Doctorante / Doctorant en biologie H/F

Description du Poste

Sujet De Thèse

Elucider le développement et l'évolution de la structure des muscles des méduses, en collaboration avec l'équipe Cnidevo/Leclère de l'Observatoire océanographique de Banyuls-sur-Mer et l'équipe Habermann à Marseille.
Contexte
Le muscle strié est une caractéristique distinctive des animaux bilatériens, mais des structures de type muscle strié sont également présentes chez les cnidaires, ce qui soulève une question évolutive fondamentale : le muscle strié a-t-il évolué une seule fois chez l'ancêtre commun des cnidaires et des bilatériens, ou est-il apparu indépendamment par le biais d'un recrutement convergent des composants de l'actomyosine ? Malgré son importance, la composition moléculaire et l'histoire évolutive du muscle strié des cnidaires restent mal caractérisées. En particulier, on ignore dans quelle mesure l'organisation des protéines sarcomériques des cnidaires est similaire à celle des bilatériens. Ce projet vise à reconstituer l'architecture moléculaire et l'histoire évolutive du muscle strié à l'aide d'une nouvelle espèce modèle de méduse, Pelagia noctiluca. Grâce à sa transparence totale et à son développement direct, cette espèce est parfaitement adaptée à l'imagerie haute résolution et aux expériences fonctionnelles.
Ce projet de doctorat, principalement basé à l'IBDM à Marseille et co-dirigé par F. Schnorrer et L. Leclère, vise à caractériser la conservation moléculaire des composants du sarcomère entre les cnidaires et les bilatériens. Le projet combinera des approches expérimentales sur Pelagia et Drosophila, y compris des analyses fonctionnelles inter-espèces.
Objectifs :
1. Identification de nouvelles protéines sarcomériques chez Pelagia. Identifier de nouvelles protéines des filaments fins et épais ainsi que des protéines des disques Z chez Pelagia grâce à la production d'anticorps spécifiques à l'espèce et à l'imagerie à super-résolution (STED et/ou DNA-PAINT). Une attention particulière sera accordée aux protéines potentiellement impliquées dans l'élasticité du sarcomère, notamment les homologues de la titine et de l'obscurine.
2. Caractérisation du mécanisme de contraction du sarcomère chez Pelagia. Étudier les bases moléculaires de la contraction sarcomérique chez Pelagia, en mettant l'accent sur les protéines liant le calcium. Cela impliquera la micro-injection d'ARNm dans des embryons de Pelagia, combinée à des techniques d'imagerie in vivo et à des tests biochimiques.
3. Analyses fonctionnelles inter-espèces entre Drosophila et Pelagia. Évaluer la conservation fonctionnelle des protéines sarcomériques en testant la localisation et la fonction de protéines sélectionnées de chaque espèce dans les cellules musculaires de l'autre espèce.
Votre profil :
Vous avez suivi une formation en biologie cellulaire ou en biologie du développement. Un intérêt pour la génétique et les techniques d'imagerie constituera un atout majeur. Vous êtes ambitieux, curieux, aimez apprendre de nouvelles techniques et appréciez de trouver des solutions aux problèmes. Vous souhaitez saisir l'opportunité de mener votre doctorat dans deux laboratoires différents et de tirer parti de leurs expertises respectives.

Votre Environnement de Travail

L'IBDM situé sur le Campus de Luminy, comprend environ 220 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens et non permanents CDD, Post doc, Doctorants, stagiaires répartis sur 21 équipes de recherches et 11 plateaux techniques et services.
L'IBDM est une unité mixte de recherche sous une tutelle du CNRS et de l'AMU, qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées.
L'activité s'exercera au sein de l’équipe "Dynamique musculaire" dirigée par Franck SCHNORRER
Le laboratoire étant composé de plusieurs nationalités, la pratique de la langue anglaise est indispensable.
Le projet MyoMedusa est un projet interdisciplinaire mené en collaboration entre deux groupes basés à Marseille et un groupe rattaché à l'Observatoire océanographique de Banyuls-sur-Mer (CNRS/Sorbonne Université). L'institut d'accueil principal de ce doctorant sera l'Institut de biologie du développement de Marseille (IBDM), au sein du groupe dirigé par Frank Schnorrer. L'équipe Habermann, spécialisée en bio-informatique, apportera également son expertise dans le cadre de cette collaboration. L'équipe Schnorrer est spécialisée en biologie musculaire et en imagerie in vivo. Les deux groupes font partie du Centre Turing pour les systèmes vivants, Centuri, qui rassemble des biologistes, des physiciens et des scientifiques en informatique. Le doctorant bénéficiera ainsi d'un environnement hautement interdisciplinaire, comprenant des collaborations, des cours, des séminaires et des réunions à Marseille. Le doctorant collaborera avec l'équipe Cnidevo codirigée par Lucas Leclère à l'Observatoire océanographique de Banyuls-sur-Mer, une station marine gérée par l'Université de la Sorbonne et le CNRS. Cette équipe est spécialisée en biologie des cnidaires et a développé le modèle de méduse Pelagia noctiluca, parfaitement adapté à l'étude de la structure, du développement et de l'évolution des muscles des cnidaires.

Contraintes et risques

Vous travaillerez avec des cultures de cellules bactériennes, des drosophiles, des Pelagia des produits chimiques, vous ferez de l'immunohistochimie et vous utiliserez des microscopes. Vous travaillerez aussi beaucoup devant des ordinateurs.

Rémunération et avantages

Rémunération

2300,00 € mensuel brut

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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