Doctorant en écologie moléculaire (H/F)

Description du Poste

Sujet De Thèse

Titre : Multi.Div – complémentarité des approches standards et ADNe pour l’étude de la biodiversité des rivières

(i) Contexte scientifique
La connaissance fine de la biodiversité des milieux aquatiques et zones humides est essentielle à la conservation, alors que ces écosystèmes comptent parmi les plus vulnérables au changement climatique et souffrent d'un déficit de suivi standardisé, notamment en zones transfrontalières. Le metabarcoding sur ADN environnemental (ADNe) a profondément transformé les méthodes d'inventaire depuis dix ans. Non invasif, il complète les méthodes classiques (comme le kick-sampling pour les macroinvertébrés) en détectant des taxons rares ou cryptiques, sans pour autant les remplacer : l'ADNe élargit le spectre de détection mais reste moins précis localement et en abondance. La fiabilité du metabarcoding dépend crucialement de bases de données de référence solides, construites à partir de spécimens bien identifiés par des experts. Un travail de ce type est mené en Grand-Est sur la flore régionale (marqueur ITS2), mais les invertébrés comme les Trichoptères restent sous-documentés. Chez les éphémeroptères-plécoptères- trichoptères (EPT), les larves sont souvent identifiables seulement au genre, contrairement aux imagos ; l'association larve-adulte par séquençage permet donc d'étendre la portée des bases de référence et de révéler la diversité cryptique. Enfin, la diversité génétique intraspécifique, dimension clé pour l'adaptation des populations au changement climatique reste peu explorée en ADNe, malgré quelques études pionnières prometteuses, particulièrement pour les invertébrés et plantes aquatiques.

(ii) Objectifs de l’étude
S'appuyant sur le cadre du projet Interreg MULTI.DIV, cette thèse combinera approches naturalistes traditionnelles et outils moléculaires innovants pour évaluer la diversité des invertébrés et plantes aquatiques des cours d'eau de la réserve de biosphère transfrontalière Pfälzerwald-Vosges du Nord, avec quatre objectifs complémentaires :
• Réaliser des inventaires de terrain des invertébrés aquatiques et des plantes aquatiques et riveraines, selon des méthodes d'échantillonnage traditionnelles standardisées (kick-sampling, transects), sur une trentaine de sites dans différents contextes, de zones anthropisées vers des zones en cœur de réserves.
• Participer au développement de bases de données de référence de codes-barres ADN pour les communautés d'invertébrés aquatiques, en ciblant prioritairement les EPT et, plus spécifiquement, les Trichoptères, groupe taxonomiquement complexe et insuffisamment représenté dans les bases publiques. La collecte privilégiera les imagos, identifiés morphologiquement à l'espèce puis séquencés pour les marqueurs classiquement utilisés en metabarcoding, afin de garantir la fiabilité des séquences déposées. Un volet d'association larve–adulte par séquençage permettra de rattacher à une identité spécifique les stades larvaires non identifiables morphologiquement, et une démarche de taxonomie intégrative sera mobilisée pour détecter d'éventuelles espèces cryptiques régionales
• Déployer les outils de metabarcoding ADNe sur les mêmes trente sites d'étude, à partir d'échantillons d'eau, afin de comparer systématiquement les deux approches (relevés traditionnels et ADNe) en termes de richesse détectée, de sensibilité, de coûts et d'effort d'échantillonnage, et d'évaluer leur complémentarité pour le suivi à long terme de la biodiversité aquatique transfrontalière.
• Mener, pour une espèce modèle d'invertébré aquatique choisie parmi les EPT, une étude comparative sur les mêmes marqueurs ADN de la diversité génétique populationnelle obtenue, d'une part par échantillonnage et génotypage d'individus, et d'autre part par analyse de l'ADNe des cours d'eau, afin de tester la pertinence et les limites de l'approche ADNe pour l'étude de la diversité génétique infraspécifique à l'échelle d'un bassin versant. Le choix de l'espèce, à arrêter en début de thèse, privilégiera un taxon disposant déjà de marqueurs et d'un cadre populationnel documentés, gage de faisabilité pour cet objectif exploratoire
• En complément, et selon le temps disponible, la constitution des codes-barres de référence pourra s'accompagner du montage d'une collection entomologique de référence régionale : les imagos séquencés seraient préparés, étiquetés et conservés comme spécimens vouchers, reliant chaque séquence à un spécimen physique vérifiable. Cette traçabilité spécimen–séquence figure parmi les recommandations formulées pour l'assurance qualité des bases de référence et valoriserait durablement le travail au-delà de la thèse.

(iv) Compétences Recherchées
Les candidatures seront particulièrement évaluées sur les compétences naturalistes en entomologie, ainsi que sur les compétences en biologie moléculaire pour du metabarcoding ADNe. Des compétences en botanique, en création et gestion de collections naturalistes, et des connaissances en génétique des populations seront également appréciées. L'obtention du permis de conduire sera une compétence supplémentaire appréciée.

Votre Environnement de Travail

Ce sujet de thèse s'inscrit dans le cadre du projet Interreg Rhin Supérieur MultiDiv (2026-2029, www.interreg-rhin-sup.eu/projet/multi-div/), visant à combler le manque sur la Biodiversité dans les massifs franco-allemands Vosges du Nord et Pfälzerwald en réunissant chercheurs, gestionnaires d'espaces naturels, musées d'histoire naturelle et institutions françaises et allemandes. Ensemble, ils collecteront des données génétiques sur les insectes, poissons et plantes présents dans les forêts et les rivières, mettent en place un suivi commun de ces milieux, et créent un réseau transfrontalier – l'Upper Rhine Biodiversity Cluster – pour partager les connaissances. Ce travail aboutira à des outils d'analyse, des plans d'action, des formations pour les professionnels et des expositions à destination du grand public. À terme, les décideurs disposeront d'informations solides pour ajuster leurs politiques, les acteurs de terrain seront mieux outillés, et la population sensibilisée à la préservation de la biodiversité.

Le/la doctorant(e) sera accueilli(e) dans les locaux du Laboratoire Image Ville Environnement (UMR 7362 Unistra CNRS ENGEES). Il/elle travaillera avec une équipe d'écologues aux compétences variées, de la génétique des populations et ADN environnemental, à l'étude des communautés végétales et animales et la restauration des écosystèmes. Plus globalement, le LIVE mène des recherches pluridisciplinaires sur les milieux urbains, anthropisés et les hydrosystèmes, dans une volonté de compréhension de l'impact des activités humaines sur les socio-écosystèmes. Le/la doctorant(e) sera inscrit(e) à l'école doctorale ED 413 de l'Université de Strasbourg.

- Restauration à proximité
- Avantages sociaux
- Possibilité de télétravailler dans le respect du protocole établi.
- Congés + RTT : maximum de 46 jours par an à prendre pendant la durée du contrat.

Contraintes et risques

Le/la doctorant(e) devra travailler sur le terrain dans des milieux aquatiques courants, et donc connaître et respecter les consignes de sécurité dans ce type d’environnement. Il/elle réalisera des missions de terrain sur plusieurs jours en dehors de son domicile. Il/elle manipulera en laboratoire des produits CMR dans le cadre d’expérimentations en biologie moléculaire, et devra donc connaître et respecter les consignes de sécurité.

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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