Description du sujet de thèse

Nous recherchons un étudiant ou une étudiante motivé(e) pour rejoindre notre groupe à l'IGMM afin de réaliser une thèse centrée sur la compréhension du rôle des protéines de type prion dans la régulation de l'expression des gènes.
Les protéines de type prion possèdent des domaines qui permettent leur changement de conformation et leur accumulation dans des condensats ou agrégats. Cette condensation s'accompagne d'un changement fonctionnel qui peut coder pour des adaptations et mémoires cellulaires à long terme. La levure bourgeonnante possède un certain nombre de protéines de type prion, parmi lesquelles se trouvent plusieurs protéines liant l'ARN impliquées dans la régulation de différentes étapes de l'expression des gènes. En particulier, il a été démontré que le facteur de terminaison de la transcription Nab3 induit une répression transcriptionnelle tandis que Ssd1 jouerait un rôle en tant que répresseur de la traduction. Nous avons découvert que Nab3 et Ssd1 forment des agrégats dans les mêmes conditions (c'est-à-dire sous diverses conditions de stress et en présence de phéromone sexuelle), ce qui nous amène à émettre l'hypothèse que ces deux protéines peuvent détecter des signaux liés, subissant des changements conformationnels pour réguler de manière coordonnée l'expression des ARNs fonctionnellement liés dans le noyau et le cytoplasme. Pour répondre à cette hypothèse, l'étudiant en thèse utilisera des méthodes génomiques de haute résolution pour cartographier précisément les sites de liaison de Nab3 et Ssd1 à leurs ARNs cibles dans différentes conditions et analyser les conséquences de leurs changements conformationnels sur l'interaction avec et la régulation de leurs ARNs cibles. Enfin, nous explorerons également les acteurs et mécanismes responsables de la condensation de ces protéines en réponse à différentes conditions physiologiques.
Le projet de thèse fait partie d'un projet plus large financé par l'Agence Nationale de la Recherche et mené en collaboration avec l'équipe de Fabrice Caudron « Héritage asymétrique du destin et de la mémoire cellulaires », également à l'IGMM.

Contexte de travail

L'IGMM mène des recherches fondamentales innovantes et de haut niveau en biologie moléculaire et cellulaire. L'environnement scientifique de l'IGMM est international, multidisciplinaire et très dynamique, notamment grâce aux interactions avec les instituts voisins, et dispose d'un esprit résolument collaboratif et convivial. L'IGMM offre un accès aux plateformes du BioCampus Montpellier, notamment en microscopie, génomique et protéomique. L'étudiant/e en thèse sera affecté/e à l'équipe dirigée par Odil Porrua et Domenico Libri et travaillera sous la supervision d'Odil Porrua et en étroite collaboration avec le groupe de Fabrice Caudron.
Montpellier offre un environnement de vie exceptionnel et abordable, avec un magnifique centre historique et une vie culturelle très active et jeune due à sa population étudiante. La ville est proche de la mer et la campagne environnante est riche en vignobles, rivières et lacs, qui peuvent être appréciés grâce à son ensoleillement exceptionnel.

Contraintes et risques

Possibilité de travail en horaires décalés et les jours fériés.