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Etudiant(e) en thèse (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mardi 28 juin 2022

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Informations générales

Référence : UMR7280-ELETOM-002
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : mardi 7 juin 2022
Nom du responsable scientifique : Elena Tomasello
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 3 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Sujet de thèse
L'étudiant(e) recruté(e) étudiera les mécanismes moléculaires et cellulaires régissant l'hétérogénéité fonctionnelle des cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) résidant dans différents organes.
Lors d'infections virales systémiques, les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) promeuvent l'immunité antivirale via la production d'interférons de type I/III (IFN). Cette fonction est préférentiellement exercée par les pDC de la rate (Zucchini et al. Int Immunol 2008), alors que les pDC du foie et de l'intestin induisent la tolérance (Reizis, Immunity 2019). Le premier objectif sera de déterminer si des niches cellulaires spécifiques à ces trois organes instruisent des fonctions distinctes dans les pDC y résidant. Au cours de l'infection in vivo par le cytomegalovirus murin, les pDC de la rate produisant les IFN acquièrent séquentiellement 5 états d'activation ayant des fonctions et des localisations microanatomiques différentes (Abbas et al. Nat Immunol 2020). Le deuxième objectif sera de déterminer si des niches spécifiquement induites par l'infection par le MCMV régulent la génération de différents états d'activation des pDC. Ces études seront effectuées en utilisant une approche de biologie systémique, en associant de nouvelles souris mutantes ciblant spécifiquement les pDC à des technologies de pointe de génomique et d'analyse bioinformatique (Guilliams et al, Cell 2022).
Activités
1) Isolation de différents organes de souris, préparation de sections de ces organes, marquages en immunofluorescence afin d'effectuer des expériences de « spatial transcriptomics »
2) Séquençage ARN au niveau de cellule ou du noyau unique
3) Préparation d'échantillons, marquage et acquisition par cytométrie en flux multiparamétrique
4) Préparation d'échantillons, marquage et acquisition par microscopie confocale spectrale multiparamétrique
5) Expérimentation animale (manipulation de souris vigiles, injection intraveineuse, injection intrapéritonéale)
6) Elevage et génotypage par PCR de différentes lignées de souris requises pour les expériences du projet de recherche
Compétences
1) Excellent niveau de connaissance en Immunologie
2) Très bonne maitrise des techniques d'histologie et de microscopie, de préférence confocale, et/ou de la cytométrie en flux (fortement souhaitée)
3) Expérience prouvée en biologie moléculaire : extraction ADN, ARN, PCR, qPCR (fortement souhaitée)
4) Expérience acquise dans le soin aux souris et leur utilisation pour l'expérimentation animale (niveau praticien/opérateur acquis, de préférence)
5) Bonne maitrise de la langue anglaise, présentation en anglais de ses propres résultats au cours des réunions d'équipe
6) Gestion des lignées de souris, génotypage

Contexte de travail

Unité mixte de recherche du CNRS, de l'INSERM et d'Aix-Marseille Université, le CIML est composé d'environ 200 personnes et 16 équipes de recherche et situé sur le parc scientifique et technologique de Luminy à Marseille (France). Au sein du CIML, l'étudiant(e) recruté(e) travaillera dans l'équipe de recherche "Cellules dendritiques et immunité antivirale" dirigée par Marc Dalod, et plus précisément dans le groupe dirigé par Elena Tomasello. L'étudiant(e) recruté(e) travaillera en étroite collaboration avec une IE recrutée sur le même projet et avec la plateforme de génomique du CIML dirigée par Pierre Milpied.

Contraintes et risques

Une partie des expériences sera effectuée en conditions de confinement BSL3

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