Doctorant / Doctorante (H/F) en mathématiques avec applications à l'épidémiologie

Description du Poste

Sujet De Thèse

Modélisation mathématique de la circulation épidémique à Mayotte: analyses projectives et rétrospectives

CONTEXTE
L’ı̂le française de Mayotte, un archipel de l’océan Indien situé à proximité des ı̂les Comores, a connu plusieurs épidémies ces dernières années. Quatre épidémies de dengue ont été enregistrées récemment à Mayotte, en 2010, 2012, 2014 et 2019-2020, avant l’épidémie de SARS-CoV-2 sur le territoire.
Par coı̈ncidence, deux enquêtes en population ont été réalisées en 2019 (Unono Wa Maoré) et en 2021 (MayCov), respectivement avant et après l’épidémie de dengue de 2019-2020, qui reste à ce jour la plus importante en nombre de cas déclarés sur ce territoire.
D’autre part, le territoire a également été touché par des épidémies de Chikungunya en 2005-2006 et en 2025 – avec des nouveaux cas reportés début 2026. Des enquêtes sérologiques ont également été effectuées post-épidémie en 2006, et en cours de pic épidémique en juin 2025 (EpiMay).

OBJECTIFS
L’objectif premier de cette thèse est de répertorier les données existantes, de différentes natures (nombre de cas reportés, résultats d’enquêtes sérologiques) et de développer des modèles existants et/ou originaux afin de dresser une synthèse de la situation épidémiologique des arboviroses à Mayotte, et d’anticiper au mieux les risques futurs.
Pour affiner au mieux cet état des lieux et cet état des risques, nous envisageons de surcroı̂t d’examiner en détail les deux points suivants :
-1- une analyse comparée avec le territoire de la Réunion, qui a subi des crises analogues dans les années récentes. Nous sommes intéressés en particulier à comparer les systèmes de santé au regard des résultats de la modélisation sur les épidémies passées (en particulier le Chik en 2025). En effet, nous avons obtenus des résultats préliminaires surprenants sur le territoire de Mayotte, avec un taux de détection très faible (approx. 1 cas reporté pour 50 cas) malgré une maladie avec un fort taux attendu de cas symptomatiques. En ce sens, l’analyse a posteriori des facteurs socio-culturels de l’enquête menée par l’ARS sera potentiellement très instructif. Il est à noter que l’estimation du taux de détection dans le cas de la dengue était du même ordre de grandeur.
-2- une comparaison méthodologique entre les modèles ”mécanistiques” de lutte anti-vectorielle et les modèles ”macroscopiques” de type SIR calibrés sur les données d’enquête sérologique. En effet, les indicateurs de risque 1(estimation du R0) issus des modèles de prédiction de populations de moustique sur le terrain et leur incidence sur l’épidémie diffèrent grandement à l’heure actuelle avec les indicateurs (estimation du R0) basés sur de simples modèles EDO calibrés sur des données d’échantillonage en population générale (circa 1 millier d’individus) qui donnent une estimation fiable sur
la part de population infectée.
La personne recrutée en thèse devra également se montrer réactive pour répondre aux besoins de l’ARS en situation de pic épidémique le cas échéant (production d’estimations grossières aux premiers temps de crise et de plus en plus affinées en cours d’épidémie).

ENVIRONNEMENT
Cette thèse s’inscrit dans le cadre d’une collaboration entre l’ARS et le CNRS qui a débuté lors de la crise sanitaire SARS-CoV-2 et qui s’est poursuivi par la modélisation de la circulation de la dengue (rétrospective) et du Chik (prospective). Il y a déjà eu un financement par l’ARS d’une année de post-doctorat 2024-2025 au Laboratoire de Mathématiques de Bretagne Atlantique (UMR 6205 CNRS UBO).
La thèse sera co-encadrée par Julien Balicchi (Ingénieur, responsable du Département Etudes et Statistiques de l’ARS Mayotte) et par Vincent Calvez (DR CNRS, LMBA). L'encadrement bénéficiera également de l'expertise en analyse de risque de Franck Vermet, directeur de l'EURIA et enseignant-chercheur au LMBA.

Votre Environnement de Travail

La personne recrutée sera intégrée au LMBA, sur le site de Brest. Elle participera aux activités scientifiques (séminaire de labo, séminaire d'équipe, séminaire des doctorantes et doctorants). Elle organisera des points réguliers avec les équipes de l'ARS Mayotte pour présenter ses résultats et développer son projet de recherche. Elle aura l'opportunité de s'intégrer dans des réseaux nationaux de modélisation mathématique en épidémiologie.

Contraintes et risques

Néant

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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