurité et des règles éthiques (accords des comités d’éthique, anonymisation des données).
- Gestion des données omiques : Le projet génère des volumes importants de données (génomique, transcriptomique, protéomique). Leur stockage, analyse et partage devront respecter les normes de protection des données (RGPD pour les données humaines associées) et les bonnes pratiques en bioinformatique (reproductibilité, traçabilité).
- Délais et pression scientifique : Le projet s’inscrit dans un cadre collaboratif et compétitif, avec des échéances intermédiaires (livrables pour les partenaires cliniques et industriels). Une bonne organisation et une capacité à travailler en équipe seront essentielles pour respecter les objectifs fixés.
- Travail en environnement réglementé : Certaines étapes du projet pourront être soumises à des contraintes administratives (autorisations pour l’utilisation de souches pathogènes, accès aux locaux).

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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