Doctorat en bioinformatique (H/F), réseau européen Marie-Curie EURECA, "Analyse de l'épitranscriptome et cancer"

Description du Poste

Sujet De Thèse

* Contexte du Réseau Doctoral Européen Marie-Curie "EURECA"

Le Réseau Doctoral Européen EURECA (site: https://eureca-dn.com/) est financé par une action MARIE Skłodowska-CURIE, dans le cadre du programme Horizon Europe (appel HORIZON-MSCA-2024-DN-01-01), et a démarré en 2025. EURECA comprend 15 institutions et entreprises bénéficiaires, ainsi que 6 partenaires associés, tous situés en Europe. Notre institut de recherche, le LIRMM, appartient au CNRS, qui est l'un des bénéficiaires d'EURECA, et à l'université de Montpellier, qui est partenaire associé d'EURECA.

Un réseau doctoral offre un groupe de travail et des opportunités uniques de collaboration internationale et permet au doctorant / doctorante d'effectuer des séjours de recherche à l'étranger dans des unités partenaires.

- Intitulé du réseau: "EURopean Epitranscriptomics of Cancer Academy" (EURECA)
- Durée du réseau : 48 mois
- Institution porteuse : Université de Rotterdam (NL)
- Information générale à propos des réseaux doctoraux: https://www.horizon-europe.gouv.fr/les-reseaux-de-formation-doctorale-msca-doctoral-networks-27884
et de l'appel à financement : https://ec.europa.eu/info/funding-tenders/opportunities/portal/screen/opportunities/topic-details/HORIZON-MSCA-2025-DN-01-01?order=DESC&pageNumber=1&pageSize=50&sortBy=relevance&keywords=doctoral&isExactMatch=true&status=31094501,31094502,31094503&frameworkProgramme=43108390


* Offre d'emploi à Montpellier
- Dans le cadre du réseau doctoral EURECA, le LIRMM / CNRS propose un poste de doctorant ou doctorante en bio-informatique / informatique avec des applications en biologie moléculaire du cancer pour une durée de 3 ans. Le candidat sera inscrit à l'école doctorale I2S de l'université de Montpellier.

- Institut et lieu de travail : le LIRMM est le seul institut de recherche commun au CNRS et à l'université de Montpellier dédié à la recherche en informatique, microélectronique et robotique à Montpellier. Le doctorant rejoindra l'équipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (équipe MAB) du département Informatique.

- Supervision:
- Dr Eric Rivals, HdR, (LIRMM), Directeur de recherches CNRS en informatique et bioinformatique (web https://www.lirmm.fr/~rivals/).
- Dr Anne-Muriel Chifolleau (LIRMM), maître de conférence en informatique et bioinformatique à Montpellier Univ., effectue sa recherche au LIRMM (web https://www.lirmm.fr/~arigon/)

- Collaboration avec l'institut du cancer de Montpellier : depuis 2012 nous collaborons avec l'équipe de recherche d'Alexandre David, située à Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM), sur le thème la traduction des ARN, sur les modifications chimiques des ARN dans le cancer, et en particulier sur le cancer colorectal, les cancers du sein et du cerveau. Nous avons co-publié plusieurs articles scientifiques ainsi qu'un brevet en commun sur ces thématiques.

* Sujet de recherches

** Contexte: ARN, épitranscriptome et cancer
Depuis plus de 50 ans, on sait que les bases de l'ARN sont largement « décorées » de modifications chimiques. Leur variété et leur nombre (plus de 170 connues à ce jour) sont supérieurs à ceux des modifications connues dans l'ADN et les protéines. Les modifications de l'ARN sont restées peu étudiées jusqu'à récemment. Les progrès technologiques de la dernière décennie permettent désormais la détection à haut débit des modifications de l'ARN et l'analyse des protéines qui les « écrivent », les « lisent » et les « effacent » sur les molécules d'ARN. Cela conduit à l'exploration du rôle de ces modifications ce moyen de cla découverte révolutionnaire d'un niveau de régulationcouche vaste et très dynamique de modifications de l'ARN qui jouent un rôle dans tous les aspects de la vie de l'ARN : de la transcription à l'épissage, au repliement et à la traduction en protéines. Les modifications de l'ARN sont donc des acteurs importants dans le processus d'expression des gènes. L'étude des modifications de l'ARN et de leur fonction est désormais appelée « épitranscriptomique ».

Il est apparu clairement que les modifications de l'ARN ont un impact sur le renouvellement, la traduction et la fonction des ARN, modifiant l'expression des gènes et, en fin de compte, reprogrammant les circuits cellulaires de base. Par conséquent, les changements pathologiques dans l'épitranscriptome ont été associés à chacune des caractéristiques du cancer et sont désormais considérés comme un mode indépendant de « reprogrammation épigénétique non mutationnelle ». Il est important de noter que les modifications de l'ARN sont détectées dans les fluides corporels sous forme d'ARN acellulaire ou dans les vésicules extracellulaires. Ces premières découvertes montrent que l'épitranscriptome offre l'accès à de nouveaux procédés de détection du cancer, voire à de nouvelles voies thérapeutiques.

Malgré les progrès réalisés dans la compréhension de l'épitranscriptome du cancer, les liens directs entre les propriétés pro- ou anti-oncogènes des modifications de l'ARN, leurs protéines effectrices et leur fonction coordonnée dans l'apparition et la progression du cancer restent largement à établir.

