Doctorat (H/F) - Mécanique du glycocalyx et contrôle de l’adhésion bactérienne

Description du Poste

Sujet De Thèse

Les candidatures sont ouvertes pour un poste de doctorant(e) d’une durée de 36 mois au sein du réseau doctoral Marie Skłodowska-Curie GLYCOCALYX.

A PROPOS DU RESEAU
GLYCOCALYX (glycocalyx.org) rassemble 15 partenaires européens de premier plan au sein d’un réseau transnational. Il met en œuvre un programme de recherche et de formation multidisciplinaire entre partenaires académiques et industriels, afin d’étudier l’auto-organisation et les fonctions barrières du glycocalyx des mammifères.
Pratiquement toutes les cellules de mammifères sont recouvertes d’une couche dense et complexe de polymères de sucres appelée glycocalyx, essentielle à la vie multicellulaire. Les glycocalyx jouent un rôle clé dans la communication intercellulaire, le développement des tissus, l’homéostasie, la réparation, les réponses inflammatoires et immunitaires, la connectivité neuronale, ainsi que dans la symbiose avec les bactéries. Cependant, lorsqu’ils sont dérégulés, ils peuvent favoriser des maladies immunitaires, des neuropathies et des cancers. Les glycocalyx agissent également comme première ligne de défense contre les pathogènes, mais certains pathogènes ont évolué pour détourner le glycocalyx afin de promouvoir l’infection.
Malgré leur importance, les glycocalyx des mammifères restent la « matière noire » de la biologie, peu étudiés en raison du manque historique d’outils préparatifs et analytiques pour sonder la composition moléculaire locale et les interactions transitoires des molécules au sein des glycocalyx, ainsi que de règles physiques pour interpréter les observations expérimentales.
Le réseau GLYCOCALYX formera 15 doctorantes et doctorants aux méthodes et concepts de physique, chimie et biologie nécessaires pour élucider l’organisation dynamique des glycocalyx. Le projet éclairera les mécanismes par lesquels les glycocalyx remplissent leurs nombreuses fonctions de barrière sélective. Les doctorant(e)s recevront une formation scientifique de pointe, ainsi que des compétences transférables pertinentes pour l’industrie.

À PROPOS DU PROJET DE THESE – Mécanique du glycocalyx et contrôle de l’adhésion bactérienne
En tant que doctorant ou doctorante MSCA à Grenoble, vous étudierez comment les bactéries adhèrent à des modèles de glycocalyx aux propriétés physico-chimiques variées, et développerez des modèles analytiques pour rationaliser vos résultats expérimentaux.
Les bactéries pathogènes comme P. aeruginosa sont sensibles à leur environnement biochimique et mécanique. Nous avons récemment démontré, avec d’autres équipes, que la colonisation de surface par ces bactéries est fortement influencée par l’élasticité de la surface (de l’ordre du kPa). À l’inverse, les glycocalyx des mammifères agissent comme des barrières contrôlant la colonisation des pathogènes sur les endothélia et épithélia, et leur extrême déformabilité (rigidité de l’ordre de 1 à 100 Pa) pourrait jouer un rôle clé dans la régulation de l’adhésion bactérienne.
Cependant, la manière dont les bactéries intègrent les signaux mécaniques sur ces interfaces molles et diffuses reste inconnue. En combinant notre expertise dans la construction de modèles de glycocalyx bien définis dans des dispositifs microfluidiques et dans le suivi de l’adhésion bactérienne et de la formation de biofilms, vous étudierez comment la déformabilité des modèles de glycocalyx influence les premières étapes de la colonisation de surface et le début de la formation de biofilms.
Le projet combinera des modèles moléculaires de glycocalyx, la microfluidique, la microscopie optique dynamique, la biophysique bactérienne et la modélisation théorique des systèmes de matière molle.
L’objectif est de définir les propriétés physiques clés du glycocalyx qui régulent la colonisation bactérienne, permettant d’avancer dans la compréhension du rôle d’un glycocalyx sain ou malade dans les premières étapes de l’infection bactérienne, et d’ouvrir de nouvelles voies pour la conception de surfaces biomimétiques antibactériennes.
Vous interagirez et développerez des collaborations de recherche avec les partenaires académiques et industriels du réseau GLYCOCALYX, et participerez aux activités du réseau doctoral, notamment en suivant des formations et en effectuant des séjours dans d’autres laboratoires.

Votre Environnement de Travail

ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL Le projet est une collaboration entre les équipes du Dr Delphine Débarre au Laboratoire de Physique Interdisciplinaire (LIPhy) de Grenoble et du Dr Sigolène Lecuyer au Laboratoire de Physique de l’ENS Lyon. Vous travaillerez principalement à Grenoble, avec des missions à Lyon et dans d’autres laboratoires du réseau.
Grenoble est la plus grande ville des Alpes françaises et l’un des pôles de recherche les plus renommés de France, offrant un environnement scientifique dynamique et collaboratif. Le LIPhy, à l’Université Grenoble Alpes, rassemble environ 200 chercheurs en physique de la matière molle, biophysique, physico-chimie, biologie et optique.

PROFIL RECHERCHÉ Nous recherchons une personne ayant une formation expérimentale en physique de la matière molle, physico-chimie, biophysique ou microbiologie, enthousiaste et rigoureuse, dotée de solides compétences expérimentales et d’un vif intérêt pour le travail multidisciplinaire. Le travail expérimental inclura la microbiologie, la biofonctionnalisation de surfaces, la microfluidique et la microscopie. Une expérience préalable dans l’un de ces domaines sera appréciée, mais surtout de bonnes compétences expérimentales générales et un goût pour la minutie sont essentiels. Parallèlement, un intérêt pour les concepts et la modélisation de la matière molle sera utile pour interpréter les données. Une expérience en analyse de données (y compris en programmation) est un atout.
La langue de travail de l’équipe est l’anglais : un bon niveau est requis, ainsi que de bonnes compétences en communication pour assurer une collaboration efficace entre les laboratoires. Une bonne gestion du temps et des compétences en planification sont également attendues, avec une capacité avérée à respecter des délais serrés et à gérer efficacement, de manière autonome, plusieurs aspects d’un projet. Enfin, le projet requiert à la fois la capacité de travailler de manière autonome que de travailler en équipe.

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération brute est d'environ 3400,00 € brut mensuel à laquelle s'ajoute une indemnité de mobilité de 710€/mois et, si applicable, un supplément familial

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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