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Doctorant en écologie chimique et écophysiologie "H/F"

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Informations générales

Référence : UMR7263-MARCOC-004
Lieu de travail : MARSEILLE 03
Date de publication : mardi 23 juin 2020
Nom du responsable scientifique : Elena ORMENO-LAFUENTE
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

La/le doctorant.e travaillera sur les Stratégies de défense physico-chimiques des forêts méditerranéennes face aux restrictions de précipitations en milieu naturel. Évaluer la capacité d'adaptation des forêts à la sécheresse est un enjeu majeur notamment dans la région méditerranéenne où les périodes de sécheresse estivale sont de plus en plus fréquentes et longues et les modèles climatiques indiquent une accélération et une intensification de ces changements au cours du XXI siècle. Ce changement rapide du climat peut donc impacter les forêts limitant leurs services écosystémiques et sociétaux.
Pour comprendre ces stratégies, le projet aura pour but d'évaluer 1) l'existence de compensations entre les modifications morphologiques et métabolomiques foliaires avec un focus sur le métabolisme spécialisé et 2) le lien entre production, localisation dans les tissus et fonctions biologiques de certains métabolites. Cette étude est donc intégrative car elle prend en compte plusieurs échelles : de la molécule (métabolites primaires et spécialisés), à la feuille dans sa globalité, en passant par sa surface et les tissus foliaires. Cette étude sera notamment effectuée au sein de la forêt de Quercus pubescens sur le site expérimental de l'O3HP (Saint Michel l'observatoire), 100km au nord de Marseille. Cette forêt est soumise à des exclusions de précipitations depuis 2012 accentuant la contrainte hydrique. Des mesures de terrain auront lieu tous les 3 mois environ sur ce site.
Le ou la candidat.e utilisera 1) différentes techniques d'imagerie pour caractériser la structure interne et externe des feuilles et la localisation des métabolites, à savoir, la microscopie électronique à balayage, confocale, optique et cohérente Raman polarisée, 2) des outils destinés à caractériser le stress physiologique du végétal (mesure du potentiel hydrique, des échanges gazeux du végétal) 3) des techniques de spin trapping couplé à la RPE (Résonance Paramagnétique Electronique) pour le dosage de la pression oxydante indicatrice du stress physiologique du végétal, 4) des instruments analytiques pour caractériser les métabolites par GC-MS (métabolomique ciblée) et UHPLC QTof (métabolomique non ciblée).

Contexte de travail

L'IMBE, et en particulier l'équipe DFME (Diversité et Fonctionnement : des molécules aux écosystèmes), travaille depuis 20 ans sur les métabolites spécialisés des végétaux produits notamment par les espèces méditerranéennes. Ces études s'inscrivent dans des problématiques variées comme le rôle de ces métabolites dans la santé, le développement et le fonctionnement des formations végétales sous contraintes environnementales, avec un focus sur la contrainte hydrique dans la région méditerranéenne. Ces 10 dernières années, un des modèles privilégiés par l'équipe est la chênaie pubescente (Quercus pubescens), représentative d'une forêt décidue remarquable pour sa résistante au stress hydrique.
Le laboratoire d'accueil principal sera l'IMBE (Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale, UMR 7263 CNRS, Aix Marseille Université, IRD, Avignon Université). Plus particulièrement, la/le doctorant.e sera rattaché.e à l'équipe DFME localisée à Marseille. Son laboratoire d'accueil secondaire sera l'ICR (Institut de Chimie Radicalaire, Marseille). Il/elle collaborera également avec des chercheurs de l'Institut Fresnel.

Contraintes et risques

Un séjour d'environ 1 mois sera probablement envisagé à l'INIA (Madrid, Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria) dans le but d'analyser les tissus foliaires par microscopie optique. Le travail de terrain impliquera également des déplacements à l'O3HP (Observatoire de Haute Provence) à 100 km de Marseille environ tous les 2 - 3 mois. Le ou la candidat.e devra être autonome pour les déplacements nécessaires (sous-entendu permis et voiture).

Informations complémentaires

Profil recherché : L'étudiant.e devra avoir une formation universitaire niveau M2 ou avoir fait une école d'ingénieur en environnement, ou biologie ou chimie et avoir effectué des stages de recherche dans des domaines relevant de l'écophysiologie végétale, et/ou écologie chimique, et/ou chimie organique structurale. Le sujet proposé étant pluridisciplinaire, nous recherchons donc un.e candidat.e avec au moins un de ces trois profils (écologie, écophysiology et chimie) mais une affinité pour les autres champs de compétences est également requis. Le ou la candidat.e devra également apprécier le travail de terrain et de laboratoire, posséder des connaissances en statistiques et être intéressé.e par le traitement des données. Le ou la candidat.e devra aussi être motivé.e pour se former dans les domaines de compétences complémentaires à sa formation initiale, rédiger des rapports et articles scientifiques en anglais, faire preuve d'organisation, de dynamisme et de communication et posséder un niveau d'anglais niveau B2 minimum.

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