Offre de thèse en génétique – épigénétique - immunologie H/F

Description du Poste

Sujet De Thèse

Le projet de thèse proposé se situe à la croisée de l’épigénétique, de la génétique, de la régulation génomique, de l’inactivation du chromosome X et de l’immunologie (réponse immunitaire, biais de sexe en immunologie, auto-immunité).
Les différences entre les sexes au niveau des réponses immunitaires contribuent à une protection antivirale plus forte chez les femmes, mais augmentent également leur susceptibilité à certaines maladies auto-immunes. Au-delà des hormones sexuelles, le dosage du chromosome X joue un rôle clé. Alors que l’inactivation de l’un des chromosomes X (appelée XCI, pour « inactivation du chromosome X ») égalise l’expression de la plupart des gènes liés au chromosome X dans les cellules femelles, ce processus est en réalité incomplet, permettant à 15 à 25 % des gènes du X de rester actifs. En particulier, le gène immunitaire Tlr7, codant un récepteur qui détecte les ARNs viraux mais peut favoriser une auto-immunité sévère lorsqu’il est surexprimé, échappe à l’XCI dans plusieurs cellules immunitaires femelles. Les mécanismes contrôlant l’XCI ou l’échappement de certains gènes à ce processus restent mal compris, notamment la question de savoir si les cellules immunitaires développent de manière générale un état de chromatine plus permissif sur leur chromosome X inactif.
L’objectif de ce projet de thèse est de décrire la stabilité de la chromatine et le profil transcriptomique du chromosome X inactif, ainsi que d’identifier les mécanismes régissant l’XCI ou son échappement dans les cellules immunitaires. Le projet combinera l’utilisation de différents modèles murins, de cultures de cellules primaires, d’analyses unicellulaires et à haut débit (notamment immunomarquages, hybridations in situ, cytométrie en flux, CUT&Tag, RNA-seq, Hi-C…), afin de i) définir le profil transcriptomique et épigénétique du chromosome X inactif (Xi), ii) déterminer la stabilité de l’état de la chromatine du Xi et iii) identifier les régulateurs de la chromatine impliqués dans l’échappement à l’XCI dans les macrophages alvéolaires.

Profil recherché :
Étudiant titulaire d’un Master 2 en biologie, génétique, épigénétique ou biologie moléculaire. Des connaissances en immunologie seraient un atout.

Compétences clés :
• Autonomie, souci du détail, dévouement, motivation, curiosité
• Capacités d’analyse et de synthèse
• Adaptabilité, créativité, aptitudes à la communication
• Anglais scientifique (écrit et oral)

Votre Environnement de Travail

Ce projet de thèse sera co-encadré par le Dr Katia Ancelin et le Dr Julie Chaumeil, au sein de l’équipe « Épigénétique et fonctions nucléaires dans les maladies humaines » (dirigée par le Dr Benoît Miotto et le Dr Julie Chaumeil), avec le soutien des autres membres de l’équipe et en étroite collaboration avec deux laboratoires situés à Toulouse et à Bordeaux. L'équipe fait partie du département « Plasticité cellulaire et reproduction » de l'Institut Cochin, l'un des plus grands centres de recherche biomédicale français, situé au cœur de Paris, qui offre un environnement scientifique multidisciplinaire et des plateformes de recherche très performantes. Ce projet de thèse est rattaché au département de génétique (GENYX) de l'école doctorale « BioSPC » (ED562) de l'Université Paris Cité.

Contraintes et risques

Les approches expérimentales nécessitent un travail intensif de culture de cellules primaires et d'expérimentation animale, ce qui peut parfois impliquer de travailler en dehors des horaires habituels (week-ends, plages horaires matinales ou tardives). Le doctorant devra suivre une formation à l'expérimentation animale.

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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