Doctorant en dynamique de l'ADN extrachromosomique et rajeunissement cellulaire H/F

Description du Poste

Sujet De Thèse

Objectif et questions scientifiques
Comment l'instabilité du génome reste-t-elle confinée à une cellule et dans quelles conditions peut-elle être transmise aux générations suivantes ? L'ADN extrachromosomique, ou ecDNA, constitue un système particulièrement adapté à cette question, car il peut apparaître de manière stochastique, se répliquer indépendamment et se répartir de façon asymétrique au cours de la division cellulaire. Chez la levure bourgeonnante, les cercles extrachromosomiques d'ADN ribosomal s'accumulent dans les cellules mères vieillissantes, mais sont normalement retenus à l'écart des cellules filles nouvellement formées. Cette asymétrie pourrait préserver le rajeunissement des cellules filles.
La thèse déterminera si la perte de rajeunissement des cellules filles résulte de la transmission d'ecDNA par les cellules mères âgées, de l'apparition d'une instabilité chromosomique plus générale, ou de l'association de ces deux processus. Le travail portera sur la dynamique de l'ecDNA et sur ses conséquences fonctionnelles au cours du vieillissement réplicatif de Saccharomyces cerevisiae.
Approche expérimentale et quantitative
Le candidat (H/F) recruté conduira un projet intégré associant les activités suivantes :
- réaliser des expériences de microfluidique de longue durée et de microscopie de fluorescence sur cellules vivantes ;
- mettre en oeuvre des approches de génétique de la levure et des systèmes inductibles de formation d'ecDNA ;
- quantifier la formation, l'amplification, la rétention et la transmission de l'ecDNA entre cellules mères et filles ;
- mesurer directement le rajeunissement des cellules filles et la durée de vie réplicative ;
- caractériser la ségrégation chromosomique par imagerie et par des analyses génomiques ciblées ;
- développer et utiliser des méthodes automatisées d'analyse d'images et de suivi des lignées cellulaires ;
- intégrer les données par l'analyse statistique, l'inférence probabiliste et la modélisation quantitative.
Le volet expérimental sera étroitement articulé avec l'analyse informatique et la modélisation. Cette organisation favorisera les échanges entre biologie cellulaire, génétique, microscopie quantitative, traitement d'images et biophysique.
Conditions scientifiques matérielles et financières
Le contrat et les activités de recherche sont financés dans le cadre du projet ANR REJUVENATE. Les dispositifs microfluidiques, les microscopes pour l'imagerie quantitative à long terme et les ressources de calcul et d'analyse d'images nécessaires au projet sont opérationnels dans l'équipe et dans son environnement d'accueil. Le candidat (H/F) recruté disposera d'un poste de travail, de l'accès aux équipements et aux consommables du projet, ainsi que d'un encadrement expérimental et quantitatif régulier.
Objectif de valorisation des travaux
Les résultats seront valorisés dans la thèse, par des communications dans des congrès scientifiques et par la préparation d'articles dans des revues internationales. Les méthodes d'analyse et les outils informatiques développés dans le projet seront documentés et diffusés selon les règles applicables au projet, à la science ouverte et à la propriété intellectuelle.
Références bibliographiques
- Morlot S. et al. Cell Reports 28, 408-422.e4 (2019).
- Aspert T. et al. eLife 11 (2022).
- Malyavko A. et al. bioRxiv 2026.03.20.713207 (2026).

Votre Environnement de Travail

Le CNRS est un organisme public de recherche pluridisciplinaire. La thèse se déroulera au laboratoire Biotechnologie et signalisation cellulaire, BSC, UMR 7242, unité mixte du CNRS et de l'Université de Strasbourg qui accueille également une équipe de recherche labellisée par l'Inserm. L'unité, qui compte plus de 50 équivalents temps plein hors stagiaires, développe des recherches à l'interface de la génomique fonctionnelle et de la chimie biologique. Elle est implantée dans les locaux de l'École supérieure de biotechnologie de Strasbourg, ESBS, sur le campus d'Illkirch-Graffenstaden.
Le candidat (H/F) recruté rejoindra l'équipe dirigée par Gilles Charvin. L'équipe associe des compétences en génétique de la levure, microfluidique, microscopie quantitative, analyse automatisée d'images, physique statistique et modélisation mathématique. Elle développera ses travaux au contact des autres équipes du BSC et des plateformes technologiques du site.
La thèse sera inscrite à l'Université de Strasbourg et rattachée à l'École doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé, ED 414, dans la spécialité Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie. La formation doctorale complétera l'encadrement scientifique assuré au laboratoire. Le campus est accessible en transports en commun et dispose de services de restauration. Les dispositifs sociaux du CNRS et la prise en charge partielle des abonnements de transport s'appliquent selon la réglementation en vigueur.

Contraintes et risques

- Le projet comporte une activité expérimentale sur site, avec manipulation de souches de levure, de réactifs de biologie moléculaire et utilisation de microscopes à fluorescence. Les formations de sécurité et les procédures du laboratoire devront être respectées.
- Les acquisitions de longue durée sur dispositifs microfluidiques exigent une planification rigoureuse des expériences et du suivi des équipements.
- Une part importante du travail sera consacrée à l'analyse d'images et de données sur écran.
- Des déplacements ponctuels en France ou à l'étranger pourront avoir lieu pour des congrès, formations ou collaborations scientifiques.
- Le recrutement est conditionné par l'admission et l'inscription à l'École doctorale ED 414 ainsi que par l'accomplissement des démarches administratives requises.

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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