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Doctorant(e) en synthèse organique (H/F) : synthèse de molécules originales inhibitrices de cibles protéiques virales dans la lutte contre les virus émergents

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 26 mai 2022

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Informations générales

Référence : UMR6230-ARNTES-010
Lieu de travail : NANTES
Date de publication : jeudi 5 mai 2022
Nom du responsable scientifique : Arnaud Tessier
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 15 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Depuis le début de la pandémie de la COVID‐19, on dénombre plus de 6 millions de décès dans le
monde. La pandémie actuelle nous rappelle notre vulnérabilité face aux virus, et plus particulièrement
aux virus émergents à ARN (SARS‐CoV, MERS, SARS‐CoV‐2, Zika, Dengue, Chikungunya, Ebola, etc..). A
l'exemple de nucléosides tels que le remdésevir ou la ribavirine, cette famille de composés
représentent, dans cette lutte, plus de la moitié des antiviraux sur le marché. Dans ce contexte, notre
programme de recherche envisage de concevoir et d'évaluer de nouveaux antiviraux contre ces virus
émergents. L'objectif de cette thèse s'inscrit dans une démarche rationnelle pour la conception et
l'élaboration d'analogues nucléosidiques originaux au sein d'un programme national GAVO
(Génération d'AntiViraux Originaux). En appui de ces travaux, l'évaluation biologique de ces analogues
originaux sur un large panel de virus, sera effectuée par un consortium de virologistes et biologistes
(ViroCrib, INSB ‐CNRS).
Sur le modèle du C‐nucléoside Remdesivir et à partir de l'expertise de notre équipe sur la
synthèse d'analogues de nucléosides, les travaux du.de la. doctorant.e. se concentreront sur
l'aménagement de la position 1' de nucléosides naturels pour conduire à une génération de nouveaux
antiviraux. Pour cela, l'un des objectifs dans cette première phase de la thèse consistera à apporter
une variété de modifications chimiques originales, à partir de précurseurs osidiques clés, dont la
synthèse a été récemment validée.1 Ainsi, via cette stratégie de synthèse que nous maitrisons, une
série de C‐nucléosides comportant des nucléobases originales sera ciblée afin d'évaluer de nouveaux
analogues originaux du remdesivir, non accessibles par les stratégies de synthèse actuelles.
L'activité inhibitrice des nouveaux candidats nucléosidiques vis‐à‐vis des souches virales
disponibles sur les plateformes du consortium ViroCrib, sera évaluée en parallèle de la synthèse pour
établir les éléments de pharmacomodulation pertinents. Ces résultats pourront être analysés et
interprétés au sein du consortium GAVO grâce à l'apport de modélisateurs spécialistes de la cible
protéique d'intérêt.2 D'autre part, l'introduction de groupements fonctionnels pertinents en position
5' du ribose complétera ce projet de thèse et aura aussi pour objectif de produire des prodrogues de
nucléosides en tant que nouveaux dérivés plus performants, afin d'envisager leur évaluation in cellulo
ou in vivo.
1 Synthesis of novel C‐nucleoside analogues bearing an anomeric cyano and a 1,2,3‐triazole nucleobase as potential antiviral agents. Sierocki P. ; Gaillard, K. ; Arellano Reyes, R.A. ; Donnart, C. ; Lambert, E. ; Grosse, S. ; Arzel, L. ; Tessier, A. ; Guillemont, J. ; Mathé‐Allainmat, M. ; Lebreton, J. Org. Biomol. Chem. 2022, 20, 2715‐2728. DOI : 10.1039/D1OB02451E
2 Autophagy and evasion of immune system by SARS‐CoV‐2. Structural features of the Non‐structural protein 6 from Wild Type and Omicron viral strains interacting with a model lipid bilayer. Bignon, E. ; Marazzi, M. ; Grandemange, S. ; Monari, A. BioRxiv 2022, DOI : 10.1101/2022.01.05.475107.

Contexte de travail

Le(a) doctorant(e) sera sous la responsabilité du Directeur d'Unité et travaillera en collaboration avec un Professeur d'université (Prof. Jacques Lebreton) et un chargé de Recherche CNRS (Arnaud Tessier).
Le(a) doctorant(e) sera intégré(-e) dans l'équipe Symbiose qui traite de la syntèse de molécules d'intérêt biologique et du développement en méthodologie de synthèse. Le(a) doctorant(e) interagira de manière forte avec les différents agents présents dans le
laboratoire, qu'ils soient du domaine de l'analyse ou de la synthèse.

Informations complémentaires

Le(a) candidat(e) devra être titulaire d'un master 2 en chimie moléculaire. Une expérience et un intérêt pour l'interface chimie-biologie sont nécessaires.

Ses savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires :
- Bonnes connaissances sur les principales techniques de synthèse, purification et caractérisation de molécules.
- Maîtrise de l'anglais souhaité
Ses savoir-faire opérationnels :
- Savoir conduire un projet
- Savoir communiquer et valoriser les travaux (présentation de poster, participation à des congrès, ...)
- Savoir mettre en œuvre des protocoles opératoires de synthèse organique (synthèse en batch de quelques mg à quelques grammes).
- Savoir utiliser des appareils spécifiques de synthèse et purification (Générateur d'ozone, Four rotatif, Puriflash, etc.)
- Savoir utiliser les appareils d'analyse courants et interpréter les données analytiques (RMN, IR, SM, UV, etc.)
- Utiliser les logiciels experts dans les domaines de la bibliographie et du traitement des données analytiques (RMN, IR, SM, UV…)
- Savoir interpréter les données analytiques
- Connaissance approfondie des règles d'hygiène et de sécurité ainsi que des bonnes pratiques de laboratoire.).
Son savoir-être :
- Avoir des qualités d'organisation du travail et de réactivité
- Avoir un bon sens relationnel et interagir avec ses collaborateurs
- Etre rigoureux et méthodique
- Savoir travailler en équipe.
- Prendre des initiatives tout en sachant rendre compte
- Savoir respecter les délais et échéances de travail
- Respect des obligations de confidentialité

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