EURECA propose une approche globale visant à comprendre la biologie, la fonction et la pertinence clinique des modifications de l'ARN dans le but de découvrir de nouvelles stratégies thérapeutiques, et de nouveaux biomarqueurs pour le diagnostic et le traitement du cancer. EURECA se concentre sur deux questions de recherches :
1. Comment pouvons-nous approfondir notre compréhension de l'épitranscriptome du cancer grâce à l'intégration de technologies de pointe et de calculs avancés ? Et
2. Comment pouvons-nous affiner et faire progresser la détection et la manipulation moléculaire des modifications de l'ARN afin d'exploiter leur potentiel en tant que biomarqueurs et agents thérapeutiques, répondant ainsi au besoin croissant d'améliorer le diagnostic précoce et le traitement du cancer ?

** Projet doctoral au LIRMM.
1. Le candidat participera à un projet en cours visant à étudier comment un profil des modifications de l'ARN mesurées dans une biopsie sanguine peut aider à prédire le gliome à différents stades de ce cancer du cerveau, ainsi que l'évolution de la tumeur.
Cette partie du projet consiste à concevoir, développer et exécuter des algorithmes et des approches d'apprentissage automatique afin d'exploiter les vecteurs des quantités de modifications de l'ARN observées chez les patients. Les mesures sont effectuées par nos partenaires locaux (Alex David IRCM, Christophe Hirtz PPC/CHU Montpellier) dans une plateforme unique et locale de spectrométrie de masse qui a développé des procédures spéciales pour les mesures dans les ARN.
2. La deuxième partie du projet porte sur les approches bioinformatiques visant à détecter et à étudier le rôle des mutations dans la traduction des séquences d'ARN, ainsi que leur corrélation avec les modifications de l'ARN. L'idée est d'analyser les données du transcriptome et du translatome afin de déterminer quelles mutations de l'ADN sont transcrites puis traduites, et lesquelles ne le sont pas. Seules les mutations situées dans les ARN qui sont traduits ont un impact sur les protéines produites. Les autres mutations n'ont pas d'impact. On sait que la traduction varie en fonction des conditions physiologiques et que les ribosomes peuvent sélectionner ou rejeter certains ARN. Le translatome des cellules cancéreuses a été produit par séquençage à haut débit et génère des bibliothèques similaires à celles du séquençage d'ARN, à l'exception qu'elles sont limitées aux séquences d'ARN qui ont été traduites.
L'objectif est de développer des algorithmes et des outils informatiques pour analyser ces données de séquençage, afin de prédire les mutations traduites et leur effet potentiel sur le devenir d'un ARN. Une fois les pools de mutations détectés, il est intéressant de les corréler avec les emplacements des modifications épitranscriptomiques, afin de rechercher des interactions fonctionnelles potentielles.
Cette partie du travail nécessite des connaissances et un intérêt pour les algorithmes d'analyse de séquences à haut débit, les structures de données pour les données de séquences et le traitement des données de séquençage profond. Le candidat ou la candidate développera des programmes efficaces qui mettent en oeuvre les algorithmes conçus et effectuera des analyses informatiques. Les résultats peuvent être confrontés à des bases de données de connaissances.

Votre Environnement de Travail

** Règle de mobilité et travail à l'étranger
Les règles applicables au réseau doctoral financé par Horizon Europe exigent que le candidat n'ait pas résidé trop longtemps en France au cours des 36 derniers mois. Il s'agit de la règle de mobilité (voir ci-dessous).
*Règle de mobilité* : les chercheurs ne doivent pas avoir résidé ou exercé leur activité principale (travail, études, etc.) dans le pays du bénéficiaire recruteur pendant plus de 12 mois au cours des 36 mois précédant immédiatement leur date de recrutement.

De plus, pendant la période doctorale, le candidat travaillera dans un autre institut (bénéficiaire) de l'EURECA pendant une ou deux périodes de *détachement* d'au moins un mois chacune.

** Exigences :
- un master ou un diplôme d'ingénieur en informatique ou en bio-informatique computationnelle avec une forte orientation vers les algorithmes
- capacité à programmer de manière structurée en C++ et Python
- connaissance du système d'exploitation Linux/Unix
- bonne maîtrise de l'anglais parlé et écrit
- bon niveau de raisonnement scientifique
- connaissances fondamentales en apprentissage automatique (et en statistiques)
- aptitude au travail exigeant de recherche

** Très apprécié :
- intérêt pour la biologie et ses applications aux sciences médicales
- curiosité, ouverture d'esprit, travail interdisciplinaire et discussions
- clarté et bon niveau à l'écrit
- connaissance du français ou intérêt pour l'apprentissage du français
- envie de voyager et de travailler dans d'autres environnements

* Avantages

Les chercheurs chercheuses recrutées feront partie du programme doctoral EURECA, qui offre :
- Une formation scientifique approfondie dans le cadre d'un programme doctoral structuré.
- La possibilité de participer à des cours de formation, des ateliers et des conférences internationaux spécialisés.
- Une forte implication dans un projet de recherche européen bénéficiant d'une grande visibilité internationale.
- La possibilité d'effectuer des séjours de recherche dans des laboratoires de renommée internationale à travers l'Europe.
- Une bourse MSCA prestigieuse d'une durée de trois ans.
- Un salaire compétitif.

Rémunération et avantages

Rémunération

Entre 3600.91€ et 4029.21€ brut mensuel selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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