Doctorat (H/F) en modélisation écologique et analyse du risque : distribution des pathogènes et de l’antibiorésistance associés aux plastiques dans les socio-écosystèmes côtiers

Description du Poste

Sujet De Thèse

Chaque année, 14,5 millions de tonnes de plastiques sont déversées dans les océans, affectant plus de 700 espèces aquatiques, dont 65 % des poissons sauvages et commerciaux. Les plastiques, en hébergeant à leur surface des communautés microbiennes souvent enrichies en bactéries opportunistes ou potentiellement pathogènes, peuvent servir de vecteurs pour les pathogènes et les bactéries résistantes aux antibiotiques, favorisant leur propagation et soulevant des interrogations croissantes quant aux enjeux sanitaires et de sécurité alimentaire que cela soulève. Ces enjeux sont exacerbés dans les régions en développement où l’environnement côtier reçoit des flux importants de bactéries potentiellement pathogènes (PHPB) et / ou résistantes, des antibiotiques et des plastiques issus des rejets urbains, hospitaliers et agricoles. Parallèlement, l’aquaculture intensive s'est fortement développée au cours des trois dernières décennies dans ces régions et particulièrement en Asie. Le Vietnam est devenu respectivement le 4ᵉ producteur mondial de poissons et le 1er producteur mondial de crustacés et les prédictions de la FAO montrent que la production africaine est aussi en hausse. Cette activité croissante utilise massivement les plastiques pour les infrastructures (filets, cordages, flotteurs…) et a recours à l’utilisation de centaines de tonnes d’antibiotiques chaque année pour prévenir et traiter les infections bactériennes, une pratique qui favorise l’émergence et la dissémination des résistances aux antibiotiques (AMR) dans les populations animales et humaines.
Ce projet de doctorat s’inscrit dans une approche interdisciplinaire One Health visant à comprendre le rôle des plastiques aquacoles dans la dissémination des pathogènes et des gènes de résistance aux antibiotiques en milieu côtier tropical. Plus spécifiquement, le doctorant (H/F) aura pour objectifs de:
(1) développer une approche intégrée de modélisation visant à (i) identifier les déterminants écologiques et anthropiques structurant la distribution du pathobiome et du résistome associés aux plastiques et (ii) modéliser les distributions futures du pathobiome et du résistome sous différents scénarios d'évolution de la pollution plastique et d’intensification aquacole. Pour cela, le doctorant (H/F) pourra s'appuyer sur des données originales issues de la campagne océanographique PLUME (métabarcoding, métagénomique) le long de la côte vietnamienne, ainsi que des données environnementales et anthropiques.
(2) En lien étroit avec les spécialistes en sciences sociales du projet, le doctorant (H/F) analysera les pratiques aquacoles, l’usage des antibiotiques et la perception du risque lié aux plastiques, afin de quantifier l’exposition et d’identifier les déterminants sociaux du risque.
(3) Intégrer les données biologiques et pratiques aquacoles dans une évaluation quantitative exploratoire du risque sanitaire (modélisation QMRA), afin de quantifier le risque pour les populations humaines et les leviers de réduction de ce risque.
Ce projet offre un environnement de recherche international (France, Vietnam, océan Indien) et une formation à l’interface entre écologie microbienne, modélisation et sciences sociales. Il donnera lieu à plusieurs publications scientifiques et contribuera à une meilleure compréhension et gestion des risques sanitaires dans les socio-écosystèmes aquacoles.

Votre Environnement de Travail

Basé(e) à Sète au sein de l’UMR MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation (MARBEC), le doctorant (H/F) bénéficiera d’un environnement de recherche pluridisciplinaire et international, avec un encadrement assuré par Jean-Christophe Auguet et Emmanuelle Roque d’Orbcastel (MARBEC), Gwenn Pulliat (ARTDev) et Sophie Lecomte (CBMN). Il/elle aura accès aux différentes plateformes analytiques et aux infrastructures de MARBEC, ainsi qu’aux compétences en modélisation écologique développées au sein de l’unité. Le projet repose sur une forte complémentarité entre partenaires spécialisés en écologie microbienne, aquaculture, modélisation (MARBEC), biochimie (IO), sciences sociales (ART-Dev) et chimie des plastiques (CBMN), garantissant une formation interdisciplinaire complète. Le/la doctorant·e effectuera deux missions longues au Vietnam, à l’Université de Sciences et Technologie de Hanoï (USTH), ainsi qu’une mission de terrain à l’île Maurice, favorisant une immersion dans des contextes aquacoles contrastés. Cette thèse s’inscrit dans la continuité de projets structurants (THREATS 2025–2027, CityFish 2024–2028, EXPLOI 2023–2029) et s’appuie sur un historique commun de collaborations et de publications, assurant un cadre scientifique robuste, la faisabilité du projet et un fort potentiel de valorisation.

Contraintes et risques

Contraintes liées à une bourse doctorale avec une codirection impliquant des déplacements à l’Étranger qui peuvent demander une adaptation au vu du contexte géopolitique des pays visités.
Risques professionnels identifiés :
Risque lié aux transports (véhicule léger fréquent, engins spéciaux, bateau...).

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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