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Thèse de doctorat, biodégradation de micropolluants dans les nappes aquifères - approches biomoléculaires et géochimiques (H/F/X))

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Informations générales

Référence : UMR7517-GWEIMF-004
Lieu de travail : STRASBOURG
Date de publication : mardi 3 mars 2020
Nom du responsable scientifique : Gwenaël Imfeld, DR-CNRS et Stéphane Vuilleumieur, Prof. Unistra
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Le LHyGeS (UMR 7517, Institut National des Sciences de l'Univers CNRS) et le GMGM (UMR 7156, Institut National des Sciences Biologiques CNRS) recherchent une personne créative, qualifiée et motivée pour un projet de thèse interdisciplinaire, à l'interface des sciences biologiques, chimiques, et environnementales. Ce travail sera mené dans le contexte du projet de recherche 3D-MICROPOL "Biodégradation de micropolluants dans les nappes aquifères : couplage d'approches de géochimie isotopique et de génomique microbienne", lauréat en janvier 2020 du programme 80|PRIME de la Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires du CNRS.
Le projet de thèse aura pour objectif de développer de nouvelles approches expérimentales pour suivre les processus de transformation des micropolluants, prédire l'évolution des aquifères afin de mieux maîtriser leur bon état fonctionnel et leur réhabilitation. Le projet impliquera l'acquisition de données biomoléculaires, hydrochimiques et isotopiques, par des études de laboratoire et in situ. Il comprendra l'étude de marqueurs spécifiques de la biodégradation microbienne de différents micropolluants-clés, et contribuera à développer des approches conceptuelles et de modélisation pour mieux comprendre les processus en jeu.
Les travaux à effectuer incluront :
• l'évaluation de la transformation des micropolluants sur des échantillons d'eau et de sédiment (en laboratoire et sur le terrain) ;
• l'application et la mise au point de différentes approches de microbiologie, de biologie moléculaire (PCR, qPCR, séquençage haut-débit) ;
• l'application de méthodes de chimie analytique et d'analyse des isotopes stables ;
• le travail collaboratif au cœur d'un projet multidisciplinaire s'appuyant sur deux laboratoires;
• la préparation de rapports, de présentations de séminaire et de conférence, et de publications scientifiques.
Les candidat·e·s recherché·e·s pourront faire valoir :
• un diplôme de Master avec des connaissances pluridisciplinaires en chimie et en biologie (obtention prévue avant septembre 2020 ou acquis en 2018 ou 2019) ;
• une expérience pratique de différentes techniques expérimentales (idéalement en biologie moléculaire et en chimie analytique) ;
• une bonne maîtrise de la communication orale et écrite, et de la langue anglaise ;
• de bonnes aptitudes à la communication et au travail dans une équipe interdisciplinaire comprenant scientifiques, ingénieurs et techniciens.
Des notions complémentaires des processus de transformation de polluants, de l'analyse des isotopes stables, des outils bioinformatiques, des approches statistiques et de modélisation, ainsi qu'une expérience internationale, représenteront autant d'atouts additionnels pour une candidature.

Contexte de travail

Le Laboratoire d'Hydrologie et de Géochimie (LHyGeS, UMR 7517 CNRS ; https://lhyges.unistra.fr) étudie les flux et les transports dans les systèmes hydrologiques continentaux. Les activités de recherche associent la biogéochimie expérimentale et isotopique à l'hydrologie pour comprendre les processus à différentes échelles et développer des modèles de transport. Le LHyGeS mène des expériences en laboratoire et sur le terrain pour étudier le transport de l'eau et des contaminants. Le groupe de recherche de Gwenaël Imfeld se concentre sur la transformation des polluants à l'aide notamment de l'analyse isotopique spécifique au composé (CSIA) dans les bassins versants, les sols et les aquifères.
L'équipe de Stéphane Vuilleumier de l'unité de recherche Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie (GMGM, UMR 7156 CNRS, https://gmgm.unistra.fr) vise à comprendre les bases moléculaires du métabolisme bactérien de différents polluants, et à caractériser les communautés microbiennes de sites pollués, en appliquant les approches de génomique fonctionnelle.
La recherche à l'Université de Strasbourg couvre tous les domaines scientifiques et encourage les collaborations interdisciplinaires et internationales. Située au cœur de l'Europe dans une région trinationale à l'activité économique dynamique, Strasbourg est une ville pionnière en matière de protection de l'environnement en France et un lieu de vie très agréable.

Nous offrons salaire et avantages sociaux conformément à la réglementation du secteur public français. Veuillez envoyer votre candidature par courrier électronique, conjointement à Gwenaël Imfeld (imfeld@unistra.fr; https://www.lhyges.unistra.fr/IMFELD-Gwenael) et à Stéphane Vuilleumier (vuilleumier@unistra.fr, https://gmgm.unistra.fr/index.php?id=6487), avec un seul document PDF comprenant lettre de motivation, CV, copie des certificats et diplômes, et les noms et coordonnées de référents potentiels,.
La date limite de dépôt des candidatures est le 31 avril 2020. La période de prise de fonction préférée sera en octobre 2020.

Contraintes et risques

Pas de contrainte particulière.

Informations complémentaires

Le LHyGeS (UMR 7517, Institut National des Sciences de l'Univers CNRS) et le GMGM (UMR 7156, Institut National des Sciences Biologiques CNRS) recherchent une personne créative, qualifiée et motivée pour un projet de thèse interdisciplinaire, à l'interface des sciences biologiques, chimiques, et environnementales. Ce travail sera mené dans le contexte du projet de recherche 3D-MICROPOL "Biodégradation de micropolluants dans les nappes aquifères : couplage d'approches de géochimie isotopique et de génomique microbienne", lauréat en janvier 2020 du programme 80|PRIME de la Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires du CNRS.

Le projet de thèse aura pour objectif de développer de nouvelles approches expérimentales pour suivre les processus de transformation des micropolluants, prédire l'évolution des aquifères afin de mieux maîtriser leur bon état fonctionnel et leur réhabilitation. Le projet impliquera l'acquisition de données biomoléculaires, hydrochimiques et isotopiques, par des études de laboratoire et in situ.

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