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DOCTORANT EN BIO-INFORMATIQUE H/F

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Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR7357-MARURB-004
Lieu de travail : STRASBOURG
Date de publication : lundi 29 juin 2020
Nom du responsable scientifique : Olivier POCH, Pierre COLLET
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

L'objectif de la thèse est de développer des approches d'IA explicable pour la classification intégrée et la prédiction de maladies génétiques rares, plus spécifiquement des myopathies congénitales (MC). Le diagnostic différentiel précoce des différentes MC représente un défi majeur et pourrait être grandement amélioré́ en combinant les données cliniques (symptômes), génétiques/génomiques (séquences) et histologiques (images/rapports) de la cohorte de référence MyoCapture, qui comprend 1200 individus dont l'ensemble des données a récemment été́ intégré́ dans une base de connaissance INEX-MED. Dans ce cadre, nous proposons d'apprendre de la base INEX-MED pour développer un modèle prédictif explicable, MYO-xIA fondé sur les systèmes de classeurs adaptatifs BACS (Behavioral Anticipatory Classifier System) couplé à des réseaux neuronaux profonds. MYO-xIA sera dédiée au diagnostic différentiel des MC sur la base des symptômes du patient, afin d'orienter les analyses génétiques/génomiques et/ou les explorations cliniques/histologiques complémentaires souvent invasives et coûteuses, améliorant ainsi la prise en charge des patients.

Contexte de travail

Le projet de thèse est lauréat de l'appel à projet CNRS 80 Prime, et se fera en collaboration entre INS2I et INSB. Le doctorat se déroulera à ICube (Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie), Strasbourg dans l'équipe CSTB (Complex Systems and Translational Bioinformatics). Le projet est pluridisciplinaire et associe l'équipe de Jocelyn Laporte à l'IGBMC, Strasbourg pour les aspects génétiques et diagnostics.

Contraintes et risques

Le candidat retenu sera inscrit en doctorat à l'Université de Strasbourg, à l'école doctorale MSII ou SVS.

Informations complémentaires

Le candidat devra être titulaire d'un diplôme de Master2 en bioinformatique. Le poste nécessite des expertises en programmation, algorithmique et base de données, ainsi que de solides connaissances en biologie moléculaire et cellulaire et génétique et des expériences de recherche en analyses de données génomiques. De bonnes aptitudes de communication orale et écrite (français et anglais nécessaires) serait appréciable pour présenter aux congrès et rédiger des articles dans des revues scientifiques. Une bonne maitrise de la langue française sera indispensable dans le cadre du projet car de nombreuses interactions avec le milieu biomédical français (médecins, tissus associatifs, patients…) sont prévues. Au regard, de l'aspect fortement interdisciplinaire de la recherche qui sera menée, le ou la doctorant(e) devra faire preuve d'une grande ouverture d'esprit et d'une capacité à interagir efficacement avec des collaborateurs de différentes disciplines (informaticiens, biologistes, cliniciens). Nous recherchons un jeune chercheur qui saura s'impliquer dans son projet, curieux, ayant une certaine autonomie et une forte motivation pour développer des compétences en IA dans le domaine biomédical.
Les candidatures devront inclure un CV détaillé ; au moins deux références (personnes susceptibles d'être contactées) ; une lettre de motivation d'une page ; un résumé d'une page du mémoire de master; les notes du Master 2).

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