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doctorant (H/F) Analyse quantative d'imagerie grand volume en neurobiologie du développement

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mardi 29 juin 2021

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Informations générales

Référence : UMR7645-LAULAC-003
Lieu de travail : PALAISEAU
Date de publication : mardi 8 juin 2021
Nom du responsable scientifique : Anatole CHESSEL
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Les développements récents de microscopie amènent à imager des volumes de plus en plus grands à des résolutions de plus en plus fines. Un enjeu fondamental de la bioimagerie computationnelle est aujourd'hui de relier ce type de données aux questions biologiques qui les motivent, afin de faire avancer notre compréhension du vivant. Récemment, le Laboratoire Optique et Biosciences (LOB) à l'Ecole Polytechnique - Institut Polytechnique de Paris a publié la technique ChroMS, permettant l'acquisition en microscopie multiphoton multicouleur de grands volumes de tissue cérébral fixé. Plusieurs projets de neurobiologie du développement sont en cours qui vont tirer parti de cette avancée technologique, et nous sommes à la recherche d'un.e étudiant.e motivé.e par la science des données biologiques pour mener à bien l'analyse de ces acquisitions, en lien étroit avec les expérimentateurs.

Le travail se fera dans le cadre d'une collaboration interdisciplinaire et s'appuiera sur différents logiciels ouverts récemment développés dans la communauté. Il s'agira notamment de mettre en place une chaîne de traitement adapté pour segmenter de grandes images de cervelet de souris pour faire avancer notre compréhension de la formation, de la connectomique et du fonctionnement de ses circuits.

Contexte de travail

Le projet sera réalisé au sein du Laboratoire d'Optique et Biosciences à l'Ecole Polytechnique (Palaiseau) dans l'équipe de microscopies avancés, et sera co-encadré par Anatole Chessel et Emmanuel Beaurepaire. L'équipe d'accueil fournit un environnement interdisciplinaire alliant développements instrumentaux, développements algorithmique et computationnel, et biologie. L'Ecole Polytechnique est située sur le plateau de Saclay, et est facilement accessible en transport depuis Paris. Le candidat intègrera l'école doctorale de l'Institut Polytechnique de Paris, dans le domaine biologie ou informatique selon son choix et son profil.

L'Ecole Polytechnique est située sur le plateau de Saclay et est facilement accessible en transport depuis Paris. Le campus offre un cadre de vie agréable, avec de nombreuses activités (sport, culture, associations). Plus d'infos sur https://www.ip-paris.fr.

Informations complémentaires

Un.e candidat.e idéal.le a un M2 en mathématiques appliquées/informatique/science des donnée/vision par ordinateur ou une discipline apparentée, une bonne aptitude à la programmation en python, et un intérêt pour le travail en collaboration interdisciplinaires. Des connaissances biologiques ou au moins un réel intérêt pour la biologie serait souhaitable.

